모회사인 청구법인이 자본잠식상태의 완전자회사를 흡수합병하는 경우 소멸한 완전자회사의 주식 취득가액을 청구법인의 손금에 산입할 수 있는지 여부

피합병법인의 장부상 순자산가액이 쟁점포합주식의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 모회사인 청구법인이 완전자회사를 흡수합병함에 있어 청구법인이 보유하던 피합병법인의 주식에 대하여 합병신주를 배정하지 아니한 것은 합병으로 인하여 취득한 자기주식을 소각한 경우와 실질적으로 다르지 않고, 청구법인이 합병으로 쟁점피합병법인의 순자산가액 Δ0.0억원을 승계받았음에도 쟁점포합주식가액을 손금산입하는 것은 이중공제의 효과가 있어 청구주장은 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2006.8.16. 설립된 후, 풍력발전설비의 제조 및 기술개발업을 영위하고 있는 한국거래소 주권상장법인으로, 2015년 4월경 풍력발전설비 관련 부품의 제조 및 유통을 위하여 OOO원을 출자(총 발행주식수 1,000만주, 1주당 액면가 OOO원, 지분 100%, 이하 “쟁점포합주식”이라 한다)하여 a㈜(이하 “피합병법인”이라 한다)를 설립하였고, 이때 쟁점포합주식을 장부상 투자주식으로 계상하였다.나. 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 피합병법인이 영업손실 등으로 자본잠식됨에 따라 쟁점포합주식의 시가를 ‘OOO원’으로 평가하고 전액 손상차손으로 인식한 후 이를 손금불산입(유보)하는 세무조정을 하였다.다. 청구법인은 2017년 10월경 ‘사업통합을 통한 경쟁력 제고와 경영효율성 극대화’를 위하여 피합병법인을 무증자 흡수합병(합병비율 1:0, 이하 “쟁점무증자합병”이라 한다)하면서 쟁점무증자합병을「법인세법」제44조 제3항의 적격합병으로 보아 쟁점포합주식에 대한 신주를 교부하지 않았고, 2017사업연도 법인세 신고 시 2016사업연도에 인식한 쟁점포합주식의 손상차손에 대한 유보잔액 OOO원을 추인하여 손금산입하고 이를 신주발행 후 소각한 것으로 보아, 동 금액을 손금불산입하는 세무조정(아래 참조)을 하였다.＜2017.12.31.현재 세무조정＞(단위 : 억원)라. 이후, 청구법인은 완전모·자회사 간 무증자 합병에 따라 모회사가 보유한 자회사의 포합주식을 소멸하는 경우 그 주식의 취득가액은 손금산입이 가능하다는 재정경제부(구 기획재정부, 이하 “재정경제부”라 한다) 예규(법인세제과-344. 2022.8.29.) 및 국세청 예규(사전-2021 -법규법인-1653, 2022.9.6.) 등에 따라 2023.3.31. 쟁점무증자합병은 자본거래가 아닌 주식의 처분인 손익거래로 보아 세무상 장부가액 OOO원을 손금산입하여 2017사업연도 및 2019사업연도 법인세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였다.마. 처분청은 청구법인이 경정청구한 내용을 검토한 결과, 다수의 대법원 판례(대법원 2014.7.24. 선고 2012두64247 판결 등) 등에 따라 이 건 쟁점무증자합병은 쟁점포합주식에 대한 신주를 교부한 후 자기주식으로 소각한 경우와 경제적 실질이 동일하므로 그 소각으로 인한 손실(감자차손)은 자본거래에 따른 것으로 손금산입 대상이 아니라고 보아, 2023.5.25. 위 경정청구를 거부하였다.바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인이 쟁점무증자합병 시 합병 전에 보유하던 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부하지 아니한 것은 합병신주를 교부한 후 소각한 것으로 의제될 수 없으므로, 이를 자본거래가 아닌 손익거래로 보아, 쟁점포합주식의 장부가액 OOO원을 전액 손금산입하여야 한다.(1) 쟁점무증자합병은 합병신주를 교부한 후 소각한 것으로 의제될 수 없다.(가) 헌법 제38조와 제59조에 의하여 채택하고 있는 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정되어야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석ㆍ적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건과 부과징수절차에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다 할 것이다(대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 등).