벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례 적용 관련 질의

1.사실관계 ○ A직원이 아래와 같이 주식매수선택권 부여를 받았음 - (1차) 2016년 1월에 10,000주 - (2차) 2018년 1월에 20,000주 - (3차) 2020년 1월에 40,000주 - (4차) 2020년 7월에 30,000주 하여 총 100,000주를 부여 ○ A직원이 2021년 6월 14일에 2018년에 부여받은 주식매수선택권 20,000주를 행사하고 개정 전 조세특례제한법 제16조의2 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】 를 적용받아 행사이익 중 2천만원을 비과세 받았음. 2.질의내용 ○ (질의1) ’22. 6월 중 ’20. 1월(3차)에 부여받은 주식매수선택권 30,000주를 행사할 경우 개정된 조세특례제한법 제16조의2 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】 를 적용받아 행사이익 중 5천만원 전액을 비과세 혜택을 받을 수 있는지 질의함 ○ (질의2) ’21.6.14.에 2차로 부여받은 주식매수선택권의 행사이익 중 2천만원을 비과세 받았으므로 ’22년에 3차 행 사분(’20. 1월 부여)에 대해서 개정된 조세특례제한법 제16조의2 의 변경된 한도 5천만원에서 2천만원을 제외한 3천만원까지 비과세를 받을 수 있는 지 질의함 ○ (질의3) 부여받은 주식매수선택권 중 미행사한 주식매수선 택권을 분할로 행사하는 경우 개정된 조세특례제한법 제16조 의2에 따라 매년 5천만원 한도로 행사이익 비과세를 받을 수 있는지 질의함 ○ (질의4) ’24년에 ’20.7.1.(4차)에 해당하는 주식매수선택권 30,000주를 행사할 경우 이전에 부여받은 주식매수선택권(1차, 2차, 3차)를 행사하면서 비과세 혜택을 받았지만 부여일이 다르므로 연간 5천만원 한도로 행사이익 비과세 혜택을 받을 수 있는지 질의함 3.관련법령 ○ 조세특례제한법 제16조의2 【벤처기업 주식매수선택권 행사 이익 비과세 특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3 에 서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사 (벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4 까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식 매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원 을 초과하지 못한다. ※ 부칙(제19199호, 2022.12.31.) 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행 한다. ○ (구) 조세특례제한법 제16조의2 【벤처기업 주식매수선택권 행사 이익 비과세 특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및「상법」제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수 선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4 까지 "벤처기업 주식매수선택권 행사이익"이라 한다) 중 연간 5천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. ※ 부칙(제18634호, 2021.12.28.) 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행 한다. 제10조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세특례에 관한 적용례) ① 제16조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선 택권을 행사하는 경우부터 적용한다.