쟁점토지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산이므로, 「지방세법」 제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

쟁점①(도로)·②(공공시설 부지)토지는 지특법 §73의2에 따른 감면대상에 해당하므로, 그 면적 등을 재조사한 후 위 감면규정을 적용하는 것이 타당하고, 쟁점③토지(임대주택 대지지분)는 서울특별시장에게 매각한 것이므로 비과세 대상 또는 감면 대상으로 보기 어려움 서울특별시 마포구청장이 2024.12.3.과 2025.3.15. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 서울특별시 마포구OOO3필지 도로 187㎡ 및 공공시설용 부속토지 693.8㎡에 대하여는 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항의 요건에 해당하는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2018.11.28. 서울특별시 서초구에서 설립된 법인으로서 2021.12.23. 서울특별시 마포구 OOO일원에서 시행하는 “A 도시정비형 재개발사업”(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)에 대한 사업시행인가를 받고, 2019년 3월부터 2023년 11월까지의 기간 동안 이 건 정비사업 구역 내에 소재한 부동산(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후,이 건 부동산 중 대도시 내 중과제외 업종(주택건설사업) 및 중과 제외 주택(멸실)에 해당하는 부동산에 대하여는 표준세율을 적용하고, 3년 이내 착공하지 못한 부동산에 대하여는 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.나. 그 후, 청구법인은 이 건 부동산 중 OOO외 3필지 도로 187㎡(35.88㎡ + 151.12㎡)와 공공시설 부지 697.92㎡는 국가 등에 귀속 또는 기부채납할 조건으로 취득한 정비기반시설(토지)이므로, 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따라 취득세 비과세 대상에 해당한다는 사유로 2024.11.1.과 2025.2.28. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.3.과 2025.3.15. 이를 거부하였다.＜표1＞ 경정청구 대상 쟁점토지 목록 등(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.27.과 2025.3.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장이 건 부동산 중 OOO외 3필지 도로 187㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 공공시설 부지 693.8㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다) 및 공공임대주택 35세대의 대지 지분 240.88㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①·②·③토지를 합한 1,121.68㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)는 청구법인이 기부채납을 조건으로 취득한 부동산으로서, 쟁점토지상에 새로운 도로, 공공청사 및 공공임대주택을 건설비(OOO원 이상) 전액을 부담하여 설치한 후, 서울특별시 및 처분청에 기부채납하였으므로, 쟁점토지는 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다.＜표2＞ 쟁점토지(1,121.68㎡)의 유형별 내역(청구법인 주장)(단위 : ㎡)○○○(1) 쟁점토지는 이 건 정비사업 내에 소재한 부동산으로서 청구법인이 구체적 사업계획을 수립 제안하여 처분청과 협의후 공고 ·고시된 후 취득하였으므로, 「지방세법」제9조 제2항 본문에서 정하고 있는 국가 등에 귀속채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다.(가) 대법원(2023.12.28. 선고 2023두53720 판결, 대법원 2011.11.10. 선고 2011두17363 판결, 대법원 2006.1.26 선고 2005두14998 판결 등)에서는 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 의미에 관하여 사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고,나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다고 판시하고 있으며,또한, 다른 대법원 판례(2025.7.3. 선고 2025두33302 판결 및 서울고등법원 2025.2.14. 