특수관계법인 고가매입에 대하여 시가와의 차액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분 등

처분청이 시가로 판단한 쟁점단가조정 전 거래단가도 특수관계자간의 거래가액으로 시가로 보기 어렵고, 법인세법령상 시가의 개념에 부합하는지 여부도 불분명함 동울산세무서장이 2024.8.7. 청구법인 A에게 한 2021～2022사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분과 2024.9.5. 청구인 B에게 한 2021년～2022년 증여세 합계 OOO원의 부과처분은 2021년 11월 및 2022년 12월 경 청구법인 주식회사 A가 청구법인 C 주식회사에게 제공한 외주가공용역의 단가조정과 관련하여 청구법인 주식회사 A로부터 제공받은 외주가공용역의 시가를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 각 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가.청구법인 C 주식회사(이하 “청구법인 C”이라 한다)는 OOO 설립되어 OOO부품 제조업을 영위하고 있는 법인이고, 청구법인 주식회사 A(이하 “청구법인 A”이라 한다)는 OOO 설립되어 OOO부품 제조업을 영위하고 있는 법인이며, 청구인 B(C, A와 합하여 “청구인들”이라 한다)은 청구법인 A의 지배주주이다.청구법인 C은 매출처인 D·E(이하 “쟁점고객사”라 한다)에 납품하기 위한 OOO 제품 등을 청구법인 A로부터 유상사급형태로 공급받던 중, 2021년 10월과 2022년 11월에 당초 약정한 거래단가를 일시적으로 각각 15%와 5.2% 인상하는 단가 조정(이하 “쟁점단가조정”이라 한다)을 하였다.청구법인 C은 2019.10.1. 청구법인 A에 울산광역시 OOO 공장(기계장치 포함, 이하 “F”이라 한다)을 임대하였다.나. 처분청은 2024.4.15.～2024.8.5. 기간 동안 청구인들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2024.8.7. 청구법인 C이 쟁점단가조정을 통해 특수관계법인인 청구법인 A에게 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 손금 OOO원을 부인(이하 “쟁점①처분”이라 한다)하는 등 2021～2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였고,쟁점①처분과 관련하여 청구법인 A가 청구법인 C에게 용역을 고가로 공급함에 따라 그 지배주주인 청구인 B이 특정법인과의 거래를 통한 이익을 증여받은 것으로 보아 청구인 B에게「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제45조의5 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제규정을 적용하여 2021년～2022년 증여세 합계 OOO원을 결정·고지(이하 “쟁점②처분”이라 한다)하였다.한편, 처분청은 청구법인 A가 개업 이후 F을 임차하여 청구법인 C이 F에서 수행하던 OOO 생산공정을 그대로 수행하였으므로「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면 대상에 해당하지 않는다고 보아 법인세 감면세액 합계 OOO원을 부인(이하 “쟁점③처분”이라 한다)하는 등 2024.8.7. 2019년～2022년 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다.청구인들은 이에 불복하여 2024.11.4. 심판청구를 각 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구법인 C과 청구법인 A 사이의 쟁점단가조정은 경제적 합리성을 갖추고 있는 등 부당행위계산 부인대상이 아니다.(가)「법인세법」제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란, 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 적용되는 규정이다.대법원은 “경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다”고 판시하고 있다(대법원 2018.7.20. 선고 2015두39842 판결 등 다수 참조).(나) 청구법인 C과 청구법인 A는 2019년～2022년 기간 중 총 11차례에 걸쳐 단가를 조정하였는데, 이 건 과세대상은 9차 단가 조정(2021년 11월)과 11차 단가 조정(2022년 12월)이다.처분청은 쟁점단가조정 외 9차례의 단가 조정에 대해서는 정상적인 단가 조정으로 보아 과세대상으로 보지 않은 것으로 보이는데, 쟁점단가조정 또한 다른 9차례 단가 조정과 다를 바 없이 경제적 합리성을 가진 단가조정이었다.