쟁점금액이 쟁점토지의 필요경비에 산입되는 자본적지출액에 해당하는지 여부

청구인이 쟁점토지에 대한 자본적지출액을 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2022.6.14. 경상북도 청도군 OOO 외 5필지를 OOO원에 취득하였고, 2022.7.4. 위 6필지의 토지를 경상북도 청도군 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)로 합병하였으며, 2024.11.13. 쟁점토지를 OOO원에 양도한 후 쟁점토지에 대한 성토 비용 등으로 지출한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 자본적지출액으로서 필요경비에 산입하여 쟁점토지에 대한 양도차익이 없는 것으로 2024.12.2. 양도소득세를 신고하였다.나. 처분청은 2025.4.28.부터 2025.5.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점금액을 필요경비에 불산입하고 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 2025.8.12. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장자본적지출액이란 자산의 취득 또는 완성 이후에 유형자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용으로서, 그 비용이 해당 자산의 가치를 증가시키는 것이어야 하고 실제 지출 사실이 증명되어야 한다고 할 것이다.청구인은 쟁점토지를 취득한 후 2023년 5월 a 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 성토 및 옹벽 조성을 내용으로 하는 토목공사계약을 체결하여 해당 공사를 진행한 바 있으며, 이는 항공사진 등으로부터 객관적으로 확인이 되고, 청구인은 토목공사를 완료한 후 2024.9.9. 쟁점거래처로부터 전자세금계산서를 수취하였다.처분청은 청구인이 직접 쟁점거래처에 공사대금을 지급하지 않았다는 이유만으로, 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우임에도 불구하고 쟁점금액을 필요경비에 산입되는 자본적지출액에 해당하지 않는다고 판단하였다.그러나 양도소득이란 과세대상 자산의 자본이득에 대한 세제로서 그 자본이득을 산정함에 있어서는 자산의 취득에 소요된 취득가액과 보유기간 중 자산의 실질적인 가치증가를 수반하는 자본적지출액을 차감하는 것은 당연하다 할 것이다.따라서 처분청이 단지 쟁점금액을 청구인이 지급하지 않았다는 이유만으로 필요경비에 산입하지 아니한 것은 실질과세 원칙에 반하는 부당한 처분이므로, 객관적으로 확인되는 쟁점토지의 가치증가분을 반영하여 양도차익을 산정하여야 하며, 처분청이 부과한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구인이 2022.6.14. 쟁점토지를 취득하기 전인 2022년 5월 촬영된 OOO로드뷰 사진을 보면 쟁점토지에 포크레인과 덤프트럭이 성토 공사를 상당 부분 진행하고 있는 모습이 확인되므로, 청구인이 2023년 4월에 개업한 쟁점거래처와 2023년 5월에 공사계약을 체결하고 성토 및 옹벽 공사를 진행하였다는 청구주장은 사실이 아님을 알 수 있다.한편, 쟁점토지에 옹벽 공사가 진행된 사실은 OOO로드뷰를 통해 확인할 수 있는데 2023년 4월 이후 공사가 시작된 것으로 확인되고, 쟁점토지의 개발행위 준공(보강토옹벽) 검사일은 2023.11.23.인 것으로 나타난다.이와 같이 쟁점토지에 대한 성토 공사는 2022년 4월 전후에, 옹벽 공사는 2023년 4월부터 2023년 11월 기간 중에 완료된 사실이 확인됨에도, 청구인이 2023년 5월 쟁점거래처와 성토 및 옹벽 공사 계약을 체결하고 공사를 완료한 후 2024.9.9. 세금계산서를 수취하였다고 하는 것은 앞뒤가 맞지 않는 주장이다.세금계산서를 발행한 쟁점거래처는 쟁점토지 공사계약 직전인 2023.4.10. 개업한 법인으로 업종이 부동산 개발, 용역, 컨설팅으로서 토목공사와는 관련이 없는 업체이고, 개업 이후 현재까지 신고된 매출은 청구인에게 발행한 세금계산서 1건 OOO원(공급대가)이 유일하며, 매출에 대응되는 매입세금계산서를 수취한 사실도 없고, 청구인에게 매출세금계산서를 발행한 후 부가가치세 OOO원을 현재까지도 미납한 사실이 확인된다.따라서 처분청은 쟁점토지에 2023년4월부터 2023년11월까지 기간 중 옹벽 공사가 진행된 사실은 인정되나, 그 공사업체가 쟁점거래처는 아닌 것으로 보이고, 청구인은 쟁점토지의 양도계약일(2024.9.4.) 시점이 되어서 필요경비 공제를 위해 쟁점거래처와 공사계약서를 작성하고 2024.9.9. 가공세금계산서를 수취한 것으로 판단된다.(2) 청구인은 세무조사 당시 동업자 관계라고 밝힌 b의 아들 c(7세) 명의의 OOO계좌에서 쟁점거래처와 쟁점거래처의 대표자 d에게 2023.6.5.부터 2024.9.9.까지 매월 3·4회에 걸쳐 OOO원 이상 금액이 수시로 이체된 내역을 제출하였다.그러나 쟁점거래처로부터 세금계산서를 수령한 자는 청구인인데 c 명의 계좌에서 이체된 금액을 쟁점토지의 공사대가로 보기는 어렵고, 2023년11월에 옹벽 공사가 완료되었음에도 2024.9.9.까지 소액으로 수시입금된 금액을 쟁점토지에 대한 자본적지출액으로 인정하기는 어려우며, 처분청이 볼 때는 쟁점토지 공사비가 아닌 b과 d의 금전관계에 따른 자금이체 내용이거나 다른 현장의 공사와 관계된 것으로 추정된다.처분청은 세무조사시 청구인의 계좌거래내역을 조회하였는데, 청구인은 쟁점토지 취득시 은행대출 OOO원, b으로부터 OOO원, e와 e의 배우자로부터 OOO원을 입금(차입)받아 매입대금을 지급하였고, 은행대출이자 OOO원 또한 b 등으로부터 입금받아 지급한 것으로 나타났으나, 쟁점토지 성토 및 옹벽 공사와 관련된 자금이 지출된 내역은 확인되지 아니하였다.처분청은 위와 같은 사실에 비추어 볼 때 b 등이 실질적으로 지분을 공유한 것으로 보이는 측면도 있어, 청구인에게 만약 쟁점토지의 실질은 공동으로 매입한 것이고 지분율이 구분되어 있어 그 자료를 제시한다면 실질적인 지분자별로 양도소득을 나누어 결정하겠다고 안내하였으나, 청구인은 거듭하여 자신이 자금을 차입하여 토지를 실제 취득한 것이라고 밝혔다.결국, 양도자산의 필요경비에 대한 입증책임은 청구인에게 있으나 청구인은 실제 성토 및 옹벽 공사 비용을 인정받을 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하였고, 2025.5.19. 조사담당자에게 보낸 메일 내용을 보면 청구인과 관련인들이 스스로 쟁점토지 관련 공사를 한 것으로 인정하고 있으므로, 쟁점금액을 필요경비에 산입하지 아니하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점금액이 쟁점토지의 필요경비에 산입되는 자본적지출액에 해당하는지 여부나. 관련 법령(1) 소득세법제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(2) 소득세법 시행령제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액다. 사실관계 및 판단(