청구법인이 쟁점토지를 대표자로부터 채무 대리변제 방식으로 취득하면서 당초 장부계상액과 실제 취득가액과의 차액이 사외유출된 것으로 본 처분의 당부

청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 지출한 금액 중 취득세 과세표준으로 확정된 것은 대표자에 지급한 실질거래가액으로 보아야 할 것이고 이후 청구법인의 수정회계처리 등은 그 가지급금의 실제 회수 여부 등이 명확히 확인되지 않는 등 사정에 비추어 인정하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.1.17. 대구광역시 달서구 OOO 토지 2,377.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 대표이사 A로부터 감정평가액인 OOO원에 취득(이하 “쟁점거래”라 한다)하는 계약을 체결하였고, 취득 후 청구법인은 감정평가액을 취득세 과세표준으로 하여 취득세를 신고·납부하였으나, 2023.1.16. 대구광역시 달서구청장은 청구법인이 쟁점토지를 OOO원에 취득하였다고 보아 취득세 부과처분을 하였으며, 청구법인은 이에 취소 소송을 제기하였으나 2025년 5월 취득세 과세표준은 OOO원으로 확정되었다(OOO).나. 대구지방국세청장은 2024.8.25.부터 2024.11.8.까지 청구법인에 대한 2020~2023사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 대표이사 A로부터 쟁점토지를 위 확정가액인 OOO원으로 취득하였다고 보아, 2024.11.11. 당초 신고가액(OOO원)과 의 차액인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금에 산입하고 A에게 상여로 소득처분하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.1.8. 청구법인에게 2020년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.12. 이의신청을 거쳐 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점거래는 시가인 감정가액으로 이루어진 것이므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 차액을 익금에 산입하고 상여로 소득처분한 것은 위법하다.(가) 청구법인과 대표이사 A은 특수관계에 해당하므로 「형법」상 배임 및 세법상 부당행위 문제 등을 우려하여, 쟁점토지 거래 전인 2019.12.23.을 평가기준일로 하여 감정평가를 의뢰하였고, 이에 따라 평가된 감정평가액 OOO원의 가액대로 쟁점토지를 취득하는 매매계약을 체결하고 신고필증을 교부받았다.(나) 청구법인은 2020.1.17. 취득세를 신고하면서 감정평가액으로 취득세 과세표준을 신고하였고, A도 2020.3.31. 양도소득세를 신고하면서 감정평가액을 양도가액으로 신고하였으며, 비록 취득세 과세표준은 경정되었으나, 거래 당사자들의 위와 같은 법령상 신고 행위 등에 비추어 볼 때 청구법인과 A은 쟁점토지 대가를 감정평가액으로 정한 것을 알 수 있다.(다) 청구법인은 2022년 쟁점토지에 대한 취득세 세무조사 과정에서 회계처리 오류를 발견하였고, 발견 즉시 수정하였으며, 이는 동일한 자산 내에서의 계정과목 오류(토지→대여금)이므로 중대한 오류에 해당하지 않아 재무제표를 소급하여 수정하지 않은 것에 불과하고, 이러한 수정사항에 대해 외부감사인도 적정하다는 감사의견을 표명하였다.한편, 쟁점토지의 회계처리 오류가 발생한 이유를 살펴보면, 매도인인 A이 쟁점토지를 담보로 OOO은행 등 5개 금융기관으로부터 OOO원을 차입한 상태였고, 청구법인은 쟁점토지 위에 주상복합 개발사업을 진행하고자 하였으므로 사업부지에 설정된 근저당권 해지가 필수적이었다. 이에 청구법인은 OOO원 중 OOO원은 쟁점토지의 매매대금으로 하여 A에게 지급하고, 나머지 OOO원은 A에 대한 대여금으로 회계처리했어야 하나, 신속한 근저당권 말소를 위하여 OOO은행 등에게 OOO원을 직접 상환하였으며, 회계담당자는 지급 금액 전부를 토지 취득원가로 하여 법인장부에 잘못 계상한 것이고, 더욱이 청구법인은 쟁점거래가 발생한 2020사업연도에는 외부감사대상에 해당하지 않았다.이와 같은 자산 취득가액 오류는 실무상 흔히 발생할 수 있는 것으로 판례에서도 “이 사건 부동산에 대한 원고의 2012년도 장부상 가액 기재는 원고의 자체 사정에 따른 일시적인 회계처리의 잘못일 가능성이 있어 보이고, 2012년도 법인장부 작성 이후 2013년도 계정별 원장에는 위와 같이 이 사건 부동산의 자산 가액이 OOO원으로 수정되었던 점”이라고 판시하면서(OOO) 자산 취득가액 회계처리 오류를 인정하고 있고, ‘상장 2005년 5월호 회계처리오류에 따른 재무제표 수정’에서도 회계처리 오류의 예시로 자산 취득가액의 과대계상 오류를 들고 있다.