청구법인이 신축하여 지방자치단체에 기부채납한 쟁점건물이 과세 및 면세사업에 사용되는 것으로 보아 면세사업 관련 매입세액을 불공제 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

청구법인은 민간투자법이 아닌 공유재산법에 근거하여 쟁점건물을 기부채납하였으므로 쟁점건물의 공급에 대하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 또는 면세가 적용된다고 보기 어려우나, 쟁점건물의 기부채납은 부가가치세 과세대상 거래에 해당하고, 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하게 되면 건물의 건설 관련 매입세액이 공제대상이 될 뿐만 아니라 건물의 기부채납 공급가액 또한 매출세액 과세대상이 됨으로써 결과적으로 납부세액이 늘어나게 되어 청구법인에게 불리하게 되는바, 불이익변경금지 원칙에 반한다 할 것이므로 이 건 처분은 그대로 유지하는 것이 타당 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 경상남도 OOO에서 OOO, 여가시설 등을 운영할 목적으로 설립되어 사업을 개시하였다.나. 청구법인은 OOO 건축 및 운영에 관하여 경상남도 OOO과 “A 건립 실시 협약”을 체결하였다가, OOO 일부 내용을 수정한 변경 협약을 체결(이하 당초협약 및 변경협약을 합하여 “쟁점협약”이라 한다)하여, 경상남도 OOO 일원에 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 건설한 후, OOO에 쟁점건물을 기부채납하는 조건으로 OOO로부터 쟁점건물을 20년간 사용·수익하는 허가를 받았다.다. 청구법인은 OOO에 쟁점건물을 기부채납하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제105조 제1항 제3호의2를 근거로 부가가치세 영세율 세금계산서 OOO원(이하 “쟁점영세율세금계산서”라 한다)을 발급하였다.라. 처분청은 2024.5.16.～2024.7.31. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 기부채납한 쟁점건물이 과·면세 사업에 공통으로 사용되는 것으로 보아 조특법 제105조 및 제106조 등에 따라 쟁점건물의 공급가액을 과세(영세율)매출과 면세매출로 안분하여 경정하고, 쟁점건물의 신축 관련 매입세액에 대하여 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항 등에 따라 과·면세에 사용되는 면적에 따라 정산한 후 면세사업 관련 매입세액을 불공제하여, 2024.9.7. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 이의신청을 거쳐 2025.1.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 OOO에 기부채납한 쟁점건물은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다)이 아닌 「공유재산 및 물품 관리법」(이하 “공유재산법”이라 한다)에 따른 것으로서 조특법상 부가가치세 면제 조항이 적용되지 아니한다.(가) 청구법인과 OOO가 체결한 실시 협약은 공유재산법에 규정되어 있지 않은 실시계획의 승인(제15조), 준공확인(제22조), 감독명령(제45조), 공익을 위한 처분(제47조) 등 절차적인 부분에 대하여 민간투자법의 일부 규정을 준용한 것일 뿐, 기부채납 자체는 민간투자법에 따른 건축물의 공급이 아니다.(나) 청구법인은 당초 OOO와 민간투자법에 따른 사업시행을 추진하려 하였으나, 민간투자법에 따른 사업시행자로 지정받는 것은 절차적인 어려움이 있고, 사업추진을 조속히 진행하기 위해 공유재산법에 따라 사업을 추진하게 되었다. 본 사업이 공유재산법에 따른 사업추진이라는 근거는 공모 및 실시협약서 등에 다수 명시되어 있다.OOO가 청구법인과 실시협약을 체결하기 전 단계에 실시한 공모에는 공유재산법 규정에 의거 기부채납 방식의 민간투자사업으로 사업을 추진하기 위한 공모라는 사실이 명시되어 있고, 실시협약서에도 공유재산법에 따른 사업시행임을 확인할 수 있는 조항들이 다수 있다.(다) 청구법인은 쟁점건물을 준공하여 소유권보존 등기를 하였다가 OOO의 기부채납 요구로 공유재산법 제7조 및 같은 법 시행령 제5조의 규정에 따른 기부채납 서류를 제출하였고, 이에 OOO는 공유재산법 제20조와 제21조 규정에 따른 조건을 부여하여 사용·허가를 하였다.(라) 민간투자법과 공유재산법은 기부채납 자산의 사용·허가상 명확한 차이점이 있다.