피출자법인이 출자받은 자산을 출자법인의 사업과 상이한 사업에 사용 시 ?사업의 계속성 요건? 충족여부

1. 사실관계 ○ 신청법인은 상장법인인 A법인의 최대주주로, 정관상 수출입업, 위탁매매업, 대행업 및 제련사업 등을 영위하고 있음 ○ 2025.x.xx. 신청법인은 B법인을 100% 자회사로 새로 설립하면서 주금 납입을 대신하여 A법인 발행주식을 현물출자(이하 ‘쟁점현물출자‘)하는 것을 내용으로 하는 현물출자계약을 체결하였으며 - 쟁점현물출자로 인해 신청법인의 100% 자회사로 신설되는 B법인은 공정거래법상 지주회사로서, 국내 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업(지주회사업)으로 하게 되며, 출자받은 쟁점주식을 지주회사업에 사용할 예정임 2. 질의요지 ○ 피출자법인이, 출자받은 자산을 “출자법인의 사업과 상이한 사업”에 사용하는 경우 ｢사업의 계속성 요건｣을 충족하는지 여부 3. 관련 법령 <현행 규정> ○ 법인세법 제47조의2 【현물출자 시 과세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. (중략) 1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것 2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 계속할 것 3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 특수관계인이 아닐 것 4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 5. 삭제 <2017.12.19.> ③ 제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 출자법인은 현물출자일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 피출자법인이 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하는 경우 ④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손금산입 대상 양도차익의 계산, 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업의 계속 및 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 현물출자명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제84조의2 【현물출자로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입】 ⑭ 피출자법인 및 자산승계법인이 승계한 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2 제7항 및 제80조의4 제8항을 준용한다. ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】 ⑦ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 자산가액(유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다. 이하 이 관 및 제156조 제2항에서 같다)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제2항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. (단서생략) [ 법인세법 제44조 제2항 제3호 ] ‘사업의 계속성 요건’ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. ○ 법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】 ⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. (단서생략) <舊 현물출자에 관한 규정> ○ 舊 법인세법 제47조의2 【현물출자로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】 * 2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것 ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(이하 이 조에서 "신설법인"이라 한다)을 설립하는 경우 현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 1. 출자법인이 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 법인일 것 2. 주식 또는 직접 사업에 사용하던 것으로서 대통령령으로 정하는 자산을 출자할 것 3. 신설법인이 그 설립등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 4. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 제52조제1항에 따른 특수관계자가 아닐 것 ○ 舊 법인세법 제47조의2 【현물출자 시 과세특례】 * 2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것 ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 갖춘 현물출자를 하는 경우 그 현물출자로 취득한 현물출자를 받은 법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제3호 또는 제5호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. 1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것 2. 삭제 3. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 4. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 제52조제1항에 따른 특수관계자가 아닐 것 5. 출자법인(제4호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함한다)이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 ○ 舊 법인세법 제47조의2 【현물출자 시 과세특례】 * 2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것 ① 내국법인(이하 이 조에서 "출자법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 받은 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)의 주식가액 중 현물출자로 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 현물출자일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. 1. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것 2. 피출자법인이 그 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 출자법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 3. 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하는 경우 공동으로 출자한 자가 출자법인의 제52조제1항에 따른 특수관계인이 아닐 것 4. 출자법인 및 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자(이하 이 조에서 "출자법인등"이라 한다)가 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80 이상의 주식등을 보유하고, 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 5. 출자법인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 현물출자를 통하여 피출자법인에 승계할 것 ○ 舊 법인세법 시행령 제80조 【합병평가차익상당액의 손금산입】 * 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것 ③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제1항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 “사업”이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한정하여 제2항을 적용한다. ⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에는 제5항에도 불구하고 법 제44조제2항에 따라 해당 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다. 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우