기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

AAA는 쟁점거래 이후 피인수법인 주식을 계속 보유하며 사내이사 및 대표이사로 등재되어 쟁점거래 이전과 동일한 급여를 지급받아온 것으로 나타난데 반해, AAA가 피인수법인의 형식상 임원에 불과하다는 법적 근거 및 증빙 등이 미비한바, AAA가 쟁점거래가 속한 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 지배주주 등에 해당하여 쟁점세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO 개발, 제조 및 판매업을 영위하는 사업자로 2019.12.3. ㈜A(이하 “피인수법인”이라 한다)의 지배주주인 B 및 C(피인수법인의 대표이사이자 B의 배우자)과 기타주주로부터 피인수법인의 발행주식의 53.24%(OOO주, 거래금액 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 하고, 쟁점주식의 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 취득하였다.나. 청구법인은 쟁점거래를 통하여 피인수법인의 주식 53.24%를 취득한데 대하여 「조세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 하고, 조세특례제한법 시행령을 “조특법 시행령”이라 한다) 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용받고자 2025.5.28. 아래 ＜표1＞과 같이 처분청에 2019사업연도 및 2020사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였고,처분청은 기존 지배주주 B는 지분양도 사업연도 종료일 현재 피인수법인의 기업집단 소속 계열회사의 임원으로서 지배주주등에 포함되어 쟁점세액공제의 요건을 충족하지 못한다고 보아 2025.6.25. 이를 거부하였다.＜표1＞ 청구법인의 경정청구 내용○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 조특법상 쟁점세액공제 요건을 모두 충족하였으므로 쟁점주식 취득가액에 대하여 쟁점세액공제를 적용하는 것이 타당하다.(가) 조특법 제12조의4 제1항은 각 호의 요건을 충족하는 경우 취득 주식이 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도에 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있다.(나) 쟁점세액공제의 각 호의 요건은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인은 2019사업연도에 최초로 피인수법인에 대한 지분율이 기준지분율을 초과하면서, 조특법 제12조의4 제1항 각 호의 요건을 모두 충족하는 것으로 나타나는바, 기술가치 금액의 100분의 10에 대하여 세액공제를 하는 것이 타당하다.＜표2＞ 조특법 제12조의4 제1항 쟁점세액공제 요건 충족 여부 검토○○○(2) 실질과세원칙에 따라 기존 지배주주 B는 2019사업연도 종료일 현재 세법상 피인수법인의 지배주주에 해당하지 아니한다.(가) 내국법인이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주로부터 주식을 인수한 경우로서 지배주주 중 피인수법인의 임원이 지분양도 이후에도 피인수법인의 “세법상 임원”에 해당하는 경우, 인수법인의 특수관계인에 해당되어 조특법 제12조의4 제1항 제4호에 따라 쟁점세액공제 적용이 배제되는데, 이때, “세법상 임원”에 해당하는지 여부에 대하여 여러 예규 및 판례는 종사하는 직무의 실질에 따라 사실 판단하여야 하고, 이는 명목상의 직함이나 등기 여부에 관계없이 실제로 어떤 역할을 수행하고 있는지가 중요하다는 것을 의미한다.(나) 판례와 국세청의 유권해석에 의하면 「법인세법」상 임원은 「법인세법 시행령」에서 정한 직무에 종사하는 자로, 임원에 해당하는지는 여부는 실제 종사하는 직무의 실질에 따라 판단해야 한다고 답변하였고, 등기임원에 해당한다해도 종사하는 직무의 실질이 임원직무가 아닌 경우 세법상 임원에 해당되지 않는 것이라고 해석한바 있다(서면-2017-법인-1272, 2017.10.20., 서울고등법원 2013.4.25. 선고 2012누34558 판결 등).(다) B는 쟁점거래 이후에도 임원의 직위를 유지하였으나, 이는 원만한 기술이전을 지원하고자 2020년까지 고문으로 명목상 임원의 직위를 유지한 것이고, 피인수법인의 조직도를 보면 B의 직무는 마케팅본부장으로 회사의 운영 관련 자문역을 수행한 것에 불과하여 B 직무의 실질이 세법상 임원의 직무에 해당하지 아니함을 알수 있다.