선고 2024누36601 판결)에서도, 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있으므로 변동이 있다는 사유로 비과세 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보게 되면 도시개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다 라고 판시하고 있으므로, 공공시설부지는 사업이 진행되면서 변동이 있을 수밖에 없다는 점을 판례를 통해 인정하고 있다.(나) 쟁점①토지(도로 부지 187㎡)는 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 이전에 서울특별시 고시 제OOO에서 기반시설인 도로(151.12㎡)의 위치나 면적이 특정되어 있었으며, 이 후 협의 과정에서 면적만 35.88㎡ 증가되어 187㎡로 되었음이 명확히 확인되고 있다.＜표3＞ 쟁점①토지(도로)의 기부채납 위치 및 면적 확정(변동) 내역(단위 : ㎡)○○○(다) 공공시설인 쟁점②토지(693.8㎡) 및 임대주택의 대지인 쟁점③토지(240.88㎡) 또한 이를 취득 전인 사업계획(설계) 단계부터 처분청 등과 기부채납에 대한 협의가 진행되어 왔고, 공공청사 및 공공임대주택을 건설하여 처분청 등에 기부채납하는 조건으로 사업계획이 승인되었음이 관련 자료에서 명백히 입증된다.1) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」제51조 제2·3항 및 ＜서울시 기부채납 공공시설 통합관리시스템 운영계획(2015.8.)＞ 등에 따라 이 건 부동산을 취득하기 이전인 2019년 5월 사업계획(설계) 단계에서 공공시설(공공청사) 599.14㎥를 설치하고, 공공임대주택 47세대 2,314.28㎥를 건설하여 기부채납 하겠다고 제안하여 처분청과 협의하였고,처분청에서 이를 수용하여 마포구 공고 제OOO를 통해 정비계획 공람 공고를 하였으므로, 쟁점②·③토지도 이 건 부동산을 취득하기 이전인 2019.5.23. 기부채납의 대상이 되는 쟁점부동산의 위치나 면적이 확정된 상태에서 협의가 진행되어 온 사실을 알 수 있다.2) 이와 같이 쟁점②·③토지는 청구법인과 이 건 정비사업의 인·허가 기관인 처분청이 이 건 부동산을 취득하기 이전인 2019.5.23.부터 위치과 면적이 확정(공고)된 상태에서 처분청과 지속적으로 협의 하여 왔으므로,「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다.(2) 쟁점②·③토지는 이 건 부동산에 건립되는 건축물 중 2개층(지하 1～2층) 등에 소재하므로 이 건 부동산(일단의 토지) 전부가 쟁점②·③토지의 부지가 되므로 공동주택과 같이 지분으로 표시되어 면적이 고시되어 있다.(가) 처분청은 쟁점②·③토지가 이 건 정비사업 구역 내 지번과 위치 등 어디에 위치하는지를 청구법인이 입증하지 못하고 있다는 사유로 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따른 취득세 비과세 대상으로 볼 수 없다는 의견이나,「지방세법」제9조 제2항 본문에서 정한 비과세 요건을 충족하는지 여부는 국가 등에 부동산이 귀속되는 경위와 당사자 사이의 구체적인 협의내용 등 개별적인 사안에 있어 사실관계에 나타난 제반사항을 종합적으로 고려하여 판단할 수 있다(헌법재판소 2011.12.29. 선고 2010헌바191 결정 참조) 하겠고, 더욱이, 처분청은 이 건 부동산상에 건립되는 건물의 내역을 잘 이해하지 못하는 것으로 보인다.(나) 이 건 부동산의 건축물은 2개동(29층)으로 건설되는데 공공시설 및 공공임대주택인 쟁점②·③토지는 29층 건축물의 2개층 등 전부에 소재하므로 공동주택 지분과 같이 표시되어 지분 면적을 기부채납하게 된다.(3) 쟁점토지는 용도폐지되는 정비기반시설과는 반대급부 없이 자산의 부담으로 새로운 도로, 공공청사 및 공공임대주택를 건설하여 기부채납하는 역할만 할 뿐, 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받은 사실이 없다.(가) 처분청은 이 건 정비사업 고시문에는 용도폐지 정비기반시설(도로 260㎥)도 있어 반대급부 성격이 있다고도 볼 수 있으므로, 「지방세법」제9조 제2항에 따른 비과세 대상이 아닌, 「지방세특례제한법」에 의한 경감 대상에 해당한다는 의미로 주장한다.(나) 그러나, 쟁점토지는 용도폐지되는 정비기반시설(도로 260㎥)을 포함하여 그 지상에 새로운 도로, 공공청사 및 공공임대주택을 300억원 이상 건설비를 전액 청구법인 자신이 부담하여 설치한 후, 서울특별시 및 처분청에 기부채납하는 것이므로 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부 성격이 있을 수 없다(조심 2021지608, 2022.7.4. 등, 같은 뜻임)나. 처분청 의견쟁점토지는 용도폐지되는 기반시설 등의 반대급부로 취득한 것으로서 국가 등에 국가 등에 귀속 또는 기부채납할 조건으로 취득한 토지로 볼 수는 없다 할 것이므로, 아래와 같은 이유로 「지방세법」제9조 제2항 본문에 따