조특법§99의2 감면주택, 장기임대주택 보유 중 상생임대주택 요건을 갖춘 거주주택 양도시 비과세 여부

1. 사실관계 ○ ’14.06.30. A주택 취득(감면주택) * 조특법§99의2 특례대상 요건 충족함을 전제 ○ ’15.07.17. B주택 취득(장기임대주택) * 제167조의3제1항제2호에 따른 장기임대주택 요건 충족함을 전제 ○ ’16.10.31. C주택 취득, 직접 거주한 적은 없음 ○ ’25.06.13. 매매계약 체결 및 대금 수령(양도가액 12억원 초과) 2. 질의내용 ○ 조특법§99의2 감면주택(A주택), 장기임대주택(B주택), 일반 주택(C주택)을 보유하는 1세대가 상생임대주택 요건을 모두 갖추어 C주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 가능 여부 3. 관련법령 □ 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도 소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외 한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대 통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요 건을 충족하는 주택 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대 통령령으로 정하는 주택 □ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조제1항제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1 세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 ｢주택법｣ 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역” 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해 당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. <후략> □ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】 ⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록 신청 (임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같 은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족 하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적 용한다. 이 경우 해당 거주주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 ｢영유아보육법｣ 제13조 제 1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받 아 어 린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거 주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양 도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제 168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날, ｢영유아보육법｣ 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것 □ 소득세법 시행령 제155조의3 【상생임대주택에 대한 1세대1주택의 특례】 ① 국내에 1주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2, 제156조의3 및 그 밖의 법령에 따라 1세대1주택으로 보는 경우를 포함한다)을 소유한 1세대가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 주택(이하 “상생임대주택”이라 한 다)을 양도하는 경우에는 제154조제1항, 제155조제20항제1호 및 제159조의4를 적용할 때 해당 규정에 따른 거주기간의 제한을 받지 않는다. 1. 1세대가 주택을 취득한 후 해당 주택에 대하여 임차인과 체결한 직전 임대차계약(해당 주택의 취득으로 임대인의 지위가 승계된 경우의 임대차계약은 제외하며, 이하 이 조에서 “직전임대차계약”이라 한다) 대비 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 임대차계약(이하 이 조에서 “상생임대차계약”이라 한다)을 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지의 기간 중에 체결(계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우로 한 정한다)하고 임대를 개시할 것 2. 직전임대차계약에 따라 임대한 기간이 1년 6개월 이상일 것 3. 상생임대차계약에 따라 임대한 기간이 2년 이상일 것 □ 소득세법 시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】 ① 법 제95조제3항에 따른 고가주택 * (하나의 건물이 주택과 주택 외의 부 분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계 산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일 부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. * 소득법§89①(3)에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 12억원 양도가액 □ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주 택의 범위】 ① 법 제104조제7항제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이 상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제 12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소 유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해 당하지 않는 주택을 말한다. 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장 기임대주택”이라 한다). <후략> □ 조세특례제한법 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주 택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 ｢주택법｣ 제54조에 따라 주 택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일 부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도 소 득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경 우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양 도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금 액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ② ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다.