미환류소득 계산 방법을 변경할 수 있는지

1. 사실관계 ○ A법인은 ｢조세특례제한법｣ 제100조의32 에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용받는 법인임 ○ A법인은 2018사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고시 ｢조세특례제한법｣ 제100조의32제2항제2호 에 따른 투자제외방법을 선택하였고, - 2019사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고시에는 같은 항 제1호에 따른 투자포함방법을 선택하였으며, - ｢조세특례제한법 시행령｣ 제100조의32제15항제1호 에 따라 2020사업연도 법인세 신고시에도 투자포함방법을 적용하였음 ○ A법인은 수정신고를 통해 아래와 같이 방법을 변경하고자 함 사업연도 당초 변경 2019 투자포함방법 투자제외방법 2020 투자포함방법 투자제외방법 2. 질의내용 ○ 2019사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고시 투자포함방법을 선택하여 2020사업연도까지 적용한 내국법인이 - 2019~2020사업연도에 대한 수정신고를 통해 투자제외방법으로 변경할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제100조의32 【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니 한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금 액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 ｢법인세법｣ 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인 다. 제104조의31제1항 및 ｢법인세법｣ 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제31조제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( ｢법인세법｣ 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. ~ 다. (생략) 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ③ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 경우 해당 사업연도의 개시일부터 대통령령으로 정하는 기간까지는 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제100조의32 【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】 ⑮ 법 제100조의32제3항에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 말한다. 1. 내국법인이 법 제100조의32제2항제1호의 방법을 선택하여 신고한 경우 : 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 2. 내국법인이 법 제100조의32제2항제2호의 방법을 선택하여 신고한 경우 : 1년이 되는 날이 속하는 사업연도 ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( ｢소득세법｣ 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)