산업용 부동산을 취득한 후 자회사 및 협력업체에게 임대 및 사용대차하여 청구법인의 제품을 생산하도록 한 경우 「지방세특례제한법」상 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

청구법인이 협력업체들과 이 건 사용대차 계약을 체결하거나 자회사와 임대차계약을 체결하여 제품을 직접 제조하지 않고 협력업체들과 자회사에게 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하고 이를 판매하는 경우라도 생산할 제품을 직접 기획하고, 자기 계정으로 구입한 원재료를 협력업체들과 자회사에 제공하여 그 제품을 자기명의로 제작하게 하고 이를 인수하여 직접 시장에 판매하는 경우 또한 제조업에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2024방1033, 2025.12.3., 조심 2025지1423, 2026.1.14., 조심 2025지1633, 2026.1.14. 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨 울산광역시 북구청장이 2025.1.3. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2019.11.13. 울산광역시 OOO내 토지(이하 “이 건 ①토지”라 한다)를 취득하고 2020.5.11.∼2021.2.15. 기간 중에 그 지상에 OOO건축물(이하 “이 건 ①공장 용 건축물”이라 하고, 이 건 ①토지와 함께 “이 건 ①부동산”이라 한다)을 신축·취득하면서 이 건 ①부동산에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ①취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2019.11.18. 울산광역시OOO토지(이하 “이 건 ②토지”라 한다)를 취득하고 2020.10.12. 그 지상에 OOO건축물(이하 “이 건 ②공장용 건축물”이라 하고, 이 건 ②토지와 함께 “이 건 ②부동산”이라 한다)을 신축·취득하면서 이 건 ②부동산에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ②취득세 등”이라 하고, 이 건 ① 취득세 등과 함께 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 2024.11.11. 이 건 ①·②부동산(이하 “이 건 부동산”이라 한다)이 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 산업용 건축물 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.3. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.31. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 부동산은 취득 이후부터 현재까지 계속적으로 청구법인의 자동차 모듈 및 부품 제조사업에 사용되고 있고 생산위탁 형태를 통해 제조활동이 이루어지고 있다.(가) 청구법인은 이 건 부동산에서 모듈 제조사업을 영위함에 있어서 제품기획·연구개발·구매·영업 등 Value Chain상 주요 기능은 모두 청구법인이 주도적으로 수행하고, 제품의 생산 기능은 청구법인이 A 주식회사(이하 “A”라 한다), B 주식회사(이하 “B”라 한다, A와 함께 “협력업체”라 한다)에게 청구법인의 제품을 생산하는데 필요한 원재료와 설비를 무상으로 제공하고 협력업체들로부터는 인적 자원만을 공급받는 생산위탁 형태(이하 “무상사급”이라 한다)로 협력업체들의 인적자원을 활용하여 생산하고 있다가 A가 생산하고 있던 이 건 ①공장용 건축물은 2022년 11월 청구법인의 자회사인 OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 설립됨에 따라 현재는 쟁점법인으로부터 인적 자원을 공급받는 생산위탁 형태로 청구법인의 모듈 제품을 생산하고 있다.(나) 이 건 부동산을 청구법인이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보기 위해서는 이 건 부동산을 운영하는 형태가 청구법인이 이 건 부동산에서 주된 사업인 제조업을 영위한다고 볼 수 있어야 하고, 한국표준산업분류 중 제조업에 대한 설명에 따르면 자기가 특정 제품을 직접 제조하지 않고, 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하고, 이를 인수하여 판매하는 경우에는 아래 4가지 조건이 모두 충족되면 그 자신은 제조업을 영위하는 것으로 규정하고 있다.