선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부

쟁점세금계산서를 수취함으로써 취할 수 있었던 특별한 이익이 있었던 것으로 보이지 않고, 달리 위장사업자임을 인지하였다고 보이지 않는바, 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 판단 울산세무서장이 2026.1.12. 청구법인에게 한 2021년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2015.5.22. 개업하여 울산광역시 울주군에 소재하며 조선 해양 플랜트 공사를 전문으로 선박기자재ㆍ선박구조물 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로 2021년 제2기에 주식회사 a(부산광역시 남구에 소재하며 선박임가공 서비스업을 영위하는 법인사업자로 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 용역을 공급받고 아래와 같이 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 6매(이하 “쟁점매입세금계산서”라고 하고, 매입세금계산서와 대응하는 용역 및 거래를 각각 “쟁점용역” 및 “쟁점거래”라 한다)를 수취하고 이에 해당하는 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하여 2021년 제2기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.＜2021년 제2기 쟁점매입세금계산서＞나. 수영세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점매입처의 2021년 제1기～제2기 과세기간에 대하여 2021.9.27.부터 2022.6.1.까지 부가가치세 세목별조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하였으며, 쟁점매입세금계산서 또한 이에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.처분청은 통보받은 과세자료를 검토한 결과, 청구법인이 실제 용역을 공급받은 것은 인정되나, 해당 용역을 공급받고 실제로 용역을 공급하는 자가 아닌 위장사업자인 쟁점매입처의 명의로 쟁점매입세금계산서를 발급받은 것으로 보아, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 청구법인의 부가가치세 매입세액 OOO원을 매출세액에서 불공제하고 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 세금계산서 불성실 가산세 등을 포함하여 2026.1.12. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 쟁점과 관련한 사실관계 및 처분내용에 대하여 다음과 같이 설명한다.(가) 청구법인은 2025.5.22. 설립되어, 울산광역시 OOO에서 조선 해양 플랜트 공사를 전문으로 선박기자재 및 구조물 제조업을 영위하고 있으며, 2021년 OOO모듈 공사를 수주하여 수행하는 과정에서 단기 인력 부족 문제에 직면하여 동종 업계의 여러 업체와 접촉하던 중 쟁점매입처와 배관 설치 인력 공급 계약을 체결하게 되었고, 청구법인 현장에서 인력을 공급받아 그 대가로 공급가액 합계 OOO원을 지급하고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다.(나) 청구법인은 2021.7.1. 공사현장 사무실에서 청구법인의 대표와 쟁점매입처의 b 대표, 그리고 청구법인의 c 이사가 함께 배석하여 세부 사항을 논의 후 정식 업무협약서를 작성하고 날인하여 쟁점매입처와 계약을 체결하였으며, 쟁점거래 계약의 주요 내용은 주로 단기 작업에 사용되는 인당 계약 방식으로 쟁점매입처는 청구법인이 요구하는 일정에 인력만 공급하면 모든 업무는 현장에서 이루어지는 단순한 구조의 계약으로서 공급 인원 일당 OOO원으로 합의되었고, 계약에 따라 쟁점매입처의 인력은 2021년 7월 초 10명을 시작으로 10월달까지 약 4개월간 현장에 투입되어 공사를 진행하였으며, 이후 모두 철수하여 계약이 최종 종료되었다.(다) 대금 결제는 매월 말일을 기산으로 하여 투입된 인력의 수에 일당 OOO원을 곱하여 협의된 날짜에 부가가치세를 포함한 금액을 쟁점매입처의 사업용계좌로 성실하게 지급 완료하였는데, 이는 세금계산서상 부가가치세를 포함하여 기성대금을 계좌이체 방식으로 지급한 것으로, 금융거래 기록을 통해 확인이 가능하며, 또한 청구법인은 세금계산서를 근거로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 법인세 신고 시에도 해당 비용을 정상적으로 반영하는 등 세법상 요구되는 모든 절차를 성실하게 이행하였다.