외국 비영리기구로부터 수령한 지원금으로 보전한 연구개발비가 연구?인력개발비 세액공제 대상인지

1. 사실관계 ○ 자문대상법인는 백신‧바이오 의약품의 연구개발, 생산･판매 등을 주업으로 하는 법인으로 - ’20년부터 자체개발 COVID-19 백신과 관련, 외국 비영리기구(CEPI * )등으로부터 지원금을 수령하여 연구개발 활동을 수행 중임 * 전염병 예방 혁신을 위한 연합(Coalition for Epidemic Preparedness Innovations) ○ 자문대상법인은 ’20~’23년 CEPI와 지원금 수급 계약을 체결하고 **,***백만원(이하 “쟁점지원금”)을 연구개발비로 사용함 - 지원금은 계약 내용에 따라 연구개발비의 적정 사용 여부 확인을 거쳐 지원받으며 ‘SARS-CoV-2 백신개발’ 등 특정 연구에서 발생한 비용을 사후 보전 형식으로 지급되는데 - 지원금 입금 시 선수금으로 인식하여 별도 계좌로 관리하다가 연구비를 지출한 뒤 계약 내용대로 적절하게 지출된 것으로 확인받은 비용만큼 선수금에서 차감함 ○ 자문대상법인은 ’20∼’23사업연도에 연구개발비로 사용한 쟁점지원금에 대해 연구･인력개발비 세액공제 적용하여 경정청구 함 2. 질의내용 ○ 외국 비영리기구로부터 수령한 지원금으로 보전한 연구개발비가 연구･인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 (2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 (2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정된 것) ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. <신설 2020.2.11> 1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액 2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액 ○ 조세특례제한법 제10조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】 (2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) ① 내국인이 2021년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. ○ 조세특례제한법 시행령 제9조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】 (2025.2.28. 대통령령 제35347호로 개정되기 전의 것) ① 법 제10조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다. 1. 「산업기술혁신 촉진법」 2. 「정보통신산업 진흥법」 3. 「중소기업기술혁신 촉진법」 4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조의3 【연구개발 관련 출연금 등】 (2025.3.21. 기획재정부령 제1119호로 개정되기 전의 것) 영 제9조의2제1항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 법률"이란 다음 각호의 법률을 말한다. 1. 「부품소재전문기업 등의 육성에 관한 법률」 2. 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 법률」 3. 「기초과학연구진흥법」