「부가가치세법」에 따른 사업자등록이 「소득세법 시행령」 제155조제20항제2호의 ‘법 168조에 따른 사업자등록’에 해당하는지 여부

1. 사실관계 < A주택 관련 > ○ 甲이 ’21.02.18. 취득하여 2년 이상 거주 후 2025.7.7. 양도 < B주택 관련 > ○ 甲의 배우자가 분양계약 체결한 오피스텔 ○ ’17.01.10. 「 부가가치세법」에 따라 부동산임대업으로 세무서 사업자등록(업종코드 701201) ○ ’18.11.12. 잔금청산 취득, ’18.10.06. 구청 임대사업자 등록 2. 질의내용 ○ 「소득세법 시행령」제155조제20항에 따른 거주주택 특례를 적용 받기 위해서는 같은 항 제1호에 따른 거주주택 요건, 제2호에 따른 장기임대주택 요건을 충족하여야 하며 - 「소득세법 시행령」 제155조제20항제2호에 따른 장기임대주택의 요건 중 하나로 거주주택 양도일 현재 장기임대주택을 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하도록 규정하고 있는데 <소득령§155⑳(2)> 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고 , 장기임대 주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것(이하 생략) - 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 경우에도 「소득세법 시행령」제155조제20항 제2호의 “「소득세법」제168조에 따른 사업자 등록”을 한 것으로 볼 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 〔1〕 「소득세법」 □ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도 소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우 로서 대통령령으로 정하는 주택 □ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. ② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법 」제8조를 준용한다. □ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】 ⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대 주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주 주택을 말한다. 이하 "직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법 」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고 , 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차 계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대 보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대 주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다. □ 소득세 법 시행령 제220조 【사업자등록 및 고유번호의 부여 】 ① 법 제168조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 사업자 등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. ② 법 제168조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자 중 주택임대사업을 하려는 자는 제1항에 따른 사업자등록신청서를 제출할 때 재정 경제부령으로 정하는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 이 경우 임대주택명세서에 갈음해 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조제6항에 따른 임대사업자 등록증 사본을 첨부할 수 있다. ③ 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다)에게 임대사업자 등록을 신청하면서 법 제 168조제1항에 따른 사업자등록을 위해 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제4항에 따른 신청서에 제1항에 따른 사업자등록신청서를 함께 제출한 경우에는 법 제168조제1항에 따른 사업자등록을 신청한 것으로 본다. 이 경우 「부가가치세법 시행령」제11조제5항 본문에 따른 발급기한은 사업자등록신청서가 국세정보통신망에 도달한 때부터 기산한다. □ 소득세 법 집행기준 168-0-4 【주택 임대업의 사업자 등록 방법 】 「소득세법」에 따른 사업자등록은 임대주택의 소재지를 사업장으로 해야 하나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 임대사업자로 등록한 사업자는 그 등록한 주소지(사무소 소재지)를 사업장으로 하여 관할세무서장에게 「소득세법」 제168조 에 따라 사업자등록신청을 할 수 있다. 〔2〕 「부가가치세법」 □ 부가가치세법 제2조 【정의】 6. "과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 7. "면세사업”이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. □ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일 부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청 하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다 ⑧ 제7항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. □ 부가가치세법 시행령 제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급 】 ① 법 제8조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세 정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다. 1. 사업자의 인적사항 2. 사업자등록 신청 사유 3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일 4 . 그 밖의 참고 사항 ② 제1항에도 불구하고 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 등록을 신청하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 "사업자 단위 과세 적용 사업장"이라 한다)에 대하여 제1항 각 호의 사항을 적은 사업자 등록신청서를 사업자 단위 과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑩ 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다. □ 부가가치세법 기본통칙 8-11…2 【겸업 사업자의 사업자등록 】 부가가치세의 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 법 제8조에 따른 사업자등록증을 발급받아야 한다. 이 경우 해당 사업자는 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 사업자등록을 별도로 하지 아니한다. (2014. 12. 30. 개정) □ 부가가치세법 집행기준 8-0…1 【사업자등록의 의미】 사업자등록이란 부가가치세 업무의 효율적인 운영을 위하여 납 세의무자의 사업에 관한 일련의 사항을 세무관서의 공부에 등재하는 것이므로 사업자등록증의 발급이 해당 사업자에게 특정 사업을 허용하거나 사업경영을 할 권리를 인정하는 것은 아니다. □ 부가가치세법 집행기준 8-14…2 【정정신고를 이행하지 아니하는 경우 제재사항】 사업자등록 정정신고를 이행하지 아니하거나 지연신고한 경우에도 발급받은 매입세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있고, 미등록가산세를 적용하지 아니하며, 「조세범처벌법」상 처벌 대상도 아니다. 〔3〕 「종합부동산세법」 □ 종합부동산세법 제8조 【과세표준】 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다 . 1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 □ 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 개정된 것) 제3조 【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공 주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자 ”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 사업자등록 (이하 이 조에서 "사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지, 제5호부터제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. (이하 생략) □ 종합부동산세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36132호로 개정되기 전의 것 ) 제3조 【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공 주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자 ”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자 등록”이라 한다)을 한 자가 과세 기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지 , 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. (이하 생략) 〔4〕 「민간임대주택에 관한 특별법」 □ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수 ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 1. 삭제 <2018.1.16> 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택 3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 ③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【임대사업자 등록의 말소】 ⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반 민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다 . □ 민간임대주택에 관한 특별법 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】 ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호ㆍ제5호 또 는 제6호의2에 따른 기간(이하 "임대의무 기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제46조 【임대차계약 신고】 ① 임대사업자는 민간임대주택의 임대차기간, 임대료 및 임차인(준주택에 한정한다) 등 대통령령으로 정하는 임대차계약에 관한 사항을 임대차 계약을 체결한 날(종전임대차계약이 있는 경우 민간임대주택으로 등록한 날을 말한다) 또는 임대차 계약을 변경한 날부터 3개월 이내에 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고 또는 변경신고를 하여야 한다 .