공익법인인 청구법인이 내국법인의 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하고 있고, 2020.12.22 개정된 상증세법상 주식보유기준 적용 제외요건 중 출연재산가액 1% 이상 공익 목적 사용의무를 충족하지 못하였다고 보아 증여세 가산세를 부과한 처분의 당부

출연재산가액의 1% 상당액 이상 의무지출과 관련한 개정규정은 그 시행일 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하도록 규정하고 있는바, 출연시기와 관련해서는 별도로 규정한 내용은 없어 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1990.12.13. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 장학 및 문화사업을 목적으로 설립된 공익법인으로서 1993.6.18. A(주)의 총발행주식의 12.5%인 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출연받아 현재까지 청구법인의 수익용 자산으로 보유하고 있다.나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2022사업연도 현재 쟁점주식 보유와 관련하여 2020.12.22. 개정된 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제49조 제1항에 따라 같은 법 제48조 제2항 및 제11항 각호의 요건을 충족하는지 여부에 대한 서면검토를 실시한 결과, 청구법인이 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유할 수 있는 상증세법 제48조 제11항 제2호 수익용 출연재산가액 1% 이상 공익목적 사용의무를 위반하였다는 조사결과를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.8.11. 청구법인에게 상증세법 제78조 제4항에 따른 보유기준 5%를 초과하는 주식의 가액을 OOO원으로 평가하여 이에 대한 증여세(가산세 5%) OOO원 및 상증세법 제78조 제9항 제3호에 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 기준금액에 미달한 금액 OOO원에 대한 증여세(가산세 10%) OOO원을 결정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 주식초과보유 요건을 충족해 온 성실공익법인이고, 1993년 출연받은 쟁점주식을 보유하는 데 대하여 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조를 적용하여 증여세(가산세)를 부과하는 것은 타당하지 아니하다.(1) 청구법인은 1993.12.31. 현재 A㈜ 주식 12.2%를 출연받아 보유하고 있는 공익법인으로, 1993.12.31. 당시 A㈜ 발행주식을 5% 초과 보유하고 있었으나, 운용소득의 90% 이상을 장학금 지급 등 공익목적에 사용하는 등 요건을 갖춘 성실공익법인에 해당하여 상증세법 제49조 제1항의 주식처분의무 대상에서 제외되어 왔고,1990.12.31. 및 1993.12.31. 개정된 상속세법 제8조의2 제1항은 공익법인이 내국법인의 주식 등 발행주식총수의 각 20%와 5%를 초과하여 출연받거나 취득하는 경우에는 상속세 등을 과세하도록 개정되었으나, 개정일 이전부터 보유하고 있는 주식에 대해서는 적용되지 아니한다고 부칙에 규정되어 있어 청구법인이 보유하고 있던 쟁점주식에 대해서는 1993.12.31. 개정된 상속세법이 적용되지 않았다.(2) 2008.2.2. 대통령령 제20261호로 개정되기 전 상증세법 시행령을 보면 제42조 제1항 성실공익법인의 요건을 개정하면서 부칙에 이 영 시행 후 최초로 공익법인등에 출연하거나 공익법인 등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다고 하였고, 상증세법 제49조 제1항 주식보유기준의 적용이 제외되는 성실공익법인에 해당하는지를 판단할 때 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령의 강화된 성실공익법인의 요건은 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 주식을 취득하는분에 대하여 적용되는 것이므로 위 시행일 전인 1993년에 출연받아 보유하는 쟁점주식에 대해서는 적용되지 않는다.(3) 서울행정법원 판례(서울행정법원 2021.10.5. 선고 2020구합77435 판결)을 보면 2008년 개정된 상증세법 시행령 부칙 제3조 제1항은 시행일 전부터 보유하던 주식에 대하여 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 않는다고 판결하였고, 항소심인 서울고등법원 판례(서울고등법원 2022.8.19. 