쟁점단가조정 중 9차 단가 조정은 청구법인 A에게 발생한 설비상의 문제로 인한 설비 개선 및 손실 보전(설비의 잦은 비가동으로 인한 생산성 하락 등으로 인한 지속적 손실 누적, 생산설비 노후화로 인한 생산·관리비용 증가 등)을 위하여 2021년 1월부터 12월 사이의 단가를 한시적으로 인상한 것이다.또한 11차 단가 인상은 청구법인 A의 임률 인상에 따른 부분을 반영하여 2022년 1월부터 12월 사이의 단가를 한시적으로 인상한 것이고, 쟁점단가조정 이후 2023년 1월부터는 당초 거래단가를 적용하여 거래하였다.청구법인 C은 청구법인 A 외에 거래하는 다른 업체로부터도 손실 보전에 따른 단가 인상 요청을 받으면 이를 검토하여 단가를 인상하고 소급금액을 지급하여 주기도 하였고, 상거래 관행상 거래단가는 제반 상황에 따라 상호 합의하에 수시로 조정하는 것이 일반적이다.청구법인 A가 일방적으로 단가 조정을 요구하고 청구법인 C이 이에 단순히 동의하여 단가가 인상된 것이 아니라 청구법인 A가 설비상의 문제로 생산에 따른 손실이 발생하고 있는 사실, 임률이 상승하여 생산에 따른 손실이 발생하고 있는 사실 등을 이유로 단가를 조정하여 줄 것을 요청하였고, 청구법인 C이 내부적으로 검토 및 품의를 거쳐 이에 동의한 것이다.청구인들은 각자 상대방과의 거래를 단절하기보다는 납품단가를 일정 부분 조정하는 방식에 동의할 만한 합리적인 이유(외주가공처 변경의 어려움, 안정적인 품질 및 납기관리 등)가 있어 상호 단가 조정에 동의하였고, 그 단가 조정 자체도 한시적으로 적용되는 것으로서 약정한 기한이 종료된 후에는 다시 원래의 단가가 적용되어 납품이 이루어졌던 점 등을 고려하면 쟁점단가조정은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 볼 수는 없다.(다) 쟁점단가조정이 부당행위계산부인 대상이 된다고 보더라도 그 시가는 쟁점고객사와의 거래단가를 기준으로 하여야 한다.처분청은 쟁점단가조정 전 청구인들간의 거래단가를 시가로 보고 이 건 부과처분을 한 것으로 보이나, 해당 가액은 특수관계에 있는 청구인들간에 거래되던 가격이므로 이를 특수관계가 없는 제3자와의 거래가격인「법인세법」상 시가로 볼 수 없다.청구법인 C은 청구법인 A로부터만 해당 제품을 공급받고 있고, 청구법인 A 역시 청구법인 C에게만 해당 제품을 납품하고 있기에, 해당 완제품에 대한 특수관계 없는 제3자에 대한 판매가격은 존재하지 않아 시가를 산정할 수도 없다.다만, 청구법인 C이 청구법인 A로부터 완제품을 공급받아 쟁점고객사에게 그대로 공급하고 있으므로, 만약 해당 제품에 대한 시가를 산정하여야 한다면, 그 값은 청구법인 C이 쟁점고객사에 공급한 고객단가를 기준으로 하여야 한다.＜표＞ 청구법인 C·A 간 거래구조○○○청구법인 C은 청구법인 A로부터 공급받은 제품을 추가가공 없이 쟁점고객사에 공급하고 있으므로 해당 제품의 「법인세법」상 시가는 쟁점단가조정 전 단가가 아니라, 청구법인 C이 쟁점고객사에게 납품한 단가로 보아야 한다.청구법인 C과 쟁점고객사는 특수관계가 아니고, 청구법인 A가 공급한 제품을 그대로 납품하고 있으므로 쟁점고객사에 대한 납품단가는 해당제품의「법인세법」상 시가에 부합한다고 보인다.(2) 청구인 B에 대한 증여세 부과처분은 쟁점단가조정이「법인세법」상 부당행위계산부인에 해당한다는 것을 전제로 하므로 쟁점①처분과 함께 취소되어야 한다.처분청은 청구법인 C이 청구법인 A에게 쟁점단가조정을 통해 부당하게 제품을 고가로 공급받음에 따라 이익을 분여하여, 청구법인 A의 지배주주인 청구인 B이 특정법인으로부터 이익을 증여받은 것으로 과세하였다.그러나 쟁점①처분에 대한 청구인들의 주장과 같이 쟁점단가조정은 경제적 합리성을 갖추고 있는 거래로서「법인세법」상 부당행위계산 부인 대상이 아니므로 이를 전제로 한 증여세 부과처분도 취소대상이다.설령 쟁점단가조정을 부당행위계산 부인대상으로 보더라도 쟁점①처분과 같이 그 시가를 쟁점고객사와의 거래단가 기준으로 정하여 증여이익을 산정하는 것이 타당하다.(3) 청구법인 A는 2019～2022사업연도 중 창업중소기업에 대한 세액감면의 요건을 모두 갖추었다.조특법 제6조에서 정하고 있는 창업중소기업에 대한 세액감면의 요건을 보면, 해당 규정에서는 적용 요건으로 ① 대통령령으로 정하는 중소기업에 해당할 것(이하 “중소기업 요건”이라 한다), ② 특정 시점 이전에 조특법 제6조 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업하였을 것(이하 “업종 요건”이라 한다), ③ 조특법 제6조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아닐 것(이하 “창업 요건”이라 한다) 정