의료법인이 지급받은 코로나19 관련 손실보상금의 수익 해당 여부

1. 사실관계 ○ A공단은 ｢산업재해보상보험법｣(이하 ‘산재보상법’) 제10조에 의해 설립된 고용노동부 산하 준정부기관 비영리법인으로 - 업무상 재해를 입은 근로자 등의 진료·요양 및 재활사업 등을 위해 산재병원 및 재활케어센터 등을 운영 * 하고 있으며 * 전 국 10개 병원(인천, 안산, 창원, 순천, 대전, 태백, 동해, 대구, 정선, 경기요양병원)을 운영 - 수익사업에 해당하는 산재병원 등에서 발생하는 진료수입에 대해 법인세를 신고·납부하고 있음 ○ 2020년 A공단의 산재병원은 코로나19 감염병 전담병원(2개소, 창원·대구)과 선별진료소(9개소, 창원, 인천 등)로 각각 지정되어 운영되었으며 - 해당병원에서 발생하는 비용에 대하여 보건복지부로부터 보상청구 방식으로 손실보상금(이하 ‘쟁점보상금)을 수령하였는데 코로나19 전담병원 중 창원병원의 쟁점보상금은 다음과 같음 [ 쟁점보상금 청구 및 수령 내역 ] (원) 청구내용 청구일자 지급일자 금 액 감염병전담병원 운영 병상손실 일반환자 감소진료비 손실 ’20.03.27. ’20.04.10. ×××××× ’20.05.20. ’20.05.29. ×××××× ’20.06.12. ’20.06.29 ×××××× ’20.07.10. ’20.07.31 ×××××× ’20.08.11. ’20.08.31 ×××××× ’20.09.09. ’20.09.25 ×××××× 전담병원 운영 후 회복기간 진료비 손실 ’20.10.07. ’20.10.29 ×××××× 합 계 ×××××× ○ 쟁점보상금은 코로나19 전담병원 및 선별진료소 운영에 따른 직접비용과 기회비용으로 구분되어 아래 방식으로 산출되며 [선별진료소 쟁점보상금 산출] ㅇ 직접비용 : 음압텐트 등 장비·설비 구입/대여 비용 등에 소요된 직접 비용 ㅇ 기회비용 : { ( 전체 진료비 감소액) × (입원 진료비 감소액 비중) × 50%} + {(전체 진료 비 감소액) × (외래 진료비 감소액 비중) × 100%} [전담병원 쟁점보상금 산출] ㅇ 직접비용 : 시설개조·철거, 장비구입 등에 소요된 직접 비용 ㅇ 기회비용 ㆍ 미사용 병상 손실 (➊): (1일당 병상단가) × (∑환자 치료에 사용하지 못한 병상 수) ㆍ 사용 병상 손실 (➋): [(1일당 병상단가) × (∑환자 치료에 사용한 병상 수)] - (코로나19 환자 치료로 발생한 진료비) ㆍ 일반환자 감소 손실 : [ (1일당 진료비) × (치료기간) × (1 - 평균 진료비 감소율)] - [(치료기간의 실제 진료비) + (상기➊+➋ 보상액)] ㆍ 회복기간 손실 : [(1일당 진료비) × (회복기간) × (1 - 평균 진료비 감소율)] - (회복기간의 실제 진료비) ㆍ 의료부대사업 손실 : [ ( 1일당 영업손실액) × (전담병원 운영일수)] - [(’20년 운영 기간 매출액) × (총 이익률)] - 보건복지부는 코로나19 감염병 전담병원의 환자 치료를 위해 시설비와 장비비를 우선 지원하고 - 병원 소개(疏開)로 수입이 없어 운영에 어려움을 겪는 전담병원 등에 손실보상을 목적으로「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」(이하 ‘감염병관리법’) 제36조 및 제70조에 따라 손실 일부를 어림셈 * 으로 지급함 * 손실의 일부를 개산(槪算:어림셈)으로 지급하고, 추후 세부 산정기준을 마련하여 최종 손실보상을 진행할 예정 ○ 손실보상금 청구 및 지급 절차는 감염병관리기관(병원, 이하 ‘쟁점의료법인’)에서 보건복지부(건강보험심사평가원)에 손실보상금을 청구하고, 심사 및 손실보상심의위원회 결정(심평원)을 통해 지급됨 [보건복지부 보상지침 주요내용] ○ 코로나19 환자 치료 의료기관 및 방역 협력의료기관 → 보건복지부(심평원)에 청구 - 환자치료를 위한 음압병상 설치·운영에 따른 의료장비·소모품, 의료인력 투 입 등 확인하여 해당 의료기관의 전년도 건강보험 급여진료비 등으로 손실보상금을 산정 - 요양기관 진료비 심사 전문기관인 건강보험심사평가원이 직접 손실보상청구서를 접수하여 1차 검토 ○ 심사(보건복지부, 심평원) → 결정(보건복지부 손실보상심의위원회)→ 지급(보건복지부) 2. 질의내용 ○ 코로나19 전담병원(선별진료소)으로 지정된 병원이 국가로부터 수령한 손실보상금 을 수익사업 소득에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 (2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것) ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 (2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것) ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업 (중략) ③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「소득세법」 제46조제1항 에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다. ○ 법인세법 기본통칙 4-3…3 【수익사업과 비수익사업의 구분】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다. 1. 수익사업에 속하는 것 가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입 나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입 (중략) 2. 비수익사업에 속하는 것 가. 징발보상금 나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입 다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다) 라. 외국원조수입 또는 구호기금수입 마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액 ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하 는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ① 비 영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수 익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액 에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조 【감염병관리기관의 지정 등】 ① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정 하여야 한다. ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경 우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치 하여야 한다. ④ 보건복지부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 감염병관리 시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다. ⑤ (이하생략) ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조 【손실보상】 ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다. 1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 1의2. 제39조의3에 따른 접촉자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료 한 의료기관의 손실 3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실 4. 제47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실 5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민 건강보험법」제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호 까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실 ② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다. ③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다. ④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조 【손실보상의 대상 및 범위 등】 ① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다. ② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조제1항에 따 라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다. ③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영 업이익 등을 고려하여야 한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 [별표 2의2] 1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치․운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실 가. 감염병관리시설의 설치․운영으로 발생하는 비용 나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료·진료·격리로 시설·장 비 · 인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실: 해당 의료기관이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료 · 치료 · 격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 치료 · 진료 · 격리로 시설 · 장비 · 인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용 나. 치료 · 진료 · 격리로 인해 시설 · 장비 · 인력 등을 원래의 목적대로 사용 하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용