쟁점주택 취득 후 유예기간(3년) 내 멸실하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장

청구인은 일조권 침해 등 사유로 멸실 절차가 지연되었다고 주장하나, 일조권 침해 문제는 취득부터 이미 쉽게 예측이 가능한 점, 멸실을 위한 별도의 진지한 노력도 확인되는 않는 점 등에 비추어, 중과적용이 타당 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.5.29. AAA주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행인가를 받고, 2021.5.26., 2021.5.27. 서울시 용산구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 각각 취득한 후, OOO원 및 OOO원을 각각 과세표준으로 하여 취득세 등 합계 OOO원 및 OOO원을 각각 신고ㆍ납부하였고, 2025.1.23. 「농어촌특별세법」 제4조 제11호에 따른 비과세 사유를 근거로 경정청구를 신청하여, 농어촌특별세 OOO원 및 OOO원을 각각 환급받았다.나. 처분청은 2025.1.24. 청구법인이 쟁점주택 취득일부터 3년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 쟁점주택을 멸실하지 않은 것으로 보아, 「지방세법」(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것, 이하 같다) 제13조의2 제1항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 금액 OOO원 및 OOO원을 각각 과세예고통지하였고, 같은 날 청구법인이 조기결정신청서를 제출하여 처분청은 합계 OOO원 및 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 각각 부과ㆍ고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 심판청구와 관련한 법령 및 판례의 태도는 다음과 같다.(가) 「지방세법 시행령」(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정된 것, 이하 같다) 제28조의2 제8호 나목에 따라 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호에 따른 사업시행자 등이 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택은 「지방세법」 제13조의2 제1항을 적용할 때 중과세 대상으로 보지 않되, 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다.(나) “정당한 사유”란 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).(2) 청구법인은 쟁점주택을 매수할 수 밖에 없는 사유가 있었다.(가) 「도시 및 주거환경정비법」(2012.2.1. 법률 제11293호로 개정되어 2012.8.2. 시행되기 전의 것) 제47조에서 사업시행자는 토지등소유자가 분양신청을 하지 아니한 자, 관리처분계획에 의하여 분양대상에서 제외된 자 등에 해당하는 경우에는 그 해당하게 된 날부터 150일 이내에 토지ㆍ건축물 또는 그 밖의 권리에 대하여 현금으로 청산하여야 한다고 규정하여, 청구법인에게 주택을 매수하도록 의무를 부여하고 그 매수 시기를 조정할 수 있는 여지는 거의 없다.(나) 쟁점주택 중 OOO는 분양신청을 하지 아니한 자의 주택으로 분양신청기간 종료일 다음 날인 2020.12.15.부터 150일 이내인 2021.5.14.까지 현금청산 의무를 부담했으며, OOO는 분양신청을 할 수 없는 자의 주택으로 청구법인이 관리처분계획 인가를 받지 않았지만, 현금청산 대상자가 될 것이 분명하기 때문에 매수가격을 낮추기 위하여 미리 주택을 매수한 것이고 이는 합리적인 업무처리 방식이다.(3) 청구법인이 예측할 수 없는 사유로 절차가 지연되었으며, 청구법인은 절차 지연을 막기 위하여 진지한 노력을 다하였다.(가) 2020.12.14. 조합원 93명이 설계변경의 필요성을 제기하여 청구법인은 2022.3.31. 