부과제척기간 만료일에 임박하여 한 이 건 과세처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

o「국세기본법」 제8조 제1항 및 제12조 제1항에 따르면, 납세자에게 송달하여야 할 서류는 그 명의인의 주소 또는 영업소로 송달하여 그 서류가 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생하는 것인바, 같은 법 제81조의15 제3항 제3호의 ‘과세예고통지를 하는 날’은 쟁점과세예고통지가 청구인에게 도달한 날로 봄이 타당한 점 o청구인이 처분청으로부터 쟁점과세예고통지를 수령한 날(2025.3.7.)부터 부과제척기간 만료일(2025.5.31.)까지의 기간이 3개월 미만으로 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따른 과세전적부심사청구권 적용대상에서 제외되는 점o처분청은 경산세무서장으로부터 청구인의 쟁점토지에 대한 저가 양도 관련자료를 통보받은 후 약 3년 6개월 동안 장기간 과세권 행사를 지연한 것에 대한 부득이한 사정을 구체적으로 입증하지 못하는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 청구인으로 하여금 사전적 권리구제절차인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 실질적으로 침해한 절차상 중대한 하자가 존재하므로 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨. OOO세무서장이 2025.4.16. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.청구인은 2016.1.14. 부동산업을 영위하는 ㈜A(이하 “A”라 한다)로부터 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 일부 지분(약 26.5%, 7,142㎡)과 같은 리 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 일부 지분(약 65.3%, 31,074㎡)을 총 OOO원에 취득(이하 “쟁점취득거래”라 한다)한 후, 위 청구인 소유의 OOO 필지의 약 80% 지분(약 52.24%, 24,794㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)을 2017.2.8. ㈜B(이하 “B”라 한다)에게 총 OOO원에 양도(이하 “쟁점양도거래①”이라 한다)하였으나, 이에 대한 양도소득세 신고는 하지 않았다.나.B는 A로부터 취득·보유하던 OOO 일부 지분(8,264㎡)과 위 청구인으로부터 취득한 쟁점토지(24,794㎡)를 합한 토지(33,058㎡)를 쟁점양도거래①과 같은 날인 2017.2.8. C에게 합계 OOO원에 양도(이하 “쟁점양도거래②”라고 한다)하였다.다.처분청은 쟁점양도거래①에 대하여 2017.2.8. B가 C과 거래한 쟁점양도거래②의 매매가액을 안분한 OOO원을 시가로 적용하여 청구인이 특수관계인인 B에게 쟁점토지를 저가로 양도하여 양도소득세를 부당하게 감소시킨 것으로 보아「소득세법」상 부당행위계산 부인 규정에 따라 2025.4.16. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.라.청구인은 이에 불복하여 2025.8.20. 이의신청을 거쳐, 2025.11.5. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1)(쟁점①)부과제척기간 만료일에 임박하여 한 이 건 처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다.(가)처분청은 2017.2.8. 쟁점토지의 소유권이전 등기가 청구인에서 B로 변경되었음에도 장기간 과세권을 행사하지 않다가 부과제척기간 만료일부터 85일 전인 2025.3.7.에서야 청구인에게 과세예고통지(이하 “쟁점과세예고통지”라 한다)를 하였고, 이에 청구인이 2025.4.7. 해명자료와 함께 과세전적부심사청구서를 제출하였지만 처분청은 부과제척기간 만료 임박을 이유로 이를 반려하였다.(나)이와 같이 처분청이 정당한 사유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료가 임박하여 쟁점과세예고통지를 함으로써 청구인의 사전적 권리구제 절차 기회를 박탈한 것은 부당하고 중대한 절차적 하자가 있는 처분이므로 취소되어야 한다.(2)(쟁점②)쟁점토지는 명의신탁재산에 불과하여 청구인에게는 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 납세의무가 없다.(가)처분청은 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의해 2016.1.14.～2017.2.8.까지 청구인의 쟁점토지에 대한 소유권이 확인되고, 부동산 등기는 형식적으로 존재하는 것 자체로부터 적법한 등기원인에 의하여 마쳐진 것으로 추정된다는 이유로 청구인에게 쟁점토지와 관련한 양도소득세를 고지하였으나, 이는 실체적 사실에 부합하지 아니하는 것으로「국세기본법」제14조의 실질과세의 원칙을 형해화하는 위법한 처분이다.