임의의 사업연도에 손금산입한 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

00사업연도에 감가상각부인(유보)된 000억원은 손비로 계상하지 않은 경우, 상각범위액을 한도로 00-00사업연도에 손금산입하는 것이므로, 임의로 00사업연도부터 손금산입할 수 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2002년 7월 설립되어 제주특별자치도 제주시 OOO에서 종합병원을 운영하며 보건업 및 사회복지서비스업을 영위하는 의료법인(비영리법인)으로서, 결손금 누적으로 의료기기 등 유무형자산의 감가상각비를 거의 계상하지 아니하였다가 2017년에 외부회계감사를 받으면서 기업회계기준에 따른 감가상각누계액을 재무제표에 반영하기 위해 2016년까지 미인식한 감가상각비를 재계산하여 2017사업연도 대차대조표의 이익잉여금에 반영하고, 해당 감가상각비에 대한 감가상각 시부인계산 결과에 따라 발생한 한도초과액을 아래 ＜표1＞과 같이 세무조정하였다.＜표1＞ 청구법인의 2017사업연도 감가상각 한도초과액 세무조정 내역○○○나. 창원세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.7.∼2025.6.25. 기간 동안 청구법인에 대한 비정기 세무조사(조사대상 사업연도 : 2020~2023년)를 실시한 결과, 청구법인이 2017년에 유보처리한 감가상각부인액 누계 OOO원을 2020~2024사업연도에 손금산입(추인)한 것에 대하여, 청구법인이 상각부인액을 시인부족액이 발생한 2018사업연도부터 손금으로 추인하지 아니하고 임의로 손금산입 시기를 이월하여 아래 ＜표2＞와 같이 2020~2023사업연도에 과다하게 손금산입한 것으로 보아 이를 손금불산입하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.8.12. 청구법인에게 2020~2023사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원, 2023사업연도분 OOO원)을 경정·고지하였다.＜표2＞ 세무조사 결과에 따른 청구법인의 과다추인액○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 조사청은 법령 해석 오류로 정률법상 상각범위액 계산구조를 오인하여 손금추인이 없는 상각부인액을 잘못 차감하여 상각범위액을 계산한 것이므로, 청구법인의 감가상각비 계상 및 추인은 「법인세법 시행령」 제26조 제2항 제2호(이하 “쟁점규정①”이라 한다) 및 제32조(이하 “쟁점규정②”라 한다)에 따른 정당한 손금에 해당하고, 처분청이 이를 손금 과다추인으로 보아 청구법인에게 법인세를 경정·고지한 처분은 부당하다.(가) 청구법인은 2017사업연도에 최초로 외부회계감사 대상이 되어 기업회계기준에 따라 과거에 미상각한 감가상각비를 계상하고, 세무조정 과정에서 세법상 한도를 초과한 금액 OOO원을 손금불산입(상각부인) 처리하였으며, 이후 2018~2019사업연도에 시인부족액이 발생하였으나 이월결손금이 존재하여 실질적 세부담이 발생하지 않아 감가상각에 대한 세무조정(손금추인)을 반영하지 아니하였고, 2020~2023사업연도 법인세 신고 시 시인부족액이 발생함에 따라 과거의 상각부인액을 손금으로 추인하였다.(나) 조사청은 청구법인이 2018~2019사업연도에 손금으로 추인하지 아니한 상각부인액을 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”으로 보아 미상각잔액에서 차감하였는데, “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”이란 실제로 세법상 손금으로 인정된 금액을 의미하고, 손금추인이 이루어지지 않은 상각부인액은 누적 손금산입액에 포함되지 않으므로 여전히 미상각잔액으로 남아 다음 사업연도의 상각범위액 산정 시 그대로 이월되는 것이다.(다) 감가상각제도 자체가 납세자가 손금계상 여부를 결정할 수 있는 임의감가상각을 택하고 있으므로 쟁점규정② 후단의 “손금에 산입한다”는 규정은 납세자에게 손금산입을 허용하는 권리규정으로 해석하여야 하는 것이고, 이를 강제규정으로 해석하여 납세자가 추인하지 않은 상각부인액을 소멸시키는 것은 그 입법의 취지와 실질과세 원칙에 반하여 위법하다.