처분청에 정비계획변경 동의서를 제출한바, 정비계획변경 내용은 배치도 및 층고 등 변경이 없어 중대한 변경이 아니었으므로, 청구법인은 오랜 시간이 걸리지 않고 절차가 완료될 것으로 예상하였다.(나) 중부교육지원청을 제외한 19개 유관기관과는 빠른 시일 내에 합의가 완료되었으나, BBB초등학교 일조권 침해 문제로 중부교육지원청의 동의를 받지 못하고 있다.(다) 일조권 문제는 당초 사업시행계획 인가 시에 아무런 문제가 제기되지 않고 통과되었는바, 배치도 및 층고 변경 없는 정비계획변경이었기 때문에 일조권 침해를 판단하는데 사정변경이 생긴 것은 아니다.(라) 청구법인은 BBB초등학교 일조권 침해 문제를 해결하기 위하여 학교발전기금 기부 등을 제안하는 등 부단한 노력을 하였으나 중부교육지원청의 동의를 받지 못하고 있다.(4) 청구법인이 3년 내 쟁점주택을 멸실하지 못한 데 행정관청의 귀책사유가 존재한다.(가) 일조권 문제로 변경인가가 지체되자 청구법인은 당초 사업계획대로 추진하겠다고 하였으나 중부교육지원청은 이에 대해서도 부정적 견해를 유지하고 있는바, 2020년 당초 사업시행계획 인가 심사에서 중부교육지원청이 일조권 침해 문제를 제기했다면 사업시행계획 인가가 되지 않았을 것이므로, 현금청산을 위한 주택 매수도 없었을 것이고, 설계 변경 수립도 다른 설계안으로 추진할 수 있었을 것이다.(나) 이와 같이 행정관청이 입장을 변경함에 따라 청구법인이 쟁점주택 취득 후 3년 내에 쟁점주택을 멸실할 수 없었던 것인바, 이에 행정관청의 귀책사유가 존재한다.(5) 재건축조합이 취득한 주택의 멸실을 위한 유예기간(3년)은 재건축사업의 특성상 과도하게 짧은 기간이므로, 정당한 사유를 판단할 때 재건축사업의 특성을 충분히 고려해야 한다.(가) 재건축조합이 설립된 후 정비사업을 완료하기까지 기본적으로 10년의 기간이 소요되고, 20년 이상 장기화되는 경우도 많다.(나) 분양신청을 한 후 관리처분계획의 인가를 받는데 소요되는 기간은 아무런 갈등 없이 진행되더라도 1년 반 정도 걸리는데, 이 기간에 조합원 간 갈등이나, 유관 행정기관의 절차 지연 등이 집중적으로 발생한다.(다) 따라서 분양신청 직후 취득한 쟁점주택의 멸실에 3년의 유예기간을 두는 것은 이 건 정비사업의 특성상 과도하게 짧은 기간이다.(라) 참고로, 현행 「도시 및 주거환경정비법」 제73조는 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 다음 날부터 90일 이내에 분양신청을 하지 아니한 자 등과 협의를 하도록 하여 청구법인과 같은 사정이 생길 여지를 입법적으로 해결한바, 청구법인의 사안을 판단할 때 이러한 점도 고려할 필요가 있다.(6) 정당한 사유를 판단할 때 「지방세법」 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과)의 입법취지도 고려하여야 한다.(가) 「지방세법」 제13조의2가 법인의 주택 등의 취득에 대하여 취득세를 중과하는 취지는 부동산 투기를 막고자 하는 것이다.(나) 그런데 재건축조합이 분양신청을 하지 않은 자 등으로부터 이 건 정비사업 구역 내 주택을 취득한 이유는 부동산 투기와는 무관하고 재건축사업 시행상 부득이하거나 법으로 강제되기 때문이며, 재건축조합은 취득한 주택을 사실상 임의로 매도할 수 없어 양도차익을 누릴 수 없는바, 청구법인이 쟁점주택을 취득하는 것과 「지방세법」 제13조의2에 따라 취득세를 중과하는 취지는 거리가 있다.(7) 따라서 청구법인에게는 쟁점주택 취득 후 3년 내 쟁점주택을 멸실하지 못한 정당한 사유가 있다.나. 처분청 의견(1) 재건축조합이 취득한 주택의 멸실을 위한 유예기간(3년)은 재건축사업의 특성상 과도하게 짧은 기간이므로, 정당한 사유를 판단할 때 재건축사업의 특성을 충분히 고려해야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임).(나) 지방세 감면 및 특례에 관한 사항, 이의 제한에 관한 사항은 해당 사업의 특성 등을 고려하여 유예기간 등이 입법된 것인바, 재건축사업의 특성 또는 절차상 문제로 인한 사업 지연 등을 고려하여 정당한 사유를 판단해야 한다면 조세법률