(나)청구외 D은 A와 B를 실질적으로 지배·운영하는 자로서 2010.10.15. A를 설립하여 2014년 12월경 쟁점토지를 배후지로 한 전원주택 개발·분양사업을 하던 중 2015.1.6. OOO지방국세청장이 A에 대하여 실시한 세무조사 결과, 2013사업연도 외 법인세 OOO원과 대표이사였던 본인에 대한 OOO원의 인정상여 처분을 받은 뒤 2015.8.28. A과 동일한 업종의 B를 설립하여 실질적으로 운영한바, 이와 같은 사실은 B의 사업계획서·사업자등록 정정신고서, 이 건 이의신청결정서 일부 내용 등 청구인이 제출한 각종 자료를 통하여 확인된다.(다)위와 같이 A 및 B의 실질적인 대표인 D은 A에 대한 세무조사로 인하여 A 및 본인에게 상당 세금이 부과되자 새로이 B를 차명으로 설립함으로써 과세관청의 국세 강제징수를 고의로 회피함과 동시에 A 명의로 보유하던 쟁점토지 등을 활용한 부동산 개발사업을 계속 추진하고자 청구인 등의 명의를 빌어 쟁점토지 등의 소유권을 B를 거쳐 최종적으로 C에게 이전하였다.(라)결론적으로 이 건 청구이유서에 적시한 다수의 직·간접적 증거에 비추어 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권이 전혀 없었고 쟁점토지의 거래를 통하여 얻은 이익도 전무하는 등 청구인은 쟁점토지의 명의수탁자에 지나지 아니하므로,「국세기본법」제14조 규정에 따라 청구인에게는 양도소득세 납세의무가 있다고 할 수 없는바 처분청의 이 건 처분은 취소되어야 한다.(3)(쟁점③) 청구인과 B 간 쟁점양도거래①은 양도소득의 부당행위계산부인 과세요건을 충족하지 아니한다.(가)청구인의 부 F은 B의 경영에 참여하거나 동 법인의 주식을 실질적으로 소유한 사실이 없으며 청구인의 모 OOO은 B에 근무하였으나 동 업체의 경영에 영향력을 행사할 수 있었던 경영지배인이 아니었을뿐더러 주식 소유도 전무한바 B는 D이 단독으로 지배하는 회사로 청구인과 특수관계가 성립하지 아니한다.(나)아울러, 처분청은 쟁점양도거래①에 대하여 2017.2.8. B가 C과 거래한 쟁점양도거래②의 매매가액을 안분한 OOO원을 시가로 적용하여 청구인에게 부당행위계산 부인 규정을 적용하였지만, B의 분양금액은 불특정 다수인간의 거래에서 형성된 정상가격으로 볼 수 없는 점, 쟁점양도거래②와 관련하여 실제 수수한 양도대금 규모가 계약서상 금액과 크게 상이하여 그 계약을 진정한 것으로 보기 어려운 점,청구인이 쟁점토지를 보유한 기간 동안의 쟁점토지의 지가변동율은 2.23%에 불과하는 등 쟁점토지의 거래를 통한 차익실현 유인이 희박하고 이를 통하여 회피가능한 조세도 전무한 점, 청구인의 쟁점토지 거래금액을 B의 취득금액으로 보아 이미 법인세를 결정하였으므로「소득세법 시행령」제167조 제6항 규정에 의하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하지 아니하는 것이 타당한 점 등에 비추어, 청구인과 B 간의 쟁점양도거래①은 양도소득의 부당행위 과세요건을 충족하지 아니한 것으로 봄이 타당하다.나.처분청 의견(1)(쟁점①)「국세기본법」제18조의15 제2항은 “같은 조 제1항에 따른 과세예고통지를 받은 자는 그로부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용에 대한 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있다”라고 규정하고, 같은 조 제3항 제3호는 “과세예고통지를 하는 날로부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 제2항의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있는바,청구인은 처분청이 쟁점과세예고통지를 한 2025.2.28.부터 이 건 양도소득세의 부과제척기간 만료일(2025.5.31.)까지 기간이 3개월을 초과하여 과세전적부심사를 청구할 수 있었음에도 쟁점과세예고통지서를 수령한 후 과세전적부심사청구를 한 사실이 없다. 따라서 처분청이 청구인의 과세전적부심사청구 권리를 박탈하여 중대한 절차적 하자가 있다는 청구주장은 이유가 없으므로 배척되어야 한다.(2)(쟁점②)청구인이 쟁점토지의 명의수탁자로서 양도소득세 납세의무가 없다는 주장은 배척되어야 한다.(가)청구인은 2010년∼2014년 동안 A에서 약 OOO원의 사업소득을 지급받은 이력이 있는 점, 청구인의 모 OOO은 A와 B에서 등기이사 및 직원으로 근무하면서 은행업무 등을 직접 담당한 사실이 있는 점, 청구인의 부 F은 B의 등기이사로 등재되어 쟁점토지 거래 주선 등을 담당한 것으로 확인되는 점, 청구인이 이 건 이의신청 당시 진술한 내용과 같이 모 OOO에게 통장과 인감 등을 전달하여 매매 행위를 위임하는 것은 충분히 가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지 거래내역에 대하여 알지 못한다거나 소유권이 전혀 없었다는 주장은 신빙성이 없다.