입주권 프리미엄에 대한 취득세 부과는 소급과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부

최초 신고 시 쟁점금액(프리미엄)을 뺀 금액만을 과세표준으로 산정하였으므로 취득시기 前 종전 소유자에게 지급한 프리미엄도 과세표준에 포함되어야 하는 점에서 취득세 과세표준에 포함되며, 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 프리미엄이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무 성립 이후 새로운 법령을 적용하여 취득세 등을 부과한 사실이 나타나지 아니한 점 등 고려시 부과처분이 위법하다고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2018.1.22. OOO재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다) 지구 내 서울특별시 OOO호 토지(이하 “종전부동산”이라 한다)를 조합원으로부터 매매로 취득 후 그 매매금액 OOO원(권리가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원, 프리미엄을 이하 “이 건 프리미엄”이라 한다)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구인은 2020.5.19. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득한 후, 쟁점주택의 분양가액OOO원에서 종전부동산의 가액 OOO원을 차감한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.다. 처분청은 2025.5.10. 쟁점주택의 취득세 과세표준은 종전부동산의 취득금액에서 분담금 등을 합한 사실상 취득가액으로 하여야 하나 청구인이 취득세 과세표준을 과소신고한 것으로 보아 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025.12.29 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장아주 오랫동안 서울, 경기 등 지방자치단체는 과세표준에서 프리미엄을 제외해 왔고 법인 장부가액(조합원분양가액 + 옵션가액)으로 하여 취득세 과세표준을 계산하는 방식이 납세자에게 일반적으로 받아들여진 관행이라 할 것인바, 행정안전부의 새로운 유권해석을 기준으로 취득세 등을 부과하는 것은 「지방세기본법」 제20조에 따른 소급과세금지의 원칙 등을 위반한 처분이다.나. 처분청 의견청구인이 취득한 종전부동산 및 쟁점주택은 각각 별개의 취득세 과세대상에 해당하므로 이들의 취득세 과세표준을 산정함에 있어서도 각각의 취득가액을 기준으로 각각 산정하는 것이 타당한 점, 종전부동산의 취득세 과세표준에는 이 건 프리미엄이 포함되어 있으나 쟁점주택의 취득세 과세표준에는 종전부동산의 가액이 포함되어 있을 뿐 이 건 프리미엄 가액이 과세표준에 포함된 것은 아니며, 처분청은 쟁점주택에 대한 취득세 등을 과세하면서 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2항에 따라 쟁점주택의 취득세 중 종전부동산 가액 합계액에 해당하는 취득세 등을 면제하였으므로 이중과세라고 볼 수 없는 점, 지방세법령의 소관부처인 행정안전부에서도 쟁점주택의 취득세 과세 표준 산정시 이 건 프리미엄에 해당하는 가액도 포함되어야 한다고 유권해석한 점(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.), 처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정 시 이 건 프리미엄이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무가 성립한 이후의 새로운 법령을 적용하여 이 건 처분을 한 사실이 확인되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인이 쟁점주택의 취득세 등을 과소신고·납부한 것으로 보아 부과제척기간 내에 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.3. 심리 및 판단가. 쟁점입주권 프리미엄에 대한 취득세 부과는 소급과세의 원칙 등에 위배되어 위법하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 이 건 재개발사업은 2014.10.30. 사업시행인가, 2015.11.19. 관리처분인가되었다.(나) 청구인은 2018.1.22. 조합원으로부터 종전부동산을 매매로 취득하여 조합원 지위를 승계하였고 매매금액 OOO원(권리가액 OOO원 + 프리미엄 OOO원)을 과세표준으로 하여 취득세 등OOO원을 신고·납부하였다.(다) 청구인은 2020.5.19. 이 건 재개발사업의 시행에 따라 신축된 쟁점주택을 취득하고, 쟁점주택의 분양가액 OOO원에서 종전부동산의 취득세 과세표준 OOO원을 차감한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(라) 행정안전부장관은 2023.8.22. ① 프리미엄은 승계조합원이 재개발 사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 취득세 과세표준에 포함되는 것이 타당하다 할 것이고, ② 이러한 입법취지는 행정안전부의 유권해석을 통해 지방자치단체에 한 회신문이나 대외적으로 공표한 해명자료 및 조세심판원의 결정에서도 확인되고 있다는 내용으로 질의회신문(지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.)을 통보하였다.(마) 처분청은 쟁점주택에 대한 취득세 등은 쟁점주택의 취득가액 OOO원(종전부동산 가액에 분담금 등을 합한 금액)에서 종전부동산의 과세표준인 OOO원을 뺀 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 금액이나, 청구인이 취득세 등을 과소 신고·납부한 것으로 보아 2025.5.10. 청구인에게 초과부동산가액 OOO원에서 당초 신고한 취득세 과세표준 OOO원을 차감한 금액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.[표] 처분청의 과세표준 산정내역○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,(가) 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에서 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제하되, 그 제2호에서 사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자가 환지계획 등에 따라 취득하는 부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제35조 제2항에서 법 제74조 제2항에 따른 초과액은 같은 조 제1항의 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 쟁점주택에 대한 취득세 등을 과소신고ㆍ납부한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다고 주장한다.그러나, 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2항을 종합하면 재개발사업의 승계조합원이 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하고, 그 초과액은 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준(「지방세법」 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격이 증명되는 경우에는 사실상의 취득가격을 말한다)에서 환지 이전의 부동산의 과세표준(승계취득할 당시의 취득세 과세표준을 말한다)을 뺀 금액으로 하도록 규정하고 있는 점,청구인은 원조합원으로부터 취득한 종전부동산과 청산금을 이 건 조합에게 지급하면서 쟁점주택을 환지받아 취득한 것이므로 쟁점주택의 취득가액에는 종전부동산의 가액도 포함되는 것으로 보는 것이 타당한 점,지방세법령의 소관부처인 행정안전부에서도 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 종전부동산의 취득과 관련하여 지급한 가액(권리가액, 프리미엄 등) 및 분담금 등이 포함되어야 한다고 유권해석한 점(행정안전부 지방세특례제도과-2207, 2023.8.22.),처분청이 쟁점주택의 취득세 과세표준 산정시 이 건 프리미엄 등이 과세표준에서 제외된다는 공적 견해표명을 한 사실이 없고, 쟁점주택에 대한 취득세 등의 납세의무 성립 이후의 새로운 법령을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 사실이 나타나지 아니한 점 등에 비추어청구인이 쟁점주택을 취득하고 취득세 과세표준을 과소신고한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2019.