만일 쟁점규정②의 “손금으로 추인한다”는 규정이 강제규정이라면 손금추인을 하지 않았을 경우 상각부인액이 소멸한다거나 경정청구만을 위해 손금산입할 수 있다는 등의 단서조항이 있어야 하나 현행 법령상 이러한 규정은 존재하지 않고, 경정청구를 통한 손금추인의 적합성 여부를 다툰 조세심판원의 심판례(국심 2005서995, 2006.11.29.)가 있는 것 또한 해당 규정이 강제규정이 아님을 방증한다.(라) 감가상각제도는 자산의 취득가액을 그 효익이 발생하는 기간에 합리적으로 배분하여 법인의 실질손익을 정확히 반영하고 조세부담의 시기적 형평을 확보하기 위한 제도로서, 법인의 경제적 실질을 충분히 반영하여 과세하기 위한 정책적 장치라고 할 것이고, 청구법인이 2018~2019사업연도에 전기이월된 상각부인액을 손금으로 추인하지 않은 것은 단순히 세법 해석과 손금계상 시기의 문제일 뿐, 청구법인은 지속적 결손 상태에 있었으므로 인위적인 손익조작을 통해 세부담을 줄일 동기가 전혀 없었고, 실제로 손익을 조작하거나 과세표준을 인위적으로 낮추는 등 실질적 변동을 초래하지도 않았는데, 2018~2019사업연도에 손금추인을 하지 않았다는 이유만으로 상각부인액을 소멸시키는 것은 세법상 취지와 실질과세원칙에 반하는 것이다.(2) 제주세무서장이 2021년경 실시한 세무조사 당시 감가상각 관련 사항에 대하여 경정권을 행사하거나 손금귀속시기 시정을 안내하였다면 청구법인은 경정청구를 통해 적법한 절차로 손금추인을 정리할 수 있었을 것이나, 과세관청의 소극적 태도로 정당한 구제의 기회를 상실하였을 뿐 아니라 이를 장기간 방치하여 가산세까지 부과받게 되었고, 조사청의 뒤늦은 지적으로 경정청구 대상인 2018~2019사업연도의 법정 경정청구기간이 경과한 상황에서 2020~2023사업연도의 손금추인만 전면 부인당하는 부당한 결과가 초래된바, 이는 실질과세 원칙, 신의성실 원칙 및 신뢰보호 원칙에 명백히 반하는 행정적 과실로서 부당하다.(3) 청구법인은 지역사회의 의료서비스를 담당하는 공익법인으로서 매 사업연도마다 납세의무를 성실히 이행해 왔고, 만일 이 건 부과처분이 확정되어 약 OOO 원의 세부담을 지게 된다면(현재 6개월 납부유예 중이고 6개월 이후에도 현실적으로 납부가 어려운 재정 상황으로서 이후 가산세가 누적될 우려), 공익적 의료서비스를 지속하기 어렵게 되어 지역사회의 의료체계에 중대한 지장이 초래될 수 있다는 점 또한 고려되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 감가상각 시부인계산 결과로 발생한 상각부인액은 그 후 사업연도에 시인부족액이 발생하면 반드시 손금으로 추인되어야 하는 것이고, 세법에 따라 올바르게 계산된 손금추인액은 상각범위액 계산 시 쟁점규정①의 “이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액”에 해당한다.(가) 「법인세법」의 감가상각 관련 규정은 감가상각비의 손금산입 시기에 대해 명확히 규정하고 있지 않고, 법인이 결산서에 반영한 사업연도에 그 손금산입의 시기를 선택한 것으로 보아 상각범위액의 한도 내에서 손금으로 인정하게 되는 것인데, 청구법인은 감가상각의 누적효과를 이익잉여금의 감소로 처리하였고, 이러한 경우에도 법인이 결산서에 손비로 계상한 것으로 보는 것이다(법인세법 기본통칙 23-0…4 참고).(나) 한편 감가상각 시부인계산의 전제는 법인이 결산서에 감가상각비를 계상하는 것인데, 그 감가상각비가 상각범위액 내의 금액이든지, 상각범위액을 초과하여 상각부인액이 발생하든지, 법인이 감가상각비를 손비로 계상한 때를 손금의 산입시기로 선택한다는 점은 동일한바, 상각부인액이 발생하는 경우에도 이미 감가상각 시부인계산을 행한 과세기간의 결산서에 감가상각비를 반영한 것이므로 이미 손금산입 시기를 선택한 것이고, 상각부인액에 대한 손금추인의 귀속연도는 더 이상 법인의 선택 사항이 아니게 되는 것이다.(다) 손금으로 추인하지 않은 상각부인액이 상각범위액 계산에 있어서 “이미 감가상각비로서 손금에 산입한 금액”에 해당하지 않는다는 것은 전제부터 잘못된 주장으로서, 세법에 따라 올바르게 계산된 손금추인액은 상각범위액 계산 시 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액에 해당하는 것이고, 올바른 상각범위액은 기업회계기준이나 법인의 잘못된 세무조정과 무관하게 「법인세법」에 따라 정당하게 계산된 세무상 장부가액을 기준으로 계산하는 것인바, 쟁점규정①에서 정률법의 감가상각방법은 해당 ‘감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한