(나)청구인은 B의 실질적 대표인 D에게 모든 경제적 이익이 귀속되는 등 청구인에게 쟁점토지의 소유권이 전혀 없었다고 주장하나, D의 진술에 의하면 ‘쟁점토지 거래 당일 매매대금 형식으로 대금을 주고받지는 않았으나 일정 기간 동안 청구인의 계좌를 통해 A에 이체한 금액 등을 정산하여 매매대금으로 갈음하고 쟁점토지 등 소유권을 이전한 것’이라고 진술한바 청구인이 쟁점토지의 명의신탁과 관련된 약정서나 매매대금 지급내역 등 구체적인 입증자료를 제출하지 아니하고 당초 매매계약서가 진정하지 않다거나 명의수탁자에 불과하다고 주장하는 것은 받아들일 수 없다.(다)「민사소송법」제358조에 따르면 ‘사문서는 본인 또는 대리인의 서명이나 날인 또는 무인이 있는 때에는 진정한 것으로 추정한다’고 규정되어 있는 점에 비추어, 청구인의 쟁점토지 매수·매도계약서 역시 청구인의 날인이 되어 있으므로 이와 다른 사실관계가 입증되지 않는 이상 동 계약서는 진정한 것으로 추정되는 가운데,청구인은 청구인 명의 건축허가 보증보험 서류의 서명과 관련하여 D과 주고받은 문자 메시지를 제시하며 D이 청구인에게 보증보험 서명을 종용하였다고 주장하고 있으나, 해당 메시지에는 청구인에게 서명을 강요하거나 종용하는 내용이 없을 뿐만 아니라 오히려 청구인이 본인 소유의 쟁점토지 거래 흐름 에 대하여 충분히 인지하고 있었다고 봄이 타당하다.(3)(쟁점③)청구인과 B 간 쟁점양도거래①은 양도소득의 부당행위계산부인 과세요건을 충족한다.(가)청구인의 부 F은 B 발행주식의 50%를 보유한 주주이자 사내이사이고 청구인은 쟁점토지 거래 당시 부 F과 생계를 함께 하고 있었던바, 청구인과 B는「국세기본법 시행령」제1조의2 제2항 및 제3항에 따라 특수관계인에 해당한다.(나)청구인은 B와 C 간 거래가 계약시기와 매매대금 지급관계가 부합하지 않는 진정계약이 아니라고 주장하나,「상속세 및 증여세법」제60조는 불특정 다수인 사이에서 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정하는 가액을 시가로 보고 있고,이에, 세법상 특수관계인에 해당하지 아니하는 B와 C 간의 쟁점양도거래②의 경우 일부 금전 반환 등이 있었다고 하더라도 그 사유가 쟁점토지 거래가액의 변경과 직접적인 관련이 있다고 증명되지 아니하는 한 계약서상 거래금액은 해당 재산의 매매사례가액으로서 당연히 시가에 해당하는 것이다.(다)청구인은 일부 선결정례(조심2008중2422,2008.11.4.)를 예로 들어 토지의 개별성과 유사매매사례의 적정성 여부 사례를 통해 영업비·개발비가 반영된 기획부동산업체의 분양금액을 매매사례로 한 것은 시가로 적용할 수 없다고 주장하나, 위 선결정례는 이 건과 사실관계를 달리하므로 청구인의 주장을 입증하는 근거가 될 수 없다.(라)청구인은 쟁점토지 거래의 경제적 이익이 D에게 귀속되어 청구인이 얻은 이익이 없고 동 거래로 인하여 회피가능한 조세가 없었으므로 부당행위계산부인 요건에 부합하지 않는다고 주장하나, 부당행위계산부인 규정은 청구인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우 적용하는 것으로 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것이 아니다(대법원 1996.7.12. 선고 95누7260 판결 참조).(마)아울러,「소득세법 시행령」제167조 제6항에서 개인과 법인 간 재산을 취득 또는 양도하는 경우로서 그 대가가「법인세법 시행령」제89조에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는「법인세법」제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있으나,이는 특수관계에 있는 개인과 법인 간 거래에 있어서「소득세법」과「법인세법」간 과세 시기 및 시가가 다를 경우「법인세법」상으로는 그 거래가액이 시가에 해당되어 부당행위계산부인 대상이 아님에도「소득세법」상 양도소득의 부당행위계산부인 대상이 되는 불합리한 점을 개선하기 위하여 마련된 조항인바, 쟁점토지 거래가액의 경우「소득세법」및「법인세법」모두 시가에 해당하지 않아「소득세법」시행령 제167조 제6항을 적용할 수 없는 것이다.3.심리 및 판단가.쟁점①(주위적①)부과제척기간 만료일에 임박하여 한 이 건 과세처분은 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 것으로서 절차상 하자가 있으므로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부②(주위적②)쟁점토지가 명의신탁재산에 불과하여 청구인에게 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 납세의무가 없다는 청구주장의 당부③(예비적)쟁점토지 거래는 양도소득의 부당행위계산부인 과세요건을 충족하지 않는다는 청구주장의 당부나.관련 법령(1)국세기본법제8조[서류의 송달]①이 법 또는 세법에서 규정하는 서류는 그 명의인(그 서류에 수신인으로 지정되어 있는 자를 말한다. 이하 같다)의 주소, 거소, 영업소 또는 사무소[정보통신망을 이용한 송달(이하 “전자송달”이라 한다)인 경우에는 명의인의 전자우편주소(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 명의인의 사용자확인기호를 이용하여 접근할 수 있는 곳을 말한다)를 말하며, 이하 “주소 또는 영업소”라 한다]에 송달한다.