종합부동산세 정기분 부과시 종합합산과세대상으로 분류된 쟁점토지가 쟁점국제학교 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당하므로 그 분류에 따른 종합부동산세를 환급해야 한다는 청구주장의 당부

쟁점토지 중 일부는 쟁점국제학교의 체육교육용 운동장과 체육시설로 사용되는 ‘쟁점국제학교 건축물의 부속토지’로서 별도합산과세대상으로 봄이 타당. 제주세무서장이 2025.12.19. ＜별지1＞ 기재와 같이 청구법인에게 한 2019∼2022년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지의 일부가 국제학교인 A의 교육용인 건축물(학교건물)의 부속토지로 사용된 것으로 보되 해당 면적을 확인하는 등 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제2호 나목에 따른 별도합산과세대상 토지의 범위·면적 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. 1. 처분개요가.청구법인은 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제166조에 따라 설립된 공기업으로, 국제자유도시 개발사업에 필요한 토지의 취득·개발·관리, 국내·외 투자유치 등의 사업을 하고 있고, 투자유치와 관련하여 국제학교 등의 유치, 설립, 운영, 지원 등의 업무를 하고 있다.나.처분청은 2019∼2022년 각 연도 귀속분 종합부동산세 정기분 부과시 청구법인에게 합계 OOO원을 부과하였는데, 청구법인은 2024.12.13. 당초 부과시 재산세 종합합산과세대상으로 분류된 제주특별자치도 서귀포시 OOO 토지(지목과 면적이 학교용지 57,750.8㎡이고, 이하 “쟁점토지”라 한다)가 같은 리 1069에 설립된 국제학교인 A(이하 “쟁점국제학교”라 한다) 건축물(학교건물)의 부속토지로서 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상에 해당된다는 이유로 ＜별지1＞ 기재와 같이 2019∼2022년 귀속 종합부동산세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.12.19. 쟁점토지에 대한 재산세가 당초 종합합산과세대상으로 부과된 후 별도합산과세대상으로 변경·경정된 내역이 없다는 이유로 이를 거부하였다.다.청구인은 이에 불복하여 2025.12.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장쟁점토지는 재산세 별도합산과세대상이다.청구법인은 쟁점국제학교의 요청으로 쟁점토지의 일부에 다목적 운동장(축구장, 육상트랙, 테니스장 등이 포함된 것)을 조성하여 쟁점국제학교에 위탁하였다. 한편 쟁점토지에 대한 재산세를 관할하는 지방자치단체의 장[제주특별자치도지사(서귀포시장)]은 2023.12.30. 청구법인에게 쟁점토지가 종합합산과세대상인 것을 전제로 부과된 재산세(납부일이 2023.9.28.인 2023년 9월 부과분)를 ‘건축물 부속토지로서의 별도합산과세대상’으로 분류된다는 사유로 환급하였고, 처분청도 이에 대응한 2023년 귀속 종합부동산세를 환급하였는바, 청구법인이 동일한 사유로 2019∼2022년분 재산세도 환급하여 줄 것을 구하는 취지의 고충민원을 제기하였으나, 제주특별자치도지사(서귀포시장)는 2024.8.8. 쟁점토지를 건축물의 부속토지로 보기 어렵고(쟁점토지는 청구법인이 조성한 ‘제주영어교육도시 다목적 운동장’으로서 ‘지역주민의 생활체육’ 용도도 겸하고 있고 건축물대장에 쟁점국제학교 건축물의 부속토지로 표기되지 않았다는 사유이다), 청구법인이 이 건 고충민원이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점토지가 쟁점국제학교의 교육용으로 사용된 사실은 확인되나 2019∼2022년에도 쟁점국제학교의 건축물 부속토지로 보기는 어렵다는 이유 등으로 이 건 고충민원에 따른 시정을 거부하였으며, 청구법인이 이 건 고충민원과 같은 사유로 2019∼2022년 귀속 종합부동산세의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 제기하였으나 처분청은 쟁점토지에 대한 재산세의 관할 지방자치단체의 장[제주특별자치도지사(서귀포시장)]로부터 재산세의 조정(종합부동산세의 정기분 고지시 재산세 종합합산과세대상이었던 것을 그 이후에 별도합산과세대상으로 변경하는 것)에 관한 자료를 받지 못하였다는 사유로 이 건 경정청구를 거부하였다.