(나) 조세형평주의 원칙은 조세법률주의 원칙과 대척점에 위치하는 것이 아닌 조세법률주의 원칙의 테두리 안에서 적용되어야 하는 법해석 및 적용의 대원칙이다. 따라서, 조세형평주의 원칙의 핵심 중 하나인 실질과세원칙은 제한적인 상황에서만 예외적으로 이루어져야 할 것이고, 이는 사적자치의 원칙과도 궤(軌)를 같이 한다.한편, 대법원은 사적자치의 원칙에도 실질과세원칙을 적용하여 거래를 재구성할 수 있는 경우를 ‘조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우’로 판시(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결)하고 있는바, 이는 조세회피의 목적이 아니라면 하지 않았을 정도의 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우로 해석하는 것이 통설이다.위와 같은 맥락에서 어떤 거래를 가정적ㆍ의제적으로 사후 재구성하는 것은 실질과세의 범위를 넘어서는 것이며, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청에서도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결).(다) 재정경제부는 무증자 합병하여 피합병법인의 주식이 모두 소멸되는 경우 그 주식의 취득가액은 손금에 산입하는 것임을 분명하게 밝히고 있고(법인세제과-344, 2022.8.29.), 국세청도 피합병법인 주주의 보유주식은 주주의 권리가 소멸된 사업연도에 손금산입이 가능한 것으로 해석(사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6. 등)하고 있다.(라) 따라서, 이 건 쟁점무증자합병 시 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부하지 않은 것에 대하여 합병신주 교부 후 소각하였다고 간주하는 것은 달리 명문하고 있지 아니하는 한 조세법률주의 원칙에 정면으로 위배되고, 이 건 쟁점무증자합병은 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 경제적 합리성이 인정되는바, 실질과세원칙을 적용하여 쟁점무증자합병에 대하여 합병신주 교부 후 감자한 것으로 재구성할 수 없으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.(2) 이 건 쟁점무증자합병은 사업양수도 거래와의 과세형평성을 고려하여 결정되어야 한다.청구법인은 피합병법인을 쟁점무증자합병함에 따라 피합병법인이 소멸되고, 그의 사업을 승계한 것인바, 이는 피합병법인이 청구법인에게 사업부 전체를 무상으로 양도한 후 폐업한 것과 동일한 결과를 가져오는 거래임에도 쟁점포합주식의 세무상 장부가액을 손금산입할 수 없다면, 이는 과세형평성 원칙에 부합하지 않는다.나. 처분청 의견청구법인은 완전자회사인 피합병법인을 무증자방식으로 흡수합병(쟁점무증자합병)을 하면서 합병신주를 교부하지 않고 쟁점포합주식을 전부 소각하였는바, 이는 쟁점포합주식에 대한 합병신주를 교부한 후 해당 신주를 전부 소각한 경우와 그 경제적 실질이 동일하여 자본환급의 성격인 자본거래에 해당하므로, 이 건 처분은 적법·정당하다.(1) 대법원은 완전모회사인 합병법인이 합병 전에 완전자회사인 피합병법인의 주식을 보유하다가 합병하면서 해당 주식을 전부 소각하는 경우에 그 소각으로 인한 손실은 합병차손익에 해당하고, 이는 자본거래에 따른 것으로 손금산입 대상에 해당하지 않는다고 판시(대법원 2014.7.24. 선고 2012두6247 판결)하고 있다.(2) 청구법인은 무증자 합병으로 인한 포합주식의 소멸이 주식의 처분에 해당하는 손익거래로 보아야 한다고 주장하며 제시한 재정경제부 및 국세청 예규(법인세제과-344, 사전-2021-법규법인-1653)는 완전자회사 간(자회사 A가 자회사 B를 합병) 무증자 합병 시 모회사가 보유하던 피합병법인(자회사 B)의 주식에 대해 합병에 대한 대가를 받지 못하고 전부 소멸되는 경우 해당 주식의 취득가액을 손금산입할 수 있다고 해석한 것으로 이 건과 사실관계가 다르다.3. 심리 및 판단가. 쟁점완전 모·자회사 간 무증자 합병 시 모회사가 합병 전에 투자·보유하던 자회사의 쟁점포합주식에 대하여 신주를 교부하지 않고 소각한 경우, 쟁점포합주식의 취득가액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.(2) 법인세법제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 “주주등”