②연대납세의무자에게 서류를 송달할 때에는 그 대표자를 명의인으로 하며, 대표자가 없을 때에는 연대납세의무자 중 국세를 징수하기에 유리한 자를 명의인으로 한다. 다만, 납부의 고지와 독촉에 관한 서류는 연대납세의무자 모두에게 각각 송달하여야 한다.③ 상속이 개시된 경우 상속재산관리인이 있을 때에는 그 상속재산관리인의 주소 또는 영업소에 송달한다.④ 납세관리인이 있을 때에는 납부의 고지와 독촉에 관한 서류는 그 납세관리인의 주소 또는 영업소에 송달한다.⑤ 제1항에도 불구하고 송달받아야 할 사람이 교정시설 또는 국가경찰관서의 유치장에 체포ㆍ구속 또는 유치된 사실이 확인된 경우에는 해당 교정시설의 장 또는 국가경찰관서의 장에게 송달한다.제12조[송달의 효력 발생]①제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다.제81조의15[과세전적부심사]①세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.1.세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우2.세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우3.납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.가.「감사원법」제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우나.제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우②다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.1.제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지2.제1항 각 호에 따른 과세예고통지③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.1.「국세징수법」제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우2.「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우④과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.⑤과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.1.청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정2.청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.3.청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 심사하지 아니한다는 결정가.제2항에 따른 청구기간이 지난 후에 청구된 경우나.과세전적부심사 청구 후 제6항에 따라 준용되는 제63조 제1항에 따른 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우다.그 밖에 청구가 적법하지 아니한 경우(2)국세기본법 시행령제1조의2[특수관계인의 범위] ① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.1. 6촌 이내의 혈족②법 제2조 제20호 나목에서 “임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.1. 임원과 그 밖의 사용인2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족③법 제2조 제20호 다목에서 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.1.본인이 개인인 경우가.본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인나.본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인2.본인이 법인인 경우가.개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인나.본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인다.본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인④제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.1.영리법인인 경우가.법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우나.임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우(3)소득세법제101조[양도소득의 부당행위 계산]①납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수 관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.(4)소득세법 시행령제98조[부당행위 계산의 부인]①법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항，제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.