① 청구법인이 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 지정받지 않은 것으로 보아 쟁점①토지에 대한 취득세 등 경정청구를 거부한 처분의 당부 ② 사업시행자인 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용하므로, 쟁점①토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부③ 쟁점②토지를 유예기간(1년) 내에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

① 취득하기 이전에 벤처기업집적시설로 지정이 되어 있어야 함에도 쟁점토지는 취득일 이후에 벤처기업집적시설로 지정되었으므로 감면 대상으로 보기 어려움 ② 쟁점① 기각으로 심리 생략(심리 실익 없음) ③ 청구법인은 건축물 건설을 위한 절차를 중단 없이 진행하고, 그 과정에서 건축공사 등을 게을리하거나 지체한 사실은 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점②토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있음 경기도 성남시장(수정구청장)이 2024.11.12. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은, 경기도 성남시 OOO 토지 8,633㎡ 중 어린이집 부속토지(0.98%)에 해당하는 84.6㎡에 대하여 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에 따른 감면(85%)을 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2022.4.1. 주식회사 OOO(이하 “이 건 분할법인”이라 한다)의 전자상거래 및 관련사업부분 등이 물적분할되어 설립된 법인으로, 같은 날 이 건 분할법인으로부터 경기도 성남시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 승계받아 취득한 후, 2022.6.7. 처분청에 그 장부가액(○○○원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 기한후 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2024.9.13. 쟁점토지 위에 연면적 64,032.06㎡ 규모의 공장용 건축물 등(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축·취득하고, 이 건 건축물의 사용면적 비율에 따라 쟁점토지를 아래 ＜표1＞과 같이 구분하고, 이 중 본점 사용부분(27.17%)에 대하여는 「지방세법」 제13조 제1항의 본점사업용 부동산에 대한 중과세율(8%)을, 그 외에는 표준세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 2024.11.12. 처분청에 수정신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점토지 수정신고 내용(단위 : %, 원)○○○다. 청구법인은 2024.11.12. 쟁점토지가 아래 ＜표2＞의 감면대상이므로 기 납부한 세액의 일부환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.26. 이 중 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 "지특법"이라 한다) 제78조 제4항의 산업단지 감면 부분(○○○원)은 인용하고, 나머지는 거부하였으며, 처분청의 경정내용을 반영한 후의 취득세 등은 OOO원(가산세가 포함된 금액으로 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)이다.＜표2＞ 청구법인 경정청구 내용 및 결과(단위 : %, 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지 중 벤처기업집적시설 부속토지(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 지특법 제58조 제1항(이하 “쟁점①감면조항”이라 한다)에 따른 감면대상이다.(가) 청구법인은 벤처기업집적시설의 개발·조성을 목적으로 쟁점 ①토지를 취득한바, 벤처기업집적시설 감면 적용 대상이다1) 처분청은 청구법인이 쟁점①토지를 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 사용하기 위하여 취득하였다는 사실을 인정할 만한 자료가 제시되지 않아 쟁점감면조항을 적용할 수 없다는 의견이다.2) 그러나, 쟁점토지의 분양계약서에 의하면, 쟁점토지의 용도는 벤처기업집적시설로 제한되고, 이를 어기는 경우 시정명령 및 환수조치 된다고 기재되어 있다.3) 또한 감면 요건이 되는 취득의 목적은 납세자의 내심의 의사로서 이를 객관적으로 확인하기 어려우므로, 유예기간 내에 벤처기업집적시설로 지정이 되면 당초부터 취득 목적이 있었던 것으로 인정하는 것이 타당하고, 청구법인은 쟁점토지 취득일(2022.4.1.)부터 유예기간(3년) 이내인 2024.9.13. 