쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

(2021년 귀속분) 청구법인은 2021.10.8.에 쟁점임대주택을 임대물건으로 한 사업자등록을 한 것으로 확인되어 쟁점임대주택은 종부세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제요건을 충족하지 못함. / 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022~2024년 귀속 종합부동산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 논산세무서장이 2025.11.5. 청구법인에게 한 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2013.6.7. 「법인세법」에 따라 부동산 임대업으로 사업자등록을 하였고, 2021.10.8. 충청남도 논산시장(이하 “논산시장”이라 한다)에게 OOO 소재 다가구주택(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 임대물건(장기일반민간임대주택, 10년)으로 하여 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 민간임대주택사업자등록을 하고 주택임대업을 영위하였다.나. 청구법인은 2021.12.14. 쟁점임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고하였고, 이에 따라 처분청은 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 부과시 쟁점임대주택을 합산배제하였다.다. 처분청은 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검 결과, 청구법인이 주택임대업으로 사업자등록되지 아니하여 쟁점임대주택이 「종합부동산세법」 (이하 “종부세법”이라 한다) 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항의 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2025.11.5. 청구법인에게 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원(아래 ＜표1＞기재)을 각 결정·고지하였다.＜표1＞ 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 부과 내역ㅇㅇㅇ라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1)청구법인은 처분청 담당공무원의 안내에 따라 논산시장으로부터 민간임대주택사업자등록증을 발급받은 후 2021년 귀속 종합부동산세 신고서와 합산배제신고서를 제출하였고, 이에 따라 처분청은 당초 고지한 2021년 귀속 종합부동산세를 취소하였으며, 쟁점임대주택을 과세표준에서 합산배제하여 2021년 귀속 종합부동산세를 결정·고지하였다.이와 같이 세무공무원의 안내에 따른 납세자의 종합부동산세 합산배제신고와 이에 따른 과세관청의 당초 고지분(2021년 귀속)의 고지 취소 및 납세자의 무신고에 대한 용인은 과세관청의 공적인 견해 표명에 해당하고, 청구인이 처분청 담당공무원의 안내에 따라 논산시장이 발급한 주택임대사업자등록증을 첨부하여 이 건 종합부동산세 합산배제 신고한 데에 납세자의 귀책 사유가 없다.따라서 처분청이 당초 고지한 2021년 귀속 종합부동산세를 취소하고 이로부터 4년이 경과된 2025년 11월에 이르러 이 건 종합부동산세를 결정·고지한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.(2) 이 건 종합부동산세 부과 처분은 「국세기본법」상 실질과세 원칙 및 근거과세에 위배된다.「국세기본법」 제14조 제1항에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 그 제2항에서 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제16조 제1항에서 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다고 규정하고 있다.청구법인은 쟁점임대주택을 2014.4.10. 취득한 후 실질적으로 주택임대업을 하고 있고, 2021.10.8. 논산시장에게 쟁점임대주택을 장기일반민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 하였다.청구법인은 2014년부터 법인세신고서상 주업종코드를 701104[부동산입대업/주거용 건물 임대업(장기임대다가구주택)]로 기재하여 법인세를 신고하여 왔고, 부가가치세 신고시 제출한 부동산 임대공급가액 명세서를 살펴보면, 부동산 임대와 관련 매출 중 보증금에 관련 이자는 과세대상으로, 월세에 관한 매출은 면세사업 수입금액으로 신고하여 왔다.쟁점임대주택은 공부상 단독주택(다가구)으로 등재되어 있고, 그 실질이 주택(원룸)에 해당하는 점 등을 종합하여 살펴볼 때 청구법인이 쟁점임대주택을 주택임대업에 사용하였음이 명백함에도 처분청이 쟁점임대주택을 합산배제대상에서 제외한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(OOO),이러한 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」 제18조 제3항에서 규정한 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다(OOO).청구법인의 주장처럼, 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니고, 신뢰의 대상이 될 만한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 성립하였다고 볼 수도 없으므로 합산배제대상의 요건을 충족하지 못한 쟁점임대주택에 대해 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(OOO)하는바,종부세법 제8조에 의하여 위임된 같은 법 시행령 제3조 제1항에서 합산배제 대상이 되는 임대주택의 요건으로, 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서, 과세기준일 현재 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택으로 한정하고 있고, 2008.2.22. 개정된 종부세법에서 주택임대업 사업자등록 요건을 명시적으로 규정하고 있으므로 주택임대 업종을 추가하지 않은 청구법인의 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 적법하다.또한 민간임대주택법상 임대사업자 및 「법인세법」상 주택임대업을 영위하는 사업자로 등록하게 되면 종합부동산세의 비과세 등 각종 세제 혜택을 부여받는 대신에 임대주택의 매각 제한, 임대조건의 신고, 임대주택의 관리 등 민간임대주택법상 각종 제한을 받게 되고, 민간임대주택법상의 각종 의무조항을 위반한 경우에는 임대사업자의 등록이 말소될 뿐 아니라 일정한 경우에는 형사처벌을 받는 등 관계 법령상의 각종 세제혜택과 규제를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받게 된다.이러한 점을 종합하여 고려할 때 임대사업자 등록은 관할 행정청의 관리목적을 위한 단순한 요식행위에 불과한 것이라고는 보기 어렵다(OOO).3. 심리 및 판단가. 쟁점① 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법상 민간임대주택사업자로 등록되지 아니한 경우, 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부② 「법인세법」상 주택임대업이 아닌 부동산임대업으로 사업자등록을 한 경우, 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 종합부동산세법제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정