제167조[양도소득의 부당행위 계산]③법 제10l조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만，시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.1.특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때④제98조 제1항에 따른 특수관계인의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.⑤제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지， 제52조의2, 제53조부터 제58조까지，제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우「상속세 및 증여세법」시행령 제49조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간”으로 본다.⑥개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.(5)상속세 및 증여세법제60조[평가의 원칙]①이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일 현재의 시가에 따른다.②제1항에 따른 시가는 불특정 다수인사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.(6)상속세 및 증여세법 시행령제49조[평가의 원칙]①법 제60조 제2항에서 “수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 “매매 등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.1.해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.가.특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우다. 사실관계 및 판단(1)쟁점①과 관련하여 청구인과 처분청이 제출한 이 건 심리자료를 종합하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가)청구인은 쟁점양도거래①과 관련하여 양도소득세 신고를 하지 않았고, 처분청은 청구인이 특수관계에 있는 B에 쟁점토지를 저가로 양도함으로써 양도소득세를 부당하게 감소시킨 것으로 보아「소득세법」상 부당행위계산 부인 규정을 적용하는데, B가 제3자인 C에게 양도한 쟁점양도거래②의 매매가액인 OOO원을 시가(매매사례가액)로 보아, 동 매매사례가액 중 쟁점토지의 면적비율에 상당하는 OOO원을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 ＜표1＞과 같이 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 청구인에게 고지한 것으로 나타난다.＜표1＞ 양도소득세 신고 및 결정내역OOO(나)처분청이 제출한 ＜표2＞ 양도과세자료 검토보고서와 청구인이 제출한 항변서 등에 따르면, OOO세무서장은 OOO지방국세청장의 종합감사를 수감하는 과정에서 B가 쟁점토지를 C에게 양도(쟁점양도거래②)한 후 비사업용토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고누락한 것으로 보아, 2021.9.6. B에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지한 후 처분청에 청구인의 쟁점토지 저가양도(쟁점양도거래①) 혐의에 대한 과세자료를 통보하였으며, 처분청이 이 건 과세처분 이전에 청구인에게 양도소득세 기한후신고를 안내하거나 설명한 사실은 나타나지 아니한다.＜표2＞ 양도과세자료 검토보고서(발췌)OOO(다)처분청은 위 과세자료 수보 후 약 3년 6개월이 경과한 2025.2.28. 이 건 양도소득세에 대하여 청구인에게 ＜표3＞ 과세예고통지서를 등기우편 발송하여 ＜표4＞ 등기우편물 배송조회 내역과 같이 2025.3.7. 청구인에게 송달된 후 2025.4.11. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 납세고지서를 발송하였고, 동 고지서는 2025.4.16. 청구인에게 송달된 것으로 나타난다.(라)청구인은 위와 같이 과세예고통지서를 수령한 후 2025.4.7. ＜표5＞와 같이 과세전적부심사청구서를 제출하였으나 처분청이 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일(2025.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당된다는 이유로「국세기본법」제81조의15 제5항 제3호에 따라 과세전적부심사청구서를 반려하였다고 주장한다.반면, 처분청은 국세통합전산망 내 청구인의 과세전적부심사청구 접수 기록이 확인되지 않을 뿐더러 만약 청구인이 주장하는대로 처분청에 과세전적부심사청구를 하였다면 처분청은 이를 즉시 반려하는 것이 아니라「국세기본법」제81조의15 제5항 제3호에 따라 심사하지 아니한다는 취지로 청구인에게 공식적으로 통지하였을 것이라는 의견이다.