비영리법인의 수익사업부문을 분리하여 법인을 설립하는 것이 법인세법상 조직변경 또는 분할에 해당하는지 여부

1. 사실관계 ○ 신청법인은 ｢민법｣ 제32조 * 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리 사단법인임 * 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있음 ○ ｢군수조달에 관한 특별조치법(법률 제3163호, 1979.4.17.)｣의 개정에 따라 신청법인의 업무수행 근거가 마련됨(법§22의3①) * 1983.12.31. 법률 제3699호로의 개정에 따라 ｢군수조달에 관한 특별조치법｣은 ｢방위산업에 관한 특별조치법｣으로 명칭이 변경 ○ ｢방위산업에 관한 특별조치법｣(법률 제5614호, 1998.12.31., ‘방산특조법’)이 개정됨에 따라 신청법인은 방산특조법에 근거하여 국방부장관의 인가를 받아 1999.3.5. 방산업체 보증기금*을 설치 * 다음의 보증업무를 수행하기 위하여 방산업체의 출자금으로 조성되는 기금을 말하며 이익분배 조항을 두고 있음 1. 방산특조법 제7조의2제3항의 규정에 의한 기금의 융자금에 대한 보증 2. 방산특조법 제12조제1항의 규정에 의한 방산물자의 조달ㆍ연구개발 및 시제생산계약의 입찰보증금ㆍ계약보증금 및 하자보증금에 대한 지급보증 3. 방산특조법 제12조제2항의 규정에 의한 착수금 및 중도금에 대한 보증 4. 군수품관리법 제24조 의 규정에 의한 관급품에 대한 위험보증 5. 비축원자재에 대한 대부보증 ○ 이후, 방산특조법이 폐지되고 ｢방위사업법｣이 제정(법률 제7845호, 2006.1.2.)되었으며, ｢방위사업법｣ 부칙은 신청법인을 ｢설립허가를 받은 단체｣ 및 지정받은 ｢보증업무 수행기관｣으로 보도록 하였음 ○ 2020년 2월, 방위산업의 발전과 관련된 부분을 분리하여 제정된 ｢방위산업 발전 및 지원에 관한 법률(‘방산발전법’)｣ 부칙은, 신청법인이 방산발전법 시행 후 6개월 이내에 방위사업청장에게 공제조합(법인) 설립인가를 받도록 규정하는 한편(방산발전법 부칙§4①) - 신청법인의 보증사업과 관련된 모든 재산·권리·의무를 공제조합이 승계하고(방산발전법 부칙§4②), 신청법인에 대한 행위 및 신청법인이 한 행위를 공제조합에 대하여 한 행위 및 공제조합이 한 행위로 보며(방산발전법 부칙§4③), 보증기금의 출자회원과 그 출자금은 공제조합의 출자조합원과 출자금으로 보도록 하였음(방산발전법 부칙§4④)  보증사업본부의 보증계약 및 근로관계 등은 신설되는 공제조합에 그대로 승계되고, 신청법인은 ｢보증사업과 관련된 부분｣을 제외하고는 기존대로 존속함 2. 질의내용 ○ (질의1) ｢방위산업 발전 및 지원에 관한 법률｣ 부칙에 따라 신청법인(비영리법인)의 보증사업을 분리하여 공제조합(영리법인)을 신설하는 것이 ｢법인세법｣상 조직변경에 해당하는지 ○ (질의2) 위 공제조합(영리법인)을 신설하는 것에 대하여 ｢법인세법｣상 분할에 관한 규정을 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제8조 【사업연도의 의제】 ③ 내국법인이 사업연도 중에 제78조 각 호에 따른 조직변경을 한 경우에는 조직변경 전의 사업연도가 계속되는 것으로 본다. ○ 법인세법 제78조 【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다. 1. 「상법」의 규정에 따라 조직변경하는 경우 2. 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 인하여 「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우 3. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ○ 법인세법 시행령 제120조의26 【법인의 조직변경의 범위】 법 제78조제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다. 1.「변호사법」에 따라 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우 2.「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우 3.「변리사법」에 따라 특허법인이 특허법인(유한)으로 조직변경하는 경우 4. 「협동조합 기본법」 제60조의2제1항 에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우 5. 「지방공기업법」 제80조 에 따라 지방공사가 지방공단으로 조직변경하거나 지방공단이 지방공사로 조직변경하는 경우 ○ 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. ○ 민법 제33조 【법인설립의 등기】 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. ○ 민법 제34조 【법인의 권리능력】 법인은 법률의 규정에 좇아 정관으로 정한 목적의 범위내에서 권리와 의무의 주체가 된다. ○ 민법 제38조 【법인의 설립허가의 취소】 법인이 목적 이외의 사업을 하거나 설립허가의 조건에 위반하거나 기타 공익을 해하는 행위를 한 때에는 주무관청은 그 허가를 취소할 수 있다. ○ 민법 제39조 【영리법인】 ① 영리를 목적으로 하는 사단은 상사회사설립의 조건에 좇아 이를 법인으로 할 수 있다. ○ 상법 제169조 【회사의의의】 이 법에서 "회사"란 상행위나 그 밖의 영리를 목적으로 하여 설립한 법인을 말한다. ○ 상법 제172조 【회사의 성립】 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. ○ 상법 제530조의2 【회사의 분할ㆍ분할합병】 ① 회사는 분할에 의하여 1개 또는 수개의 회사를 설립할 수 있다. ○ 상법 제230조 【합병의 결의】 회사가 합병을 함에는 총사원의 동의가 있어야 한다. ○ 상법 제269조 【준용규정】 합자회사에는 본장에 다른 규정이 없는 사항은 합명회사에 관한 규정을 준용한다. ○ 상법 제287조의41 【유한책임회사의 합병】 유한책임회사의 합병에 관하여는 제230조, 제232조부터 제240조까지의 규정을 준용한다. ○ 상법 제522조 【합병계약서와 그 승인결의】 ① 회사가 합병을 함에는 합병계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다. ○ 상법 제598조 【합병의 방법】 유한회사가 다른 회사와 합병을 함에는 제585조의 규정에 의한 사원총회의 결의가 있어야 한다. ○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의의제】 ② 제1항제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 합병대가 : 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(괄호생략)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액 2. 분할대가 : 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(괄호생략)의 주식의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액