청구법인이 카드사에 지급한 업무대행수수료가 교육세 과세표준인 수익금액에서 제외되는지 여부

누구의 계산과 책임하에 가맹점 모집 및 관리 업무가 처리되는지, ② 가맹점수수료의 귀속 주체가 누구인지, ③ 업무대행수수료와 발급사보전수수료의 성격과 부담주체, VAN사에 비용을 부담하는 주체 등을 종합적으로 재조사하여 교육세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당 분당세무서장이 2024.10.4. 청구법인에게 한 교육세 2018년 귀속 OOO원, 2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원, 2021년 귀속 OOO원, 2022년 귀속 OOO원 합계 OOO원의 경정청구에 대한 거부처분은 청구법인과 주식회사 a와의 관계에서 가맹점 모집 및 관리 업무를 자기의 계산과 책임하에 처리하는 자가 누구인지, 그와 관련된 가맹점수수료의 귀속 주체, 청구법인이 주식회사 a에게 지급한 수수료와 「교육세법 시행령」 제4조 제2항 제10호의 발급사보전수수료(해외이용 기타 발급사보전수수료 포함)의 성격 등에 따른 실제 부담 주체, 부가가치통신망(value-added netwrok)회사(VAN사업자)에게 지급하는 비용의 부담 주체 및 위 규정의 적용대상 여부 등을 종합적으로 재조사하여 교육세 과세표준 및 세액을 경정한다. 1.처분개요가.청구법인은 2016.1.22. 설립되어 「은행법」 제27조에 의한 은행 업무, (ii) 같은 법 제28조에 의한 겸영 업무 등을 주된 사업목적으로 영위하는 법인이고, 주식회사 a(이하 “쟁점대행사”라고 한다)는 2011.3.2. 설립되어 (i) 신용카드 등의 발행, 판매 및 관리 업무, (ii) 신용카드 등의 이용과 관련된 대금의 결제업무, (iii) 신용카드 등의 회원, 가맹점 모집과 관리업무 등을 주된 사업목적으로 영위하는 법인이다.나.청구법인은 쟁점대행사가 (i) 카드자재 관리, (ii) 체크카드 거래 승인·취소 중계, (iii) 가맹점 매출전표 매입·대금 정산, (iv) 지급결제서비스 등 청구법인이 영위하는 체크카드 업무와 관련된 제반 업무를 대행해주는 업무 대행 계약을 체결하였고, 그 대가로 쟁점대행사에게 업무대행수수료(이하 “쟁점업무대행수수료”라 한다)를 지급하였다.다.청구법인은 당초 쟁점업무대행수수료를 교육세의 과세표준(수익금액)에서 제외하지 않고 2018년∼2022년 귀속 교육세를 신고·납부하였으나, 2024.3.29. 처분청에 쟁점업무대행수수료를 교육세 과세표준(수익금액)에서 차감하여 OOO원(2018년 OOO원, 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.10.4. 쟁점업무대행수수료가 교육세 과세표준에서 차감할 대상에 해당하지 않는다는 취지로 이를 거부하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2024.12.23. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 「교육세법 시행령」(2023.2.28. 대통령령 제33283호로 일부개정되기 전의 것) 제4조 제2항 제10호는 신용카드 관련 업무를 공동으로 행하는 경우, 각 납세의무자의 몫에 해당하는 수익금액만 교육세 과세표준이 되도록 하기 위한 조항이다.「교육세법」(2022.12.31. 법률 제19187호로 일부개정되기 전의 것) 제5조 제1항 및 제3항에 따르면 금융·보험업자에 대한 과세표준은 원칙적으로 ‘수익금액’인데, 이는 ‘금융·보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익·상환익, 보험료’ 등 모든 수익을 포함하는 개념이다.한편, 위의 「교육세법 시행령」 제4조 제2항은 ‘금융·보험업자에 대한 과세표준이 되는 수익금액’에 산입하지 않는 금액을 열거하고 있는데, 그 중 제10호(이하 “쟁점조항”이라 한다)는 “「여신전문금융업법」 제2조 제2호의 신용카드 발행업무를 행하는 신용카드업자(이하 “신용카드 발행자”라 한다)와 신용카드 가맹점의 모집 및 관리업무를 행하는 신용카드업자(이하 “가맹점 모집 및 관리자”라 한다)가 다른 경우 가맹점 모집 및 관리자가 신용카드 등의 거래로 인하여 신용카드 가맹점으로부터 지급받은 가맹점수수료 중 신용카드 발행자에게 지급하는 수수료(제10호)”를 규정하고 있다.이는 은행계 카드사는 교육세가 과세되고, 전업카드사는 과세되지 않는 등 유사한 업무를 수행하는 금융업자 중 일부에 대하여만 교육세가 과세되어 온 문제점을 해소함으로써 금융업자 간 형평을 도모하기 위하여 「교육세법」이 2008.12.26. 법률 제9262호로 개정되면서 종래 교육세 과세대상에서 제외되어 온 여신전문금융회사 등을 교육세 과세대상으로 추가하였고, 이에 따라 「교육세법 시행령」도 2009.2.4. 