(라) 이후 청구법인은 대여금으로 회계처리하였어야 하나 토지 취득원가로 잘못 계상한 회계처리 오류 금액을 대여금으로 회계처리 수정하면서 가지급금 인정이자를 익금에 산입하여 법인세 수정신고를 하였고, A도 인정이자 OOO원에 대하여 종합소득세 수정신고를 하였다.(2) 「지방세법」과 「법인세법」은 그 입법목적, 취지 등이 다르므로 취득세 과세표준이 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 ‘대가’와 반드시 일치한다고 볼 수 없다.(가) 취득세는 유통세의 일종으로 부동산 취득 행위를 과세객체로 하는 행위세이므로 계약의 합의해제 등이 발생하더라도 취득세 납부 의무에는 아무런 영향을 주지 않으나(OOO), 「법인세법」 및 「소득세법」에서는 양도 이후 합의해제 등이 발생한 경우 매매계약의 효력은 소급하여 상실한다(OOO)고 판시한바, 이처럼 「지방세법」과 「법인세법」은 그 입법목적과 취지 등이 서로 다르므로, 「법인세법」상 부당행위계산 부인 여부를 판단할 때 ‘대가’와 취득세 과세표준이 반드시 일치한다고 볼 수 없다.(나) 구 「지방세법」 제10조 제5항의 규정에 따르면, 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래는 시가표준액을 취득세 과세표준으로 하도록 규정되어 있는데, 취득세 과세표준은 시가표준액이 아닌 오류로 계상한 장부가액으로 경정되었다.(3) 처분청은 청구법인이 A에게 지급한 대가 OOO원 중 취득세 과세표준에서 제외된 금액인 OOO원은 대여금으로 인정하면서도, 청구법인이 대여금으로 주장하는 쟁점금액(OOO원, 감정가액과 취득세 과세표준 차이)에 대해서는 그 실질이 처분청이 대여금으로 인정한 금액과 동일함에도 불구하고 대여금으로 인정하지 않고 있다.만약 청구법인이 대여금이라고 주장하는 금액을 대여금으로 인정하지 않고 청구법인이 A에게 이유 없이 지급한 것으로 본다면, 취득세 과세표준에서 제외된 금액에 대해서도 동일하게 처분하였어야 할 것인데, 그와 같이 처분하지 않았다.(4) 지방세 세무조사가 있었다는 사정은, 「법인세법 시행령」제106조 제4항에서 규정한 ‘그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우’라고 볼 수 없다.(가) 위 규정 제1호부터 제4호는 세무조사의 통지를 받은 경우, 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우, 세무공무원이 확인 업무에 착수한 경우, 과세자료 해명통지를 받은 경우라고 규정되어 있는데, ‘지방세 세무조사’는 위 규정 제1호부터 제4호까지의 경우와 유사하다고 볼 수 없고, 제5호는 수사기관의 수사 또는 재판과정에서 사외유출 사실이 발견된 경우인데, 지방세 세무조사가 ‘수사’라고도 볼 수 없고, 취득세 부과처분은 ‘사외유출된 사실이 발견된 경우’에도 해당하지 않는다.(나) 지방세 세무조사는 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에도 해당하지 않는바, 판례는 ① 거래 상대방에 대한 세무조사를 실시한 경우(OOO), ② 대표이사에 대한 자금출처조사를 한 경우(OOO), ③ 감사 절차 등에 따른 자금의 부정집행이 발견되어 검찰에 수사 의뢰한 경우(OOO) 등과 같이 세무조사로 연결될 것이 확실한 경우에 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우로 보고 있으며, 조세심판원도 지방세 세무조사는 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에 해당하지 않는다고 결정한 바 있다(국심 2006구3257, 2006.12.7).(다) 지방세 세무조사 결과가 국세청에 통보되는 시스템을 갖추고 있지 않을 뿐만 아니라, 이 건의 경우 지방세 세무조사는 2022년에 실시된 반면, 국세 세무조사는 이로부터 2년이 지난 2024년에 비로소 실시되었으며, 지방세 세무조사결과에 대한 불복(소송) 절차는 2025년에 확정되어 국세 세무조사 당시에는 취득세 과세표준이 확정되지 않았기 때문에 지방세 세무조사로 인하여 청구법인이 경정이 있을 것을 미리 알았다고 볼 수 없으므로, 이 건 과세처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 지방세 세무조사 이후 청구법인은 회계처리 착오 사유로 쟁점토지의 장부가액을 취득세 신고 과세표준인 OOO원으로 변경하고, 나머지 OOO원은 대표이사 A에 대한 가지급금