＜표3＞ 이 건 과세예고통지서(발췌)OOO＜표4＞ 등기우편물 배송조회 내역OOO＜표5＞ 과세전적부심사청구서(발췌)OOO(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가)먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.1)「국세기본법」제81조의15 제1항은 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 과세예고통지를 하도록 규정하고 있고, 제2항은 납세자가 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내 과세전적부심사를 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는바, 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 할 것(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 참조)이다.2)한편,「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호는 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용 대상에서 제외하도록 규정하고 있는데, 이는 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 후 납세자의 과세전적부심사청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 규정한 것으로, 과세관청이 과세자료 수보 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 위 규정을 적용하려는 것은 아니며, 이러한 경우에도「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은「국세기본법」상 과세전적부심사청구권을 보장한 입법취지에 부합하지 아니하다 할 것(조심 2019중3428, 2020.4.27. 외 다수, 같은 뜻임)이다.3)이와 관련, 처분청은 쟁점과세예고통지를 한 2025.2.28.부터 이 건 양도소득세 부과제척기간 만료일인 2025.5.31.까지의 기간이 3개월을 초과하여 청구인이 능히 과세전적부심사를 청구할 수 있었음에도 스스로 이를 포기한 것이므로 이 건 양도소득세 부과처분에 있어 처분청이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차적 하자는 없다고 주장하나,「국세기본법」제8조 제1항 및 제12조 제1항에 따르면 납세자에게 송달하여야 할 서류는 그 명의인의 주소 또는 영업소로 송달하여 그 서류가 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생하는 것인 점에 비추어,「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호의 ‘과세예고통지를 하는 날’이라는 문언의 의미 또한 별도의 특례 규정이 없다면 납세자에게 과세예고통지서가 도달한 날로 봄이 마땅하고,이에 청구인이 처분청으로부터 쟁점 과세예고통지를 수령한 2025.3.7.부터 이 건 양도소득세 과세처분의 부과제척기간 만료일인 2025.5.31.까지의 기간은 3개월 미만인 것으로서 쟁점과세예고통지는「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호의 사유에 해당하는 것으로 봄이 타당하다.4)따라서, 위와 같이 처분청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것으로 인정된 이상, 동 과세처분이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 처분청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만 료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료일 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 처분청이 증명하여야 할 것(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결, 같은 뜻임)이나,처분청의 경우 이 건 과세처분 이전에 청구인의 양도소득세 기한후신고를 안내하거나 설명하지 아니한 것은 물론 2021.9.6. 이후 경산세무서장으로부터 쟁점토지의 양도와 관련된 과세자료를 통보받고도 약 3년 6개월 동안 별도로 조사를 하거나 해명자료 제출을 요청하지 아니하다가 부과제척기간 만료일부터 85일 전인 2025.3.7.에서야 청구인에게 쟁점과세예고통지를 한 반면, 과세권 행사를 장기간 지연한 것에 대한 부득이한 사정은 구체적으로 입증하지 못한 이상 이 건 과세처분은 청구인으로 하여금 사전적 권리구제수단인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 실질적으로 침해한 절차상 중대한 하자가 존재하는 것으로 보인다.(나)쟁점②와 쟁점③은 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.2026. 6. 11.