국내 미등록된 외국특허권 사용료의 국내원천소득 여부

쟁점특허권이 국내미등록 특허권에 해당한다는 증빙을 제출하지 아니하였고, 설령 특허권 등이 국내 미등록되었더라도, 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가는 외국법인의 국내원천소득에 해당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 미합중국 법률에 따라 설립된 법인으로 아래 ＜표1＞과 같이 A 주식회사(이하 “국내원천징수의무자”라 한다)에게 특허권의 사용을 허락하고 국내원천징수의무자로부터 사용료 합계 USD OOO(이하 “쟁점사용료”라 한다)를 지급받았으며, 국내원천징수의무자는 이를 원천징수 대상인 사용료소득으로 보아 OOO원을 원천징수하여 신고ㆍ납부하였다.＜표1＞ 쟁점사용료 및 원천세 내역ㅇㅇㅇ나. 청구법인은 쟁점사용료가 국내에 미등록된 외국특허권에 대한 사용료이므로 이를 청구법인의 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 2020～2021사업연도 법인세(원천분) 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.18. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 국내 미등록 특허에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다.「법인세법」 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따른 소득으로 한다.”고 규정하면서, 같은 조 제8호에서 “국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하고 있다.한편 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세협약”이라 한다) 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”고 하면서 같은 항 제a호에서 “문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”을 규정하고, 제6조는 “이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.”라고 하면서, 같은 조 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있다.이와 관련하여 한미조세협약의 해석상 미국법인이 국내에서 등록하지 않은 특허권에 관하여 지급받은 소득은 국내원천소득에 해당하지 않는다는 것이 대법원의 확립된 법리이다(OOO).최근에도 대법원은 특허권의 침해 및 사용에 대한 대가로 지급한 금원이 국내원천 사용료소득에 해당하는지와 관련하여, “구 「법인세법」 제93조 제9호 단서 후문(현행 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문)은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 「국제조세조정에 관한 법률」 제28조는 ‘비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 「소득세법」 제119조 및 「법인세법」 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.’라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(OOO), 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다.”고 판시하였다(OOO).이와 같이 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에 해당하지 않는다.(2) 다만 쟁점사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용대가 부분이 특정되지 아니한바, 처분청이 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분을 특정할 수 있는 객관적인 기준을 제시한다면 청구법인은 그 기준에 따라 경정청구 및 환급을 구하는 세액을 별도로 산정하여 제출할 예정이다.나. 처분청 의견(1) 쟁점사용료는 한미조세협약과 「법인세법」 제93조 제8호에 따라 원천징수대상인 사용료소득에 해당한다.(가) 한미조세협약은 ‘소득에 관하여 이자, 배당, 사용료 등 종류별로 구분한 다음 각 소득별로 원천지국과 거주지국 사이에 과세권을 조정하는 조항을 두고 있으면서, 한미조세협약 제2조 제2항은 “이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다.”고 규정하고 있는바, 한미조세협약상 위 소득의 원천을 구분하는 구성요소에 관한 특별한 정의 규정이 없다면, 한미조세협약 제2조 제2항 제1문에 따라 체약국인 우리나라의 세법이 내포하는 의미에 따라 국내원천소득 여부를 파악하여야 한다(OOO).사용료소득과 관련하여 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에는 “문학·예술·과학 작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금”이라고 규정하고 있고, 같은 조약 제6조 제3항에서는 “제14조 제4항의 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있는바, 한미조세협약에서는 사용료소득의 원천지국을 ‘사용지 기준’만을 규정하고 있고, ‘사용지에 대한 판단기준’은 제시하고 있지 아니하므로 국내세법인 「법인세법」이 내포하는 의미에 따라 판단하여야 한다.이와 같이 한미조세협약에서는 과세권의 배분기준으로 ‘사용지주의’를 규정하였을 뿐 ‘사용’의 정의를 규정하고 있지 않음으로써 「법인세법」 개정(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정) 이전까지는 조세조약의 맥락이나 해석의 보충적 수단을 통하여 ‘사용’을 결정할 수밖에 없었으므로 법원에서는 ‘특허법상의 등록 개념(속지주의)’을 차용하여 ‘등록’을 사용으로 보아 국내원천소득이 아님을 판단하였으나, 2008.12.26. 「법인세법」 개정을 통한 구 「법인세법」 제93조 제9항(현재 제8항)에서 ‘해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.’고 명시하면서 세법상 개념으로써 ‘사용’의 개념을 정의하였으므로 개정된 법인세법의 조항을 따라서 국내원