산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1997년에 신설되어 2015년 감면율 인하 등이 될 때까지 약 17년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점건축물 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 충청북도 청주시장(흥덕구청장)이 2025.5.29. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2008.8.8. AAA 산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다) 사업시행자로 선정되었고, 청구법인은 2017.8.25.~2021.2.19. 이 건 산업단지 사업면적 3,796,905.5㎡ 중 1,693,453㎡를 준공(지목변경 완성 : 2017.8.25. 1공구 1,207,632.9㎡, 2019.3.25. 2-1공구 51,171.2㎡, 2021.2.19. 2-2공구 434,648.9㎡)하여 취득한 후, 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다) 등에 따른 취득세의 60%를 경감하고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2021.7.21. 위 지목변경 취득에 대하여「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 「지방세특례제한법」”이라 한다) 쟁점규정 및 같은 법 부칙 제14조를 적용하여 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.16. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.12. 심판청구(조심 2021지5734, 이하 “관련 심판사건”이라 한다)를 제기하였고, 우리원은 2023.12.25.이를 인용하는 결정을 하였다.라. 청구법인은 2024.11.8. 이 건 산업단지 사업면적 3,796,905.5㎡ 중 3-1공구 1,684,905.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 준공(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)한 후, 2025.1.2. 「지방세특례제한법」 쟁점규정에 따른 취득세의 35%를 경감하고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.마. 청구법인은 2025.4.3. 이 건 지목변경 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정 및 같은 법 부칙 제14조를 적용하여 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등을 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.29. 이를 거부하였다.바. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.청구법인은 착공 당시 관계법령인 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 합리적으로 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년「지방세법」에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었고, 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령에서 향후 지방세 감면 내용이 축소, 폐지될 것이라는 아무런 공적이 표명이 없었다. 이러한 연혁을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 이 건 지목변경 공사를 수행하였다. 처분청은 이 건 지목변경 공사 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 준공 당시 「지방세특례제한법」을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었다. 따라서 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 이 건 지목변경에 대한 간주취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.(2) 처분청 의견에 대하여 아래와 같이 항변한다.(가) 일반적 경과조치는 조세법령 불소급주의에 대한 예외로서 납세자에게 유리한 종전 규정에 대한 납세자의 신뢰 및 기득권을 보호하기 위한 것인바, 종전 규정 시행 당시 납세의무 성립 요건인 취득행위가 이루어지지 않았다 하더라도 취득과 밀접하게 관련된 직접적인 행위에 나아갔다면, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용하는 것이 타당할 것이다.이 건 산업단지 개발사업은 충청북도 청주시장으로부터 하나의 사업지구로 승인받은 산업단지 조성사업이다.이 건 산업단지 중 3-1공구의 착공일은 1공구, 2-1공구, 2-2공구와 동일하게 종전 「지방세특례제한법」이 시행되던 2014.3.25.이고, 이 건 지목변경 행위와 같이 「지방세특례제한법」이 시행된 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하므로 취득세를 면제하는 것이 타당할 것이다(조심 2020지1231, 2021.9.30., 같은 뜻임).또한, 이 건 산업단지 중 1공구, 2-1공구, 2-2공구의 지목변경일 역시 각각 2017.8.25., 2019.3.22. 및 2021.2.19.로 모두 「지방세특례제한법」이 시행된 이후임에도 조세심판원은 관련 심판사건에 대하여 종전 「지방세특례제한법」 쟁점규정을 적용하는 것으로 인용결정하였으므로, 이 건 산업단지 중 그 후 준공한 3-1공구에 대한 이 건 지목변경에도 일관되게 적용되어야 할 것이다.(나) 처분청은 사유지의 경우 보상에 의한 수용을 통해 실제 취득한 시점이 과세 요건 성립의 기준이라며 충청북도 청주시 흥덕구 OOO(2017.8.28. 취득), 충청북도 청주시 흥덕구 OOO(2019. 12.24. 취득)를 예로 들고 있다.하지만 이 건 산업단지 중 2-1공구 및 2-2공구의 토지도 청구법인이 2017년 중에 취득하였으나, 일반적 경과규정의 적용 대상으로 인정받아 취득세를 면제받았으므로 이 건 산업단지 중 3-1공구 역시 동일한 기준으로 면제받는 것이 타당할 것이다.예를 들어 이 건 산업단지 중 2공구 충청북도 청주시 흥덕구 OOO, 충청북도 청주시 흥덕구 OOO도 취득일이 각각 2017.10.20., 2017.10.31.이지만 종전 「지방세특례제한법」의 시행기간 내에 착공하였음을 인정받아 취득세를 면제받은 사실이 있다.따라서 이 건 산업단지 중 3-1공구 역시 토지의 취득일이 아니라 지목변경 공사의 착공일(2014.3.25.)을 고려하여 취득세를 면제하는 것이 타당할 것이다.(다) 처분청은 이 건 산업단지 중 3-1공구는 토지 취득일이 2017년 이후이며, 항공사진 등을 통해 2019년~2020년에도 착공되지 않았음이 확인되므로 이 건 심판청구에 직접 적용될 수 없다고 주장하나, 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구도 토지 취득일이 종전 「지방세특례제한법」의 시행기간 이후인 2015년 이후이며, 2015년까지도 항공사진상 아직 택지로 개발되지 않은 상태인 것은 마찬가지 상황이다.즉 처분청 논리대로 이 건 산업단지 중 3-1공구가 2014.12.31. 이전에 토지 취득 및 개발이 되지 않아서 감면을 해 줄 수 없다는 논리라면 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구도 마찬가지 상황이라는 것이다.그럼에도 불구하고 관련 심판사건에서 이 건 산업단지 중 1공구뿐만이 아니라 이 건 산업단지 중 2-1공구와 2-2공구를 감면 인정한 것은 이 건 산업단지 전체가 하나의 사업으로서 2014.3.25.에 착공하였음을 인정하였기 때문인 것이다.관련 심판사건에서 청구법인은 종전 「지방세특례제한법」 시행 당시 이전인 2008년도에 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 2014.12.31. 이전에 산업단지 지목변경공사를 착공하였음을 인정받은 바 있다.이 건 산업단지 중 1내지 3공구는 지리적으로 인접하여 연결되어 있으며, 각 공구 내에는 산업, 주거, 상업 및 지원시설이 이미 입지해 있거나 향후 입지할 계획에 따라, 전체적으로 하나의 통합된 사업으로 진행되고 있다.이 건 산업단지 중 2-1공구 및 2-2공구의 준공인가필증을 확