처분청은 앞서 제시하였듯이 쟁점토지에 대한 재산세의 관할 지방자치단체의 장이 당초 재산세의 부과 당시 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 본 후에 별도합산과세대상으로 변경·경정하지 않았음을 이유로 이 건 경정청구를 거부하였으나, 재산세는 부과고지 방식으로 과세되어서 경정청구를 통한 권리구제가 어려운 점을 감안할 때 종합부동산세의 기초가 된 재산세 과세대상의 과세유형 분류가 잘못되었음이 확인된다면 설령 재산세 부과처분에 대해 다툴 수 없는 상황이라 하더라도 종합부동산세의 과세유형을 다르게 판단할 수 있다 할 것이고(조심 2022서6420, 2022.10.11., 같은 뜻임), 학교가 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 그 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것(대법원 2018.6.15. 선고 2018두37519 판결, 같은 뜻임)임을 전제로, 재산세의 관할 지방자치단체의 장이 토지의 일부에 대하여 납세자가 교육사업에 직접 사용한 사실을 인정하여 재산세를 감면하여 준 사실이 확인된다면 해당 토지를 ‘교육사업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하는 것으로 볼 수 있다 할 것인바(조심 2024서4499, 2025.4.11., 같은 뜻임), 이러한 법리 및 다음의 사실관계 등을 감안할 때, 쟁점토지는 ‘쟁점국제학교의 교육사업에 직접 사용하는 부동산’으로서 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제2호에 따른 ‘쟁점국제학교의 건축물(학교건물) 부속토지’인 별도합산과세대상으로 보아야 한다.쟁점국제학교는 2011년 개교한 후 학생 수 및 교육과정(curriculum)의 증가 등으로 체육시설이 부족해지자 청구법인에게 체육시설을 마련하여 줄 것을 지속적으로 요청하였고, 청구법인은 이에 따라 2018년 12월 그 일부에 체육시설을 신축하는 등 쟁점토지에 체육시설과 운동장을 조성하였으며, 쟁점토지는 이때로부터 현재까지 쟁점국제학교의 체육시설과 운동장으로 사용되고 있고, 이러한 사실은 제주특별자치도 서귀포시 OOO장이 2017.12.7. 및 2019.1.21. 청구법인에게 송부한 건축물신고필증 및 건축물 사용승인서의 각 교부 공문에 “위 체육시설이 쟁점국제학교에 부속된 운동장 내에 소재하고 있다”는 취지의 문언, 쟁점국제학교 내부문서의 내용[주식회사 B가 2019.3.11. 청구법인에게 보낸 ‘청구법인 다목적 운동장 임시사용허가 요청’이란 제목의 문서 및 2019.3.13. 청구법인의 이에 대한 회신문서, 2020∼2022년 해당 운동장의 사용 증빙(쟁점국제학교의 수업시간표, 사진자료) 및 운동장 현황, 쟁점국제학교의 학사운영 자료], 2017∼2023년 쟁점토지의 위성사진(2018년 12월 쟁점토지에 체육시설과 운동장이 조성된 후 2019∼2023년 사정변경이 없었음을 확인할 수 있다) 등의 증빙자료를 통화여 뒷받침된다. 이에 반하여 쟁점토지에 대한 재산세의 관할 지방자치단체의 장인 제주특별자치도지사(서귀포시장)와 쟁점토지에 대한 종합부동산세의 관할 세무서장인 처분청이 청구주장과 같은 사유로 쟁점토지를 재산세 별도합산과세대상으로 분류하여 2023년도 재산세와 2023년 귀속 종합부동산세를 각 환급하였으면서 납득할 수 없는 사유로 2019∼2022년의 각 (귀속)연도별 재산세와 종합부동산세만을 환급하지 않은 것은 부당하다.한편 쟁점토지에 대한 재산세의 관할 지방자치단체 장인 제주특별자치도지사(서귀포시장)는 앞서 제시하였듯이 2019∼2022년도 재산세의 환급을 구하는 이 건 고충민원에 따른 시정을 거부하였고, 처분청은 그 시정에 따른 재산세의 조정이 없었음을 이유로 이 건 경정청구를 거부하였으나, 이 건 고충민원에 대한 시정거부 공문의 ‘이유’란에 기재된 이유들 중 ①‘지역주민의 생활체육 용도를 겸하고 있다’는 이유에 대해서는 쟁점토지에 조성된 운동장은 원칙적으로 쟁점국제학교가 교육용으로 사용하되 그 지장이 없는 범위에서 국민체적 진흥을 위하여 지역주민에게 개방되고 있고(청구법인이 2019.4.2. 제정한 ‘제주영어교육도시 다목적운동장 운영지침’ 제3조 제1항에 명시되어 있다), 이러한 사정은 일부 사립학교 등을 제외한 대부분의 학교에서 학습시간, 일몰시간 외에 나머지 시간에 지역주민에게 운동장을 개방하는 것과 같은 취지임을 감안하면 설령 쟁점토지에 조성된 운동장을 지역주민의 생활체육 용도로 사용하게 하였다 하더라도 이를 두고 쟁점토지에 조성된 운동장을 쟁점국제학교의 교육용이 아니라고 단정할 수 없는 점, ②‘쟁점토지에 조성된 운동장의 관리·운영·유지보수 의무를 쟁점국제학교(쟁점국제학교를 운영하는 주식회사 B)의 부담으로 하도록 하였다’는 이유에 대해서는 오히려 쟁점토지에 조성된 운동장이 쟁점국제학교의 교육용으로 사용되고 있음을 반증하는 것이라 할 것인 점(이는 학교의 교육용이 아닌데 학교법인인 쟁점국제학교가 자신의 비용으로 그 의무부담을 할 사유가 없기 때문이다), ③‘쟁점토지의 건축물대장에 쟁점국제