쟁점면적은 연구시설(지식산업)의 부대시설로서 해당 용도로 직접 사용되고 있으므로 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상이라는 청구주장의 당부

산업용 건축물에 대한 취득세 감면은 산업단지 내 산업 활동 촉진과 기업의 연구·개발 및 경쟁력 강화를 지원하려는 입법 취지에 비추어 감면대상 해당 여부를 건축물의 형식적 용도나 명칭이 아니라 해당 시설이 산업용 건축물의 본래 기능 수행을 위하여 실질적으로 필요하고 기능적으로 연계되어 있는지, 즉 ‘용도에 직접 사용’되고 있는지를 기준으로 판단하여야 하며, 연구시설 역시 독립적인 산업 활동의 한 유형이므로 연구·실험 기능의 수행을 지원·보완하기 위한 관리·지원·대외 소통 기능을 수행하는 시설은 그 실질에 따라 연구시설의 부대시설로 인정될 수 있다고 보이는 점 서울특별시 강서구청장이 2024.10.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2014.2.19. 서울주택도시공사와 서울특별시 강서구 AAA일반산업지구 내 산업시설용지 OOO 외 5필지 29,099㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2014.12.31. OOO원에 취득한 후, 같은 날 처분청에 구 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따라 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.나. 청구법인은 2023.9.25. 이 건 토지 중 서울특별시 강서구 OOO 지상에 건축물 27,039.45㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율(1천분의 28)을 적용한 후 이 건 건축물 중 업무시설 부분(중부영업지원팀이 사용하는 221.96㎡, 2.08%)을 제외한 연구시설 부분(26,817.49㎡, 97.92%)에 대하여 「지방세특례제한법」(2023.6.1. 법률 제19422호로 일부개정 된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「서울특별시 시세 감면 조례」 제13조 제1호에 따른 취득세 감면을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.다. 처분청은 2024.5.27. 이 건 건축물 현지 출장 결과, 청구법인이 당초 연구시설 부분으로 신고한 부분 중 2층 홍보관 132㎡(이하 “쟁점홍보관”이라 한다), 3층 사무실 88.69㎡(이하 “쟁점사무실”이라 한다다), 4층 VIP룸 88.85㎡(이하 “쟁점VIP룸”이라 한다) 합계 309.54㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)를 연구시설 외 목적으로 사용하고 있는 것으로 보아 지특법 제78조 제5항 제2호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2024.10.10. 쟁점면적을 업무시설로 구분하여 이 건 건축물 중 연구시설 및 업무시설 부분 전용면적을 아래 재산정한 후 그 비율에 따라 공용면적과 복리시설 면적을 안분하고, 해당 면적에 대하여 표준세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.27. 이의신청을 거쳐, 2025.4.16. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점면적은 일반적인 업무시설이 아니라 연구시설 운영에 필수적으로 수반되는 부대시설로 보아야 한다. 지특법은 산업용 건축물을 공장, 지식산업, 문화산업, 정보통신산업, 유통시설용 건축물로 규정하고 있으나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “산업입지법”이라 한다) 및 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다)에서는 산업용 건축물 및 부대시설의 범위를 별도로 명확히 규정하고 있지 않다. 다만 공장 및 그 부대시설에 관한 규정만 존재하고, 실제로 지특법에서 산업용 건축물과 공장용 건축물을 혼용하고 있으며, 이는 제조업과의 차별을 해소하고 동일한 세제 혜택을 부여하기 위한 입법 목적에 따른 것이다. 이에 따라 대법원 및 행정안전부 역시 산업용 건축물을 공장용 건축물과 동일하게 해석하고 있으므로, 산업용 건축물의 부대시설 범위 역시 공장용 건축물의 부대시설 정의를 준용하는 것이 타당하다.산업입지법 및 산업집적법 시행규칙 제2조는 공장 부대시설을 사무실, 시험·연구시설, 식당, 휴게실, 제품전시장 및 그 밖에 제조시설의 관리·지원·종업원의 복리후생에 필요한 시설 등으로 규정하고 있으며, 지특법 시행규칙 제6조 또한 수익사업용이 아닌 제조시설 지원 목적의 후생복지시설 등 부대시설을 공장의 범위에 포함하고 있다.