(라) 또한 피인수법인은 B에게 다른 임원에게 제공하였던 통신비 지원 등의 임원 복리후생 규정을 적용하지 아니하였고, B는 2020년에 진행된 신규 OOO 개발 건 등 회사의 가장 중요한 신규프로젝트 진행과 관련한 이사회에도 참석하지 아니하였는데, 이는 B가 대표이사로서의 업무집행 및 의사결정 권한이 없었기 때문이다.(마) 한편 쟁점세액공제는 인수법인이 50%를 초과하여 지분을 인수할 것을 요건으로 하면서도, 인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 경영권을 실질적으로 지배하는 경우에는 지분율이 30%를 초과하는 경우에도 세액공제 적용이 가능하도록 하여 실질적인 경영권 획득을 세액공제 적용의 중요한 요소로 규정하고 있고,청구법인은 지분인수 직후 피인수법인의 대표자를 C에서 D으로 변경하였으며, 기존 대표이사는 C은 즉시 사임하였고, 청구법인이 피인수법인을 인수한 직후 실질 경영진은 모두 교체되어 청구법인이 피인수법인에 대한 실질적인 경영권을 확보하였다.(바) 또한 청구법인은 OOO을 통해 2018년도에 이미 OOO업계에서 매출 OOO를 기록하는 등 영어 콘텐츠 및 AI 학습관련 사업에 대한 경영 노하우가 존재하는 상황이어서 피인수법인의 기술 등 취득을 위해 쟁점주식을 인수하였을 뿐, 피인수법인의 창업자를 주요 임원으로 두어 경영을 일임할 필요성이 전혀 없었다.(사) 피인수법인의 창업자인 B와 기존 대표이사인 C은 지분 양도와 함께 피인수법인 경영에서 물러나면서 각각 성과급과 퇴직위로금을 수령하였고, B는 일정기간 피인수법인의 자문역으로 근무하기로 하여 성과급 명목으로 금전을 지급하였으나 이는 그간의 경영성과와 임원에서 제외됨에 따른 위로금 성격으로, B가 외관상 임원의 직위에서 해제된 2020년도 말에도 별도의 퇴직위로금을 지급한바 없는데, 이는 지분 양도와 함께 B는 실질적으로 임원의 직무에서 제외되었음을 의미한다.(아) B는 기존 정해진 임원 임기 3년(2018년 3월∼2021년 3월)을 채우지 못하고 2020년 12월 말 퇴직하였고, 다음 해 C 및 피인수법인의 기술개발임원이었던 F 등과 함께 OOO 기업인 ㈜G를 창업하였으며, B가 지분양도 직후 새로운 창업을 기획하였음이 다수의 언론기사에서 확인되므로 B가 지분 양도 이후에는 피인수법인에서 임원의 직무를 실질적으로 수행하지 않았음을 알수 있다.(3) 쟁점세액공제를 규정한 조특법령의 입법취지를 고려하여 B가 형식상 임원일지라도 쟁점세액공제를 배제하여서는 아니된다.(가) 쟁점세액공제는 벤처창업자 등이 투자자금을 원활히 회수할 수 있도록 지원하고 신기술의 확산을 장려하기 위해 도입된 제도인바, 「법인세법」의 지배주주 등의 범위를 준용 하고 있는 피인수법인의 지배주주 등의 범위(조특법 시행령 제11조의4 제7항)를 해석함에 있어 이러한 입법취지를 고려하여 합목적적으로 해석하여야 하고,조특법 시행령 제11조의4 제7항의 '지배주주등'을 단순히 문언해석에 따라 법인세법 시행령 제43조 제3항을 그대로 적용하여 ‘지배주주등’의 범위에 피인수법인의 임원이 포함된다고 해석한다면, 벤처기업의 창업자 등이 주식을 전부 양도하고 신기술의 원활한 이전 등을 지원하기 위해 피인수법인의 임원으로 재직하는 경우에도 단지 피인수법인의 종업원이 아닌 임원의 지위에 있다는 이유만으로 세액공제 적용을 배제하게 되어 벤처기업의 창업자 등의 투자자금의 원활한 회수 및 신기술의 효과적 이전이라는 입법목적이 충분히 달성됨에도 세제 혜택을 받지 못하는 불합리가 발생하게 된다.(나) 기획재정부 2016년 세법개정 시 기술혁신형 중소기업의 창업자가 인수기업의 주주로 남아 기술이전을 지원하려는 취지로 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제의 요건으로서 피인수법인의 주주에 대한 주식배정을 금지하던 것을 허용하는 것으로 개정하였고, 2016.7.28. 2016년 세법개정안 보도자료를 보면 기술이전의 원활한 진행을 위해 피인수법인의 창업자가 피인수법인에서 계속 근무하는 것을 장려함에 그 목적이 있음을 알 수 있으며, 만약 창업자가 피인수법인의 임원으로 근무한다는 이유로 세액공제를 배제한다면 이는 창업자의 원활한 기술이전이라는 개정취지에도 부합하지 아니한다.＜표3＞ 기획재정부 2016.7.28. 2016 세법개정안 문답자료(24쪽 발췌)○○○(다) 아울러 창업자가 피인수기업에 남아 기술이전을 지원하고자 할 때, 피인수법인의 지배주주 등의 범위에