(라) 쟁점세무조사 결과, 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 인력공급 용역이 있었음을 확인하였음에도 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서, 이른바 위장 세금계산서로 확정지어 청구법인의 2021사업연도 법인세 경정 없이 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였으며, 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 실물거래이며 청구법인이 선의의 거래당사자임을 주장하며 처분청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청은 2025.12.18. 이를 불채택 결정하였다.(2) 청구법인은 쟁점매입처를 정상적인 사업자로 판단하고 거래관계에 대한 제반 주의의무를 다하였으므로 선의의 거래당사자로 보아야 할 것이다.(가) 청구법인과 처분청은 청구법인이 2021년 제2기에 OOO모듈 공사의 배관 설치 용역이 완료되었고 공사한 사실에 대하여는 서로 이견이 없다.(나) 조사청에서 쟁점세무조사를 실시하고 쟁점매입처 대표자 b을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였으나, 경남거제경찰서장은 사실과 다른 세금계산서 발급 및 수취 범행에 관여하였는지에 관하여는 혐의 없음으로 불송치 결정한 것이 확인된다.(다) 처분청은 쟁점용역의 실제 공급자가 누구인지 명의상 공급자가 자료상은 아닌지에 관하여 의심을 가질만한 사정이 있는 경우이고, 쟁점매입처 대표자의 경력은 어떠했는지, 쟁점용역을 공급할 만한 인적ㆍ물적 시설을 갖추었는지 등 거래상대방을 확인하기 위한 노력을 하였다는 객관적인 자료가 없는 점 등을 이유로 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구를 불채택하였다.(라) 그러나 청구법인은 쟁점매입처의 사업자등록증 사본, 쟁점매입처의 대표자 b의 신분증사본 뿐만 아니라, 쟁점매입처의 법인소재지 확인 사진, 쟁점매입처의 d 소장, e 반장을 관리책임자로 두어 쟁점용역 근로자를 관리ㆍ감독한 업무기록용 OOO사진, 청구법인에서 공사 참여한 쟁점매입처의 작업 현장 사진 등을 제출하였고 이를 통해 처분청은 실제 인력공급 용역이 이루어졌던 사실을 인정하였다.(마) 처분청은 실제 용역의 공급이 이루어진 사실은 인정하면서도 쟁점매입처에 대하여 조사청에서 실시한 쟁점세무조사 결과 쟁점매입처가 실물거래를 한 사실이 없음에도 거짓으로 공급가액 또는 공급하는 사업자의 등록번호 등이 기재된 세금계산서를 수수한 것으로 확정하였다는 이유만으로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하고 있다.(바) 그러나 청구법인은 쟁점매입처로부터 인력을 공급받아 청구법인의 현장에서 배관 설치를 하였으며, 쟁점매입처의 d 소장 등과 인력공급 내용을 서로 확인하고 대금을 지급하며 쟁점매입세금계산서를 수취하였다.(사) 처분청은 쟁점매입처 대표자 b이 선박부품 임가공 관련 전문지식이 없다는 의견이나, 쟁점용역 계약은 청구법인이 필요한 재화를 쟁점매입처 사업장에서 제작ㆍ납품받는 것이 아니라 청구법인이 관리하는 공장에서 청구법인이 지급한 자재와 공구를 사용하여 배관 설치를 진행하는 것이며, 따라서 청구법인은 쟁점매입처의 사업장을 방문하거나 대표자의 전문성을 검증하는 것보다는 실제 투입되는 d 소장, e 반장 등 현장 인원들과 면담하여 인력의 전문성을 확인하는 과정을 거친 후 계약을 체결하였다.(아) 쟁점매입처는 청구법인에 위장사업자임을 숨기고 계약 관계를 유지하였으며, 청구법인은 쟁점매입처의 내부 운영 등은 알 수 없었고, 외형상 확인 가능한 모든 절차(사업자등록증과 대표자 신분증 확인, 계약서 작성, 세금계산서 수취, 대금 지급)를 성실하게 이행하였으며, 쟁점용역의 공급자인 쟁점매입처의 내부 사정을 알지 못한 점은 청구법인의 귀책으로 볼 수 없다.(자) 청구법인은 ①쟁점매입처로부터 인력을 공급받아 멕시코 프로젝트 모듈 공사 배관 설치를 실제 수행하며 이에 따른 대금을 지급(실물거래)하였고, ②OOO업무 기록, 현장사진, 안전보건교육 등을 통하여 실제 인력을 관리하고 소통하며 쟁점거래를 진행(관리ㆍ감독)하였으며, ③거래 전 쟁점매입처의 사업자등록증, 대표자 신분증, 실제 법인 소재지 사진 등을 확인(주의의무 이행)하였다.나. 처분청 의견(1) 처분청은 이 건 쟁점과 관련한 사실관계 및 처분내용에 대하여 다음과 같이 설명한다.(가) 조사청은 2021.9.27.부터 202