○○○(다) 이에 청구법인이 이 건 부동산을 운영하는 형태가 제조업을 영위하는지를 살펴보면, 청구법인 협력업체들과는 부품생산 위탁계약(이하 “이 건 제1차 위탁계약”이라 한다)을, 쟁점법인과는 이후에 부품생산 위탁계약(이하 “이 건 제2차 위탁계약”이라 하고, 이 건 제1차 위탁계약과 합하여 이하 “이 건 위탁계약”이라 한다)을 각각 체결하였고 협력업체들과 쟁점법인은 이 건 공장에서 청구법인이 직접 기획한 제품의 도면 등 사양서류 및 청구법인의 계산으로 구입한 원재료를 무상사급 형태로 제공받아 오로지 청구법인 명의의 모듈 및 부품 제품만을 수탁생산하고 있고, 청구법인은 협력업체들과 쟁점법인이 제조한 청구법인 명의의 모듈 및 부품 제품을 인수하여 청구법인의 책임 아래 시장에 판매하는 형태로 이 건 부동산을 운영하고 있으므로 청구법인은 이 건 부동산에서 직접 제조활동을 수행하고 있는 것이다.(라) 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-2845호, 2020.11.30.)에서도 특정 제품을 직접 제조하지 않고, 다른 제조업체에 의뢰하여 그 제품을 제조하게 하였더라도 그 제품을 고안하고 디자인하는 등 생산할 제품을 직접 기획하여 제조하게 하고 이를 인수하여 판매하는 위탁생산방식의 제품생산도 지방세 감면대상인 제조업에 직접 사용한다고 보아야 한다고 해석하고 있으므로 이 건 부동산은 청구법인의 주된 사업인 제조업에 직접 사용하고 있는 것이다.(2) 협력업체들은 청구법인이 무상으로 제공한 원재료 및 이 건 부동산을 오로지 청구법인의 제품을 제조하는 데에만 사용할 수밖에 없고, 청구법인은 생산된 제품 전부를 자신의 책임 아래 완성차업체에 판매하였으므로 이 건 공장용 건축물은 사용대차 계약을 통해 청구법인의 제조업에 직접 사용되고 있는 것이다.(가) 청구법인은 협력업체들과 이 건 제1차 위탁계약을 체결하고 협력업체들에게 필요한 원재료와 설비를 무상으로 제공하는 이른바 무상사급 형태로 모듈 및 부품을 생산하였는데, 협력업체들에게 각 PE모듈과 샤시모듈, 배터리시스템 부품 생산을 위탁하고 협력업체가 위탁업무를 수행하는데 있어 필요한 부동산, 설비, 전산장비 및 소프트웨어 모두 무상으로 사용할 수 있도록 사용자 대차계약(이하 “이 건 사용대차계약”이라 한다)을 체결하였다.(나) 협력업체들은 청구법인이 무상으로 제공한 원재료 등의 부품이나 시설물을 오로지 청구법인의 제품을 제조하는 데에만 사용하게 되며 다른 용도로 사용할 수 없고, 이러한 도급용역의 수행은 모두 이 건 공장용 건축물에서 이루어지며 청구법인의 제품만을 수탁생산하였으며, 청구법인은 이에 따라 생산된 제품 전부를 자신의 책임 아래 완성차업체에 판매하였다.(3) 이 건 ①공장용 건축물에서 사업을 운영하는 쟁점법인은 협력업체 근로자들의 처우개선과 생산성 향상을 목적으로 하여 설립된 법인으로 쟁점법인 설립 후에도 이 건 부동산은 쟁점법인 설립 전과 동일한 방식으로 운영되고 있다.(가) 이 건 ①공장용 건축물에서 무상사급 형태로 모듈을 생산하던 협력업체인 A는 2022.10.11. 청구법인의 100% 자회사로 생산전문 통합계열사인 쟁점법인이 설립되면서 직원 전부가 모듈 통합계열사인 쟁점법인에 채용되었고 이후 쟁점법인이 이 건 ①공장용 건축물에서 A가 수행하던 방식과 동일하게 무상사급 형태로 모듈을 생산하고 있다.이와 같이 청구법인이 쟁점법인과 같은 생산전문 통합계열사를 신설하고자 하였던 것은, 2020년 3월과 2021년 10월 청구법인의 충주공장 협력사 노동조합원들 약 400여명이 청구법인에게 「파견근로자 보호에 관한 법률」(이하 “파견법”이라 한다)의 위반을 근거로 청구법인에 정규직 고용을 요구하는 근로자 지위확인 소송을 제기하고, 2021년 12월 고용노동부에 파견법 위반에 대한 진정을 제기하는 등 협력업체들 직원 관련 노사문제가 발생하게 된바, 기존 청구법인이 협력업체들이 직원들을 통해 청구법인 소유의 공장에서 제조활동을 수행하던 형태를 협력사 직원들을 청구법인 계열 소속으로 변경하는 고용형태 개선을 통해 생산공장에서 업무를 수행하던 협력업체 근로자의 고용안정 및 처우개선과 향후 양질의 일자리 창출 등 사회적 책임 이행 및 생산 효율성 향상을 위한 것이었다.(나) 쟁점법인이 설립된 이후에도 쟁점법인은 이 건 ①공장용 건축물에서 무상사급 형태로 청구법인의 모듈 제품을 제조하고 있는 점, 원재료나 이 건 공장을 비롯한 그 밖의 시설물 등은 오로지 모듈 제품 제조만을 위해 사용되어야 하고 그 밖의 다른 용도로는 사용될 수 없는 점, 이 건 공장에서 생산된 모듈 제품은 모두 청구법인이 인수하여 청구법인의 책임 아래 매출하고 있는 점 등 이 건 부동산의 운영형태는 쟁점법인 설립 전과 쟁점법인 설립 후가 동일하다.(다) 다만, 쟁점법인은 청구법인의 100% 자회사로 특수관계법인에 해당하므로 쟁점법인이 적정 임대료를 지급하지 않고 이 건 부동산 내에서 부품위탁생산 활동을 하는 경우, 청구법인은 쟁점법인에게 이 건 부동산에 대한 임대용역을 공급한 것에 해당하여 부가가치세를 납부하여야 하는 상황이 되기 때문에 형식적으로 임대차계약을 체결할 수 밖에