벤처기업집적시설의 개발·조성을 완료하였으므로 벤처기업집적시설을 개발·조성할 목적에서 쟁점 토지를 취득한 것이라 하겠다.4) 벤처기업집적시설 지정 실무는 「건축법」상 건축허가를 받아 건축공사를 진행하다가 건축물이 벤처기업집적시설 요건에 부합하게 사용될 예정임이 어느 정도 명료해지면 지방자치단체의 확인을 받는 절차로 이루어지고 있어, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 지정받는 것은 사실상 불가능하였다.5) 이러한 점을 고려하여 조세심판원과 법원 또한 벤처기업집적시설 감면은 부동산의 취득 시점에 벤처기업집적시설로 지정되어 있을 것을 요건으로 하지 않으며 그러할 이유도 없다고 결정하였다(조심 2014지1429, 2015.3.23. 및 대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결, 같은 뜻임).6) 이와 같이 청구법인은 벤처기업으로서, 쟁점①토지를 벤처기업집적시설로 개발·조성하여 분양 또는 임대(직접 사용 포함)할 목적으로 취득하였으므로, 쟁점①토지가 감면대상이 아니라는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.(나) 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용한다 하더라도, 청구법인 또한 벤처기업이므로 벤처기업집적시설 감면 적용 대상이다.1) 쟁점①감면조항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 경감하도록 규정하고 있다.2) 처분청은 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 경우에 한하여 감면이 적용되어야 하는바, 사업시행자인 청구법인이 직접 사용하는 면적은 위 규정에 따른 감면대상에 해당하지 않고, 설령 청구법인이 직접 사용하는 경우까지 감면대상이라고 하더라도 청구법인이 쟁점토지 취득당시에 벤처기업으로 확인받지 않아 쟁점감면조항을 적용할 수 없다는 의견이다.3) 그러나, 지방세관계법령의 소관부처인 행정안전부는 벤처기업집적시설을 개발·조성한 벤처기업이 해당 시설을 직접 사용하는 경우에도 감면대상이라고 일관되게 유권해석 해왔다(지방세운영과-1782, 2008.10.14. 및 지방세특례제도과-2058, 2022.9.19., 같은 뜻임).조세심판원 또한 벤처기업인 사업시행자가 사용하는 면적 또한 쟁점①감면조항에 따른 감면대상이라고 판단한바 있다(조심 2017지818, 2018.10.31., 같은 뜻임).4) 한편 쟁점①감면조항은 벤처기업집적시설로 지정받고, 해당 시설을 분양, 임대, 벤처기업의 직접 사용 목적으로 사용하면 감면대상이라고 규정하고 있는 바, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 직접 사용하는 시점에 벤처기업에 해당하면 충분한 것으로, 사업시행자가 부동산을 취득하는 시점에 벤처기업에 해당하여야 할 필요는 없다.5) 설령 사업시행자가 직접 사용하는 부분에 대한 감면이 적용되기 위하여 사업시행자가 벤처기업에 해당하여야 한다고 하더라도, 청구법인은 물적분할을 통하여 2022.4.1. 설립되었고, 같은 날 쟁점토지를 승계하여 취득한 후, 2022.8.16. 벤처기업으로 확인받은바, 벤처기업 요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하다.(2) 청구법인이 쟁점토지 중 어린이집 부속토지(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로, 지특법 제19조 제1항(이하 “쟁점②감면조항”이라 한다)에 따른 감면대상에 해당한다.(가) 이 건 분할법인은 2020년 12월 토지를 취득하고, 2021년 4월 지하안전영향평가 심의 및 설계완료를 거쳐 건축허가를 신청하였으며, 2021년 4월 이 건 건축물의 건축공사에 착공하였다.(나) 청구법인이 쟁점②토지를 승계받아 취득한 2022.4.1. 이후 청구법인은 건축주 명의를 본인으로 변경하고, 이 건 건축물이 2024.9.13. 사용승인될 때까지 2023년 2월 토목공사, 2023년 12월 건축공사, 2024년 8월 부대토목공사 및 조경시설물 공사를 완료하는 등 중단없이 건축공사를 진행하였다.(다) 그러나, 이 건 건축물의 규모(지하 5층, 지상 14층, 연면적 64,032㎡)로 인하여 그 건축공사에만 약 29개월의 기간이 소요된바, 이는 통상적인 수준으로서, 청구법인은 정상적인 노력을 다한 것이므로, 청구법인이 유예기간내 쟁점②토지를 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되는 것이 타당하다.따라서 청구법인이 쟁점②토지를 유예기간내 직접 사용하지 않았다는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.나. 처분청 의견(1) 쟁점①토지는 쟁점①감면조항에 따른 감면대상에 해당하지 않는다.(가) 쟁점①토지는 청구법인이 취득 당시에 벤처기업집적시설로 지정받거나 지정받을 준비가 되지 않아 쟁점감면조항에 따른 감면대상으로 보기 어렵다.1) 청구법인은 처분청이 아무런 근거 없이 쟁점①토지의 취득 목적을 벤처기업집적시설과 무관한 것으로 단정하고 있다고 주장한다.그러나, 청구법인은 쟁점①토지 취득 당시에 쟁점①감면조항을 적용하지 않고 일반과세로 취득세를 신고하였다.또한 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시에 처분청에 제출한 사용계획서에 의하면, ‘신축 후 본점 또는 지점으로 사용 예정’이라고 기재되어 있을 뿐 벤처기업집적시설을 개발·조성하