수도권내 본사, 수도권외 지방공장을 가진 청구법인이 취득한 임대목적으로 취득한 쟁점가설재가 투자세액공제 대상인지 여부

청구법인은 임원과 쟁점가설재 임대 영업직원의 대부분이 수도권 본사에서 근무하고 그 임대매출과 관련한 세금계산서 역시 수도권 본사의 사업자번호로 발행된 반면, 지방공장 사업활동은 임대기간 종료 후 회수·보관 수준에 불과하고 청구법인은 쟁점가설재를 임대 목적으로 취득하였을 뿐이어서 청구법인의 사업장에서 안전시설을 취득한 것으로 보기도 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 철강재의 제조 및 판매업 등을 목적으로 1972.12.14. 설립되어 포항, 당진, 광양, 부산(영업소)에 공장을 둔 상장법인이고, 2023년 말 현재 서울특별시 OOO에 본사를 두고 있는 중견기업으로, 2025.5.28. 2019∼2023사업연도 법인세 신고 시 건설 가설재(시트파일, 조립 H빔, 시스템 비계·동바리 등 총 OOO원으로, 이하 “쟁점가설재”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제24조의 통합투자세액공제(2019~2020사업연도는 중소기업투자세액공제)의 적용을 하여 아래 ＜표1＞과 같이 2019∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.나. 처분청은 청구법인이 한 쟁점가설재의 투자는 수도권과밀억제권역 내의 사업장에서 사용하기 위한 것이므로, 조특법 제130조 제2항에 따라 조세감면 배제대상에 해당된다고 보아, 2025.3.7. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.28. 심판청구를 제기하였다.＜표1＞ 법인세 통합투자세액공제 경정청구세액＞ㅇㅇㅇ2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점가설재는 수도권과밀권역 외에 소재하는 지점 공장에 사용하기 위해 취득하는 사업용 고정자산으로 통합투자세액공제 대상에 해당한다.(가) 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인의 본점(서울특별시 OOO 소재)은 영업·재무 등 일반적인 본점 업무를 수행하고 있고, 제품의 제조, 판매 및 임대, 물류업무 수행을 위하여 포항(철강재, 임가공), 당진1, 당진2, 당진3(건설자재 및 기계 장비임대업), 광양(sheet pile, 건설자재 및 기계장비 임대업), 부산(건설자재 임대)에 지점 공장을 두고, 업무수행을 위해 인력을 조직하여 제품 주문, 가공 및 교정, 영업관리, 물류관리, 재고관리, 전체적인 관리를 해당 공장에서 직접 수행하고 있다.＜표2＞ 본·지점 총자산 현황 및 생산실적(2023.12.31. 기준)ㅇㅇㅇ(나) 쟁점가설재는 토목공사(옹벽·방파제·제방·교량·땜·터널공사 등) 시 굴착·터파기 등으로 토사 및 빗물, 지하수, 낙반 등으로 측면 붕괴 우려와 구축물의 붕괴의 안전 방지를 위한 안전시설 장비로, 특허 등록된 사업용 자산(시스템 비계용, 비계용 파이프)이고, 연구·개발활동을 통한 방재분야 발전에 기여한 기술을 인정받아 소방방재청장으로부터 표창을 받은 사업용 자산으로서 주문 제조·매입하는 사업용 투자자산으로 임대 사업용 시설투자 자산이다.(다) 쟁점가설재는 정부 발주 SOC공사와 대규모 토목공사 및 민간 대형 토목건축 공사현장에 임대되고 있고, 계약기간이 종료된 후에는 전량 회수를 원칙으로 하며, 훼손 시 보상하는 구조인데, 쟁점가설재의 임대 영업활동은 수요자가 청구법인 지점 공장에 직접 내방하여 쟁점가설재의 이용상태와 규격 등이 수요자의 현장에 적정한지와 사용가능 여부를 확인하여 임대 여부를 결정하고, 재사용이 적정하지 아니할 경우, 신규 주문에 의한 임대 여부를 판단하며, 수요자의 주문 결정에 따라 재임대 또는 신규 주문 시 현장에 맞는 규격 등 주문 설계로 제작·매입하여 임대하기로 하고, 영업 제반 조건이 확정되면, 본점에서 계약을 하게 된다.＜쟁점가설재의 영업활동＞ 공장 견학(고객) → 영업(공장) → 임대계약(공장 및 본사) → 품질관리(공장.고객) → 출하(공장.