투자목적회사간 적격합병시 피합병법인 이월소득공제의 합병법인 승계 여부 및 적용 방법

1. 사실관계 ○ ○○○ 유한회사(이하 ‘신청법인’)는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자목적회사로서 유동화전문회사 등에 대한 소득공제(이하 ‘소득공제’) 적용 대상 법인이며[법인법§51의2①⑵] - ○○○○ 유한회사(이하 ‘피합병법인’)는 신청법인이 100% 지분을 보유한 신청법인의 완전자회사로 2024년 7월 신청법인에 흡수합병됨 ○ 피합병법인은 2024년 7월 흡수합병에 대한 합병등기일 기준으로 약 19억 원의 소득공제 이월금액 보유 ※ 신청법인의 피합병법인 흡수합병은 적격합병으로 전제하고 검토함 2. 질의요지 ○ 투자목적회사간 적격합병에서 피합병법인이 ｢법인세법｣ 제51조의2 에 따른 이월소득공제금액을 보유하고 있는 경우, - (쟁점 1) 합병법인의 피합병법인 이월소득공제금액 승계가능 여부와 - (쟁점 2) 승계가 가능하다면 합병법인의 이월소득공제 적용 방법「새마을금고법」에 따라 설립된 복지회가, 「법인세법 시행령」 제56조제6항제2호 의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 그 정관에 따라 계상하고 별도로 적립한 준비금의 금액이 「법인세법 시행령」 제56조제6항제2호 에서 규정하는 법령에 의하여 준비금으로 적립한 금액에 해당하는지 여부 3. 관련 법령 ○ 법인세법 제51조의2 【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익(이하 이 조에서 "배당가능이익"이라 한다)의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액(이하 이 조에서 "배당금액"이라 한다)은 해당 배당을 결의한 잉여금 처분의 대상이 되는 사업연도의 소득금액에서 공제한다. 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조제19항제1호의 기관전용 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사 ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다. ④ 제1항을 적용할 때 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금(이하 이 조에서 "이월결손금"이라 한다)을 뺀 금액을 최초로 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다. ⑤ 제4항 본문에 따라 최초로 이월된 사업연도 이후 사업연도의 배당금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 이월결손금과 해당 사업연도로 이월된 금액을 순서대로 뺀 금액(해당 금액이 0보다 작은 경우에는 0으로 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있다. 다만, 내국법인이 이월된 사업연도에 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당하지 아니하는 경우에는 그 이월된 금액을 공제하지 아니한다. ⑥ 제4항 본문 및 제5항 본문에 따라 이월된 금액(이하 이 조에서 "이월공제배당금액"이라 한다)을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 공제한다. 1. 이월공제배당금액을 해당 사업연도의 배당금액보다 먼저 공제할 것 2. 이월공제배당금액이 둘 이상인 경우에는 먼저 발생한 이월공제배당금액부터 공제할 것 ○ 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 ① (생략) ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. ③ ~ ⑤ (생략) ⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금 등의 승계】 ① ~ ② (생략) ③ 합병법인은 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다. 1. 법 제59조제1항제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용 2. 법 제59조제1항제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 다음 각 목의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제 가. 이월된 외국납부세액공제 미공제액: 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득을 해당 사업연도의 과세표준으로 나눈 금액에 해당 사업연도의 세액을 곱한 금액의 범위에서 공제 나. 「조세특례제한법」제132조에 따른 법인세 최저한세액(이하 이 조에서 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 같은 법 제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 「조세특례제한법」제132조를 적용하여 계산한 법인세 최저한세액의 범위에서 공제. 이 경우 공제하는 금액은 합병법인의 법인세 최저한세액을 초과할 수 없다. 다. 가목 및 나목 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액으로서 「조세특례제한법」제144조에 따라 이월된 미공제액: 승계받은 사업부문에 대하여 계산한 법인세 산출세액의 범위에서 공제 ④ ~ ⑥ (생략) ○ 법인세법 시행령 제85조 【합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계】 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2제1항 후단, 제46조의3제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다. 1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계 2. 제1호 외의 경우: 법 제33조제3항ㆍ제4항 및 제34조제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계 ○ 법인세법 제13조 【과세표준】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」제6조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다. 1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액 가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것 2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 ② 제1항의 과세표준을 계산할 때 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 이후로 이월하여 공제할 수 없다. 1. 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 비과세소득 및 소득공제액 2. 「조세특례제한법」제132조에 따른 최저한세의 적용으로 인하여 공제되지 아니한 소득공제액 ○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.