선고 2021누65820 판결) 내용도 1심 판결내용과 같으며, 부칙 제3조 제1항은 2008년 개정 시행령 제42조를 포함한 개정 규정 자체에 대한 적용시기와 적용범위를 정한 것으로 해석하는 것이 문언에 합치된다고 판결하였고, 대법원 판례(대법원 2022.11.3. 선고 2022두49588, 2022두49007 판결) 역시 2008.2.22. 이후 최초로 공익법인에 출연하거나 공익법인의 주식을 취득하는 분에 대하여 적용된다고 보았다.(4) 2007.12.31. 개정된 상증세법 제48조는 공익법인에 대한 주식 등의 출연을 활성화하기 위하여 회계 등이 투명한 공익법인의 주식보유에 대한 세제상 제한을 완화하기 위하여 도입된 규정인 반면, 상증세법 제49조는 1996.12.30. 상증세법을 개정하면서 도입된 규정으로 동일 종목을 기준으로 5%를 초과하여 보유하는 주식에 대하여 일정기간 내 다른 종목 주식으로 대체하여 분산 보유하도록 하기 위한 것으로 공익법인의 주식 5% 보유기준을 초과하여 보유한 주식에 대하여 그 보유에 따른 가산세를 부과하면서 제49조 제1항 단서에 해당하는 공익법인에 대해서는 주식 5% 보유금지의 예외를 인정하고 있는바, 상증세법 제48조와 제49조는 입법취지 및 과세대상을 달리하고 있고, 2007.12.31. 개정된 상증세법의 부칙 제3조는 제48조에 대해서만 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용하도록 하면서 제49조에 대해서는 부칙 제3조에 포함되어 있지 아니하므로 1993년에 취득한 쟁점주식에 대하여 가산세를 부과하는 것은 타당하지 아니하다.(5) 현행 상증세법 제48조 제11항 제1호는 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인 등에 해당하지 않게 된 경우에는 상증세법 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날에 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 제49조 제1항은 공익법인 등이 1996.12.31. 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 각호의 기한까지 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하지 않도록 하여야 하는데 직접 공익목적에 사용한 실적과 공익법인 등의 공익기여도 등을 고려하여 기준에 부합하는 공익법인등에 대해서는 적용하지 않도록 규정하고 있다.특히 상증세법 제48조 제11항은 2022.1.1. 이후부터는 출연재산가액의 1% 이상을 공익목적사업에 사용하지 않을 경우 5% 초과 주식보유분에 대하여 가산세 등을 부과하도록 개정되었으나, 청구법인은 쟁점주식을 1993.12.31. 이전 출연받아 보유하고 있었고, 매년 회계감사를 통하여 회계자료를 공시하고 있으며, 출연재산가액의 1% 이상을 공익목적사업에 사용하였으므로 청구법인의 쟁점주식 보유에 대하여 증여세(가산세) 부과대상이라고 보아 과세한 처분은 타당하지 아니하다.나. 처분청 의견청구법인은 2020.12.22. 개정된 상증세법 제48조 및 제49조의 공익법인의 주식초과보유 요건을 충족하지 못하였으므로 주식보유기준 위반 증여세(가산세)와 출연재산가액 1% 이상 공익목적 의무사용 미이행 증여세(가산세)를 부과한 처분은 타당하다.(1) 상증세법 제49조의 주식 보유기준 적용대상에서 제외되는 공익법인의 요건은 최초 규정 신설 후 사회적 환경 변화와 정책적 목적에 따라 법령 개정을 통해 변경되어 왔고, 상증세법 제49조는 1996.12.30. 해당 조항이 신설되기 전부터 보유하던 주식이라 하더라도 이는 내국법인 총발행주식의 5%를 초과하여 보유하는 것을 제한하기 위한 규정이며, 이에 대하여 헌법재판소 역시 과거 주식 취득 제한이 없었던 시기에 취득한 주식이라도 1996.12.30. 개정된 상증세법에 따라 매각 유예시기가 지난 이후 5% 초과 보유 주식에 대한 제재에 문제가 없다고 결정하였는바, 청구법인의 경우와 같이 주식의 취득·보유에 제한이 없던 시기에 취득한 주식이라 할지라도 달리 볼 수는 없다 할 것이다.(2) 청구법인은 주식 초과보유 요건 위반과 관련한 일부 판례 등을 근거로 가산세 부과대상에 해당하지 않다고 주장하나,청구법인이 제시한 판례는 2008.2.22. 개정된 상증세법 시행령에 대한 판결이므로 2022사업연도에 대한 과세처분에 대하여 적용하기 어렵고, 2020.12.22. 개정된 상증세법은 성실공익법인 확인제도를 폐지하고 주식초과보유 법인 의무이행 여부 신고제를 신설하였으며