민간투자법에서는 관리운영권을 물권(민간투자법 제27조 제1항)으로 보며, 사회기반시설의 관리·운영에 대하여 같은 법 제26조에서 주무관청에서 준공 확인을 받은 경우에는 사업시행자에게 관리운영권을 설정할 수 있고, 민간투자법에 의한 사업시행자 지위를 가지고 실시협약에서 정한 바에 따라 관리·운영되어야 하는 원칙상 실시 협약에 사업시행 조건과 권리의무관계가 규율되어 있어 시설물 이용에 있어 별도의 사용·허가가 필요치 않다.그러나 공유재산법은 ‘국유재산 등의 관리청이 하는 행정재산의 사용·수익에 대한 허가는 관리청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행하는 행정처분으로서 특정인에게 행정재산을 사용할 수 있는 권리를 설정하여 주는 강학상 특허에 해당(대법원 1998.2.27. 선고 97누1105 판결, 대법원 2006.3.9. 선고 2004다31074 판결 등 참조)되어, 시설물 준공 후 법에서 정한 기부채납 절차에 따라 지방자치단체에 기부채납 한 후 지방자치단체의 사용·수익허가 처분을 받아야 비로소 사용이 가능하다.(마) 청구법인은 공유재산법 제13조 및 같은 법 시행령 제9조 제1항 제1호에 따라 축조된 시설물을 같은 법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조에 따른 절차로 기부채납하였고, 같은 법 제20조 제2항 제2호 및 제21조 제1항에 따라 사용허가를 받았으므로 공유재산법에 따른 기부채납에 해당한다.(2) 청구법인이 기부채납한 쟁점건물은 조특법 제106조 제1항 제7호의2의 부가가치세 면제 대상이 아니므로 건설 단계에서 부담한 부가가치세 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.(가) 청구법인과 OOO가 추진한 사업은 민간투자법 제13조 및 시행령 제7조에 정한 법적 절차를 거치지 않았으므로 민간투자법에 따른 사업시행자의 지위에서 건설한 시설물을 기부채납한 것이 아니므로 조특법의 적용을 받는 부가가치세 면제 대상이 아니다.(나) 조특법상 부가가치세의 영세율·면세가 적용되기 위해서는 우선적으로 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 민간투자법 규정에 따른 방식으로 공급하는 사회기반시설 및 용역에 해당되어야 한다. 민간투자법 제2조 제8호에는 사업시행자에 대한 정의를 규정하고 있는데 이 법에서의 사업시행자는 “민간투자법에 따른 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다”라고 규정하고 있다.(다) 민간투자법에 의한 사업시행자 지정은 민간투자법 제13조에 규정하고 있고, 민간투자법에서 규정하고 있는 조건·절차에 맞게 주무관청과 협상대상자가 실시 협약을 체결함으로써 사업시행자로 지정되는 것이다. 민간투자법 시행령 제7조의 따라 사업추진을 하는 경우에 주무관청은 민간에서 사업제안을 하면, 공고하기에 앞서 공공투자관리센터에 제안서 내용에 대한 검토를 받은 후 진행해야 한다. 즉, 민간투자법에서는 사업제안서 공고 전에 공공투자관리센터의 검토를 반드시 받아야 하는 것으로 규정하고 있다. 그러나 이 사업은 OOO가 공공투자관리센터의 검토 의견을 받아 진행한 사실이 없다.(라) 청구법인과 OOO가 협약에 따라 사업을 추진한 절차는 사업계획서(OOO 제안서) 제출 ⇒ 사업제안서 공모 공고OOO ⇒ 실시협약 체결OOO ⇒ 공사시행 ⇒ 준공 ⇒ 기부채납OOO ⇒ 사용·수익 허가OOO로 진행되었다. 민간투자법에는 민간의 제안서가 접수되면 30일내 공공투자관리센터 검토를 의뢰하여야 하고, 공공투자관리센터는 60일내 검토하여 의견서를 제출하여야 하며, 검토내용에 따라 제안이 거부될 수도 있다. 그러나 본 사업의 사업추진 진행 일정은 제안서가 제출OOO되고, 불과 6일 후 공고OOO되었는데, 이는 민간투자법에 따른 절차대로 사업을 추진하지 않았음이 명백하며, OOO가 공약사업을 조속히 추진하기 위해 민간투자법이 아닌 공유재산관리법에 따라 청구법인과 협약을 체결한 것이다.(마) 처분청은 청구법인이 민간투자법 제4조 제1호부터 제3호와 같은 방식으로 사업을 추진하였으므로 조특법의 영세율(면세) 적용 대상이라는 의견이나, 민간투자법의 적용을 받기 위해서는 사업을 추진하는 사업자의 지위가 중요한 요건인데, 청구법인은 민간투자법의 사업시행자로 지정받을 수 있는 요건을 충족하지 못하였다. 과세당국이 납세자를 민간투자법에 따른 사업시행자가 아니기 때문에 조특법의 적용을 받을 수 없다고 한 것에 대하여 조세심판원, 법원 등의 선결정례 및 판례 등을 보면, 민간투자법 제4조에서 정하는 방식으로 공급하는 경우에도 민간투자법에서 규정한 사업시행자가 공급하지 않는 경우에는 조특법이 적용되지 않는다고 결정·판시한바 있다.(바) 청구법인은 민간투자법에 따른 사업시행과 관련하여 조특법 제105조 및 제106조의 영세율 및 면제 규정의 적용이 가능한 사업자의 지위에 대해 국세청에 질의하였는데, 국세청은 조특법의 과·면세 적용 대상은 민간투자법에 따른 사업시행자의 지정은 기본