쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부

「민간임대주택에 관한 특별법」(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)에 따르면 폐지유형인 단기임대주택은 그 규정이 삭제되었고, 쟁점임대주택은 단기임대주택에 해당하여 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 취득세 등의 감면 대상에 해당한다고 보기 어려움. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2021.5.10. 경기도 안양시 OOO 62세대(전용면적 40㎡ 이하 임대주택, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)에 대하여 OOO 주택재개발정비사업조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)과 계약(임대사업자 지위 포괄양수도)한 ㈜AAA(이하 “양도법인”이라 한다)로부터 양수인 지위를 이전받았다.나. 청구법인은 2024.5.20. 쟁점임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조에 따른 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 한 후, 2024.5.28. 처분청에 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.다. 이후 처분청은 쟁점임대주택이 단기민간임대주택으로서 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2024.7.11. 청구법인에게 쟁점임대주택에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과.고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.23. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 민간임대주택법에 따라 쟁점임대주택을 단기민간임대주택으로 하여 적법하게 임대사업자등록을 한 것이므로, 「지방세특례제한법」 제31조 제1항에서 규정하는 감면 제외 대상의 임대사업자에 해당하지 않는다.(2) 또한, 청구법인은 임대사업을 영위하기 위하여 사업시행자인 이 건 조합의 건설임대사업을 사업양수도의 방식으로 포괄승계받은 자로서 쟁점임대주택을 최초로 분양하는 경우에 해당하므로 「지방세특례제한법」 제31조 제2항의 취득세 감면요건을 충족하는바, 이 건 취득세 처분은 잘못이 있다.나. 처분청 의견(1) 국토교통부는 2020.7.10. 민간임대주택사업이 주택가격 상승의 원인이라며 “주택시장 안정 보완대책”을 통해 단기임대와 아파트에 대한 민간매입임대주택 제도를 폐지하기로 하고, 민간임대주택법(2020.8.18., 법률 제17482호로 개정된 것)을 일부 개정하였다. 이에 따라 임대주택의 범위에 단기 민간임대주택(4년)과 장기일반민간임대주택(아파트)이 폐지되었고, 2020.7.11. 이후 장기일반민간임대주택으로 변경·신고한 주택에 대해서는 취득세 등의 감면대상에서 제외되었다.(2) 청구법인은 민간임대주택법 제43조에 따라 이 건 조합으로부터 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계받았고 임대사업자 등록증에도 단기민간임대주택으로 등록되어 있다고 주장하나,청구법인은 쟁점임대주택을 건설한 것이 아니라 매입한 것이고, 민간매입임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자등록을 한 경우에 해당하므로 민간임대주택법 제31조 제2항에서 규정하는 취득세 감면대상에 해당하지 않는바, 처분청의 이 건 취득세 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점임대주택이 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에서 규정하는 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 이 건 조합은 2020.3.30. 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자를 등록(등록번호 OOO)한 것으로 나타난다.(나) 이 건 조합은 2021.3.5. 쟁점임대주택(전용면적 39.84㎥, 62세대)을 매각하기 위하여 임대주택 포괄양수자 선정 입찰을 공고하였고, 그 결과 양도법인이 선정되었다.(다) 이 건 조합과 양도법인은 2021.4.8. 아래와 같이 쟁점임대주택에 대하여 포괄양수도 계약을 체결한 것으로 확인된다＜쟁점임대주택 포괄양수도 계약서(일부발췌)＞○○○(라) 청구법인은 2021.4.12. OOO를 본점으로 하여 부동산매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 양도법인의 SPC법인으로, 두 법인의 대표이사가 동일인인 것으로 나타난다.(마) 이후 양도법인은 2021.5.6. 이 건 조합에게 아래와 같이 쟁점임대주택 포괄양수인 계약당사자 변경을 요청하였고, 2021.5.10. 양수자의 지위가 최종적으로 청구법인에게 이전되었다.[포괄양수인 계약당사자변경요청서 일부발췌]○○○(바) 안양시 고시 OOO에 따르면, 쟁점임대주택은 2022.8.30. 준공(정비기반시설 제외) 인가된 것으로 나타난다.(사) 청구법인은 2024.5.20. 민간임대주택법 제5조에 따라 쟁점임대주택을 임대목적물로 하여 아래와 같이 임대사업자 등록을 완료한 것으로 나타난다.[청구법인의 임대사업자 등록 내용]○○○(아) 청구법인은 2024.5.28. 쟁점임대주택에 대하여 「지방세특례제한법」 제31조 제2항 제1호에 따라 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양받은 경우로 보아 취득세의 85%를 감면받아, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고.납부하였다.(자) 이후 처분청은 쟁점임대주택이 단기민간임대주택으로서 「지방세특례제한법」 제31조 제2항에 따른 취득세 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2024.7.11. 청구법인에게 이 건 취득세를 부과.고지하였다.(2) 행정안전부장관은 2025.5.14. 지방세법규해석심의위원회를 개최하여 ‘임대사업자가 재개발조합이 건축한 건설임대주택을 포괄양수하여 임대주택으로 등록한 경우「지방세특례제한법」제31조 제2항 제1호에서 규정하는 임대주택의 최초 분양으로 보아 취득세 면제 대상’이라는 종전 해석을 변경하는 신규 해석을 제시하였다.[행정안전부 종전 해석 일부발췌(지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)] 귀문 관련, 재개발조합이 임대목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면대상에 해당하지 않습니다. [행정안전부 신규 해석 전문(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)] ＜재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수한 임대사업자의 취득세 감면대상 여부 회신＞ 2. '감면대상 임대사업자의 범위'와 관련된 기존 유권해석(행정안전부 지방세특례제도과-2102, 2022.9.21.)을 「지방세관계법규 해석민원 처리지침」제16조 제1항에 따라 '지방세법규해석심사위원회 심의'(2025.5.14.)를 거쳐 변경하였음을 알려드립니다. 3. ＜질의 요지＞ ○ 재개발조합이 건축하고 건설임대주택으로 등록한 아파트(이하 "쟁점 아파트"이라 함)를「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 포괄양수하고 임대주택(임대사업자등록증 상 ‘건설임대’로 등록)으로 등록한 경우, - 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부 4. ＜회신 내용＞ □ 「지방세특례제한법」제31조 제2항 본문에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있고, </