고객) → 검수(고객) (라) 처분청은 수도권과밀억제권역 내에 소재한 본점에서 시설투자 결정, 영업활동 등이 이루어져 쟁점가설재가 본점 사업장에서 사용하기 위해 취득한 고정자산으로 조특법 제130조에 의거 세액공제를 적용할 수 없다는 의견이나, 쟁점가설재는 규격화된 시장성이 있는 패키지 상품이 아닌 각기 대규모 토목공사 현장 등에 맞는 기술적인 설계에 따른 주문·생산 매입으로 공장에서 가공(절단, 홀메우기, 도장, 쇼팅) 등 교정 제작을 하며, 이를 위해 공장에 업무편성 인력을 조직하여, 쟁점가설재의 제작, 출하·회수 등 재고관리를 공장에서 직접하고 있는바, 쟁점가설재는 수도권과밀억제권역 밖의 공장(지점)에 투자한 자산으로 보아야 할 것이다(실제 쟁점가설재가 본점 사업장에서 관리된 사실은 전혀 없다).(2) 청구법인의 사업구조상 본점에서 영업, 인사, 재무 등 중추적인 의사결정이 이루어지고 실제 사무 활동은 공장에서 이루어진다.(가) 청구법인은 고객과 영업이 이루어지면 임대계약을 본사에서 체결관리하고, 그 이후 임대과정(교정, 출하, 검수, 세척, 보관)은 지방 공장에서 이루어지고 있다.(나) 쟁점가설재는 건설회사 등이 쓰는 것으로 건설회사의 영업부가 대부분 서울에 위치하고 있어 청구법인도 본점에서 주로 영업을 하고 있을 뿐이고(지방에 영업소 및 영업직 직원은 상주해 있으며, 영업활동만으로 전반적인 기업활동을 재단하여 판단할 수 없다. 예를 들어 본점이 서울에 위치한 OOO가 지방 공장에 제품 제조 등을 위해 설치한 사업용 자산이 OOO 본점에서 영업활동 및 세금계산서 발행이 이루어진다고 하여 투자세액공제를 받을 수 없다고 하는 것과 동일함), 쟁점가설재의 규모 특성상 지점 공장에서 가공, 교정 제작, 검수 등을 하며, 해당 자산을 출하하고, 계약 만료시 회수하는 등 사업용 자산이 사용 및 관리되는 곳은 지점공장이다(그로 인해 쟁점가설재는 회계상 지점 공장의 자산으로 등록되어 감가상각이 이루어지고 있다).(다) 법원은 ‘투자한 사업용자산이 수도권과밀억제권역 밖에 있는지 여부’ 판단할 때, 그 사업용자산 자체의 단순히 물리적인 소재지를 따질 것이 아니라, 그 사업용자산의 사용과 관련된 기업 활동이 실질적으로 수도권과밀억제권역 밖에서 이루어지면서 그러한 활동이 기업의 지방 이전 및 고용촉진에 기여하고 있는지 여부를 종합적으로 살펴보아야 한다고 판단하고 있는바(OOO),1) 청구법인이 공장설립 시부터 2023.12.31.까지의 고용현황은 아래 ＜표3＞과 같고, 청구법인은 리스용 강재(쟁점가설재) 사업을 하면서 공장을 지방에 설치하여 대규모의 투자를 하였으며, 고용도 2023.12.31.까지 98명의 고용창출을 하였는바, 본점 직원보다 지방의 공장직원 인원수가 더 많은 등 통합투자세액공제의 취지에 맞게 고용창출이 이루어졌다.＜표3＞ 고용현황(2023.12.31. 기준)ㅇㅇㅇ2) 청구법인은 충청남도 OOO 등의 지방에 OOO원 이상의 대규모의 투자를 하였고, 2023년 사업보고서(전자공시시스템 사업보고서2023년 12월)의 생산설비의 현황 등을 보면 아래 ＜표4＞·＜표5＞와 같으며, 청구법인이 신청한 세액공제 대상 자산(쟁점가설재)은 OOO, OOO 및 OOO에서 교정, 입출하 관리되었다.＜표4＞ 사업장별 생산설비 현황(2023.12.31. 기준)ㅇㅇㅇ＜표5＞ 연도별 생산설비 현황(2023.12.31. 기준)ㅇㅇㅇ3) 2014.12.17. OOO 설립 시 충청남도 및 OOO와 투자양해각서를 체결하여 충청남도 OOO 일원 104.711㎡ 부지에 2014년 12월부터 2015년 6월까지 신규공장을 설립하기로 하고 총 OOO원을 투자하기로 하였고, 충청남도와 OOO는 청구법인이 계획하는 사업이 원활하게 추진될 수 있도록 관계법령이 허용하는 범위 내에서 행·재정적 지원에 최선을 다하기로 하였으며, 이에 청구법인은 수도권과밀억제권역 밖인 충청남도 OOO에서 투자를 하여 지방투자촉진보조금에 대하여 OOO와 시설투자 및 고용유지 조건으로 협약을 체결하여 2018.1.11.에 OOO로부터 지방투자 촉진으로 OOO원의 보조금도 수령하였다.4) 이렇듯 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권에 위치하고 있을 뿐 쟁점가설재 임대업은 실질적으로 수도권과밀억제권역 밖에 위치한 지점 공장에서 기업활동이 이루어지고 있고, 이러한 기업활동이 지방에 많은 직접투자 및 고용증대 효과를 창출하고 있으므로, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.(3) 처분청이 제시한 대법원 2024.9.12. 선고 OOO 판례는 원고의 지점 등 임대업을 수행하는 다른 사업장은 존재하지 않아 본점을 사업장으로 보아 결정한 것으로 이