쟁점VIP룸은 이 건 건축물에 근무하는 임직원이 외부인과의 회의 등 업무상 필요 시 사용하는 공간이다. 연구시설 특성상 보안이 강화되어 외부인 출입이 제한되므로 별도의 접객공간이 필요하며, 특정 직원이 상주하는 것이 아니라 필요 시 자유롭게 이용되는 공용 공간이므로 연구시설 운영을 위한 필수 부대시설로 보아야 한다.쟁점사무실 역시 연구업무를 관리·보조하는 관련 부서가 사용하는 공간으로, 연구활동의 효율성을 높이는 기능을 수행하며 다른 목적의 업무는 수행하지 않는다. 따라서 사무실 또한 연구시설의 필수 부대시설이다.쟁점홍보관은 연구 및 실험업무의 내용과 성과를 소개·홍보하기 위한 공간으로, 이는 공장의 제품전시장과 유사한 기능을 수행한다. 따라서 홍보관 또한 연구시설과 기능적으로 연계된 필수적인 부대시설로 평가할 수 있다.종합하면, 쟁점부분은 모두 청구법인의 연구 및 실험업무 수행을 위해 반드시 필요한 부대시설에 해당한다.나. 처분청 의견청구법인은 산업용 건축물 감면대상이 되는 산업용 건축물과 관련하여, 지특법 및 산업집적법에서 산업용 건축물 및 부대시설의 범위를 규정하지 않고 있으므로, 감면 도입 취지를 고려할 때 공장용 건축물 부대시설의 정의를 준용하는 것이 타당하다고 주장한다.이에 따라 쟁점사무실은 연구 관련 업무를 관리·보조하는 공간이고, 쟁점홍보관은 연구 및 실험 업무의 내용을 설명하고 성과를 홍보하기 위한 장소이며, 쟁점VIP룸은 외부인의 건축물 출입이 제한되는 상황에서 외부인과의 회의를 위해 사용하는 접객공간이므로, 이들 쟁점 부분은 연구 및 실험업무 수행에 필수적인 부대시설로서 산업용 건축물 감면대상에 해당한다고 주장한다.산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면의 입법취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 경쟁력을 높이려는 데 있다. 따라서 감면대상 여부는 원칙적으로 부동산 취득 당시의 현황, 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.또한 산업용 건축물의 “용도에 직접 사용”이란, 취득자가 산업용 건축물을 직접 신·증축하여 지특법 시행령 제38조 각 호의 용도에 실제로 사용하는 것을 의미한다(행정안전부 지방세특례제도과-2405, 2024.9.25.).먼저, 산업용 건축물 및 부대시설의 범위에 공장용 건축물·부대시설의 정의를 준용할 수 있는지 살펴보면, 지특법 제78조 제4항 및 시행령 제38조 제3호는 감면대상 산업용 건축물을 산업입지법 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과, 이에 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물로 의제하고 있다. 한편 산업입지법 제2조는 공장과 지식산업을 별도로 규정하고 있으며, 공장에 대해서는 산업집적법 제2조 제1호에서 건축물 및 부대시설의 범위를 규정하고 있다.그런데 이 건 건축물의 건축물대장상 주용도는 연구소이고, 청구인 역시 이를 연구·실험 목적으로 사용되는 연구시설 부분에 대해 감면 신청하였다. 또한 청구인이 제출한 이의신청서에도 이 건 건축물이 인접 실험동과 유기적으로 운영되는 연구시설이라고 기재되어 있다.이러한 사정에 비추어 보면 이 건 건축물은 산업집적법 제2조 제1호의 “공장”이 아니라 지식산업 용도의 산업용 건축물로 보아야 하므로, 공장용 건축물·부대시설의 정의를 준용해야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.다음으로 쟁점 부분이 산업용 건축물 감면대상의 부대시설에 해당하는지 살펴보면, 쟁점사무실은 청구인의 조직 중 총무부문 소속 부동산지원팀이 사용하는 곳으로, 총무업무는 경영 전반의 관리·통제 활동에 해당한다. 이는 연구개발 활동과는 본질적으로 업무 성격이 다르다.쟁점홍보관은 현장 사진에 따르면 연구 실적이나 연구 활동을 홍보하는 공간이 아니라, 청구인의 설립 이후 연혁과 주요 활동 등을 소개하는 장소로 사용되고 있다.쟁점VIP룸은 현장 사진에서 상패 등 홍보물이 비치되어 있고, 일반 회의실과 달리 쇼파와 테이블이 구비되어 있으며, 층별 안내도에서도 ‘회의실’과 구분하여 별도로 “VIP Room”으로 표기되어 있다. 이는 외부인과의 회의 목적이라기보다 임원 및 관계자 등을 위한 의전용 공간으로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하다.결국, 쟁점부분은 연구개발 등 지식산업 용도에 직접 사용되는 산업용 건축물과 직접 관련된 부대시설 또는 공용시설로 보기 어렵고, 청구인이 지식산업을 영위한다는 이유만으로 해당 공간이 지식산업 용도에 직접 사용되고 있지 않음에도 산업용 건축물로 볼 수 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점면적은