대통령령 제21296호로 개정되면서 쟁점조항이 신설된 것이다.기획재정부가 2009년 6월 발간한 ‘2008년 간추린 개정세법’에 따르면, 쟁점조항의 개정 이유는 교육세 과세표준에서 제외되는 수익 중 ‘신용카드를 발급한 다른 회사에 지급하는 발급사보전수수료’를 추가함으로써 ‘은행 등 기존 교육세 과세대상 금융기관과의 형평 및 실질과세원칙에 부합하도록 신규 교육세 과세대상 금융기관 수익 중 일부를 과세표준에서 제외’하기 위한 것이다. 법원도 쟁점조항의 입법취지에 관하여 동일한 내용을 설시한바 있다(서울행정법원 2022.5.12. 선고 2019구합75310 판결). 즉, 신용카드 관련 업무를 공동으로 행하는 경우, 각 납세의무자의 몫에 해당하는 수익금액만 교육세 과세표준이 되도록 하기 위하여 쟁점조항이 신설된 것이다.가맹점 모집 관리자가 가맹점으로부터 지급받은 ‘가맹점수수료’를 OOO원으로, ‘신용카드 발행자’에게 지급하는 수수료를 ‘OOO원’으로 가정하여 쟁점조항의 취지를 설명한다면 다음과 같다.쟁점조항에 따르면, ‘가맹점 모집 및 관리자’가 신용카드 등의 거래로 인하여 신용카드 가맹점으로부터 지급받은 가맹점수수료(=OOO원) 중 ‘신용카드 발행자’에게 지급하는 수수료(=OOO원)는 ‘가맹점 모집 및 관리자’에 대한 교육세 과세표준이 되는 수익금액에 산입하지 않고, 실질적으로 ‘가맹점 모집 및 관리자’가 수입한 수수료(=OOO원)만을 교육세 과세표준이 되는 수익금액에 산입하게 된다.즉 쟁점조항의 취지는 신용카드 가맹점으로부터 지급받은 가맹점수수료(=OOO원) 중 일부(=OOO원)에 대하여는 ‘가맹점 모집 및 관리자’가, 나머지(=OOO원)에 대하여는 ‘신용카드 발행자’가 교육세를 납부하도록 하여 이중과세 문제가 발생하지 않도록 하기 위한 것이다.(2) 당초부터 수익금액 자체에 포함되지 않는 금액은 교육세 과세표준에 해당하지 않는다.금융업자가 자본잉여금을 자본전입함으로써 취득한 주식 또는 출자의 가액이 교육세의 과세대상인지가 쟁점이 된 판결(대법원 1989.8.8. 선고 88누3680 판결)에서, 대법원은 “「교육세법」 제6조 제1항 제4호, 제2항에 따르면, 금융업자가 수입한 배당금은 교육세의 과세대상이 되나, (중략) 교육세의 과세대상이 되는 금융업자가 수입한 배당금은 이익잉여금을 자본전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자에 한하고 자본잉여금(자본준비금, 재평가적립금)을 자본전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액은 이에 포함되지 않는다.”고 판단한 바 있다. 즉, 대법원은 「교육세법」상 명시적인 규정이 없더라도 당초부터 ‘수익금액’ 자체에 포함되지 않는 ‘자본거래에 따른 배당금’은 교육세 과세표준에서 해당하지 않는다고 해석하였다.조세심판원도 ‘「교육세법 시행령」 제4조 제2항은 정책적 고려 내지 조세체계적 고려에서 수익금에 포함하지 아니할 수익을 열거한 것일 뿐이고, 이를 근거로 해당 조항에 열거되어 있지 않은 것이라고 하여 ‘수익금액’ 자체에 포섭되지 않을 금액까지 확장하여 수익금액에 포함되는 것으로 보기는 어렵다’고 결정한바 있다(조심 2024서647, 2024.5.23.).(3) 청구법인과 쟁점대행사간 거래구조는 쟁점조항이 상정하는 거래구조와 동일하므로 쟁점조항의 취지에 따라 쟁점업무대행수수료는 교육세 과세표준에서 제외되어야 한다.(가) 청구법인과 쟁점대행사간 거래구조는 쟁점조항이 상정하는 거래구조와 실질적으로 동일하다.카드업무 관련 당사자는 ① 체크카드 회원, ② 가맹점, ③ 청구법인 및 ④ 쟁점대행사로, 4당사자로 구성된 거래구조로 이루어져 있다. 구체적으로 살펴보면, (i) 체크카드 회원이 가맹점에서 물품 또는 용역 등을 구매하면서 체크카드로 결제하면, (ii) 청구법인은 체크카드 회원의 결제 계좌에서 카드대금을 인출하고, (iii) 해당 카드대금에서 발급사보전수수료를 차감한 금액을 쟁점대행사에 지급하며, (iv) 쟁점대행사는 이를 다시 가맹점에 지급한다. (v) 그 후 청구법인과 쟁점대행사는 가맹점수수료와 쟁점업무대행수수료를 정산한다.이를 단순화하면 쟁점대행사는 가맹점으로부터 가맹점수수료를 지급받아, 이 중 발급사보전수수료를 청구법인에게 지급하는 구조이다. 그 결과 청구법인은 발급사보전수수료를 수익으로 얻게 되고, 쟁점대행사는 쟁점업무대행수수료를 수익으로 얻게 된다.＜그림1＞ 청구법인과 쟁점대행사간 거래구조＜그림2＞ 쟁점조항에서 상정하는 거래구조즉, 쟁점조항의 거래구조와 이 사건 거래구조는 4당사자 간의 거래이고, 가맹점 모집 및 관리자(쟁점대행사)와 신용카드 발행자(청구법인)가 가맹점으로부터 받은 가맹점수수료를 배분하여 수익을 얻는다는 점에서 완전하게 일치한다.＜표1＞ 거래구조의 동일성(나) 쟁점조항의 취지에 따라 쟁점업무대행수수료는 청구법인의 교육세 과세표준에서 제외되어야 한다.이 사건에서