쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

쟁점건물의 유치권 행사 사실, 현장사진을 통해 인력이 동원된 사실, 쟁점거래처의 대표 신헌재에게 용역비 명목으로 463백만원을 입금한 사실이 확인되는 반면, 처분청은 실제 용역이 없었다는 점에 대한 입증이 부족함, 다만 공급가액이 과다기재된 세금계산서의 가능성이 있어 보이는 바, 공급받은 인력 등을 재조사 하여 세액을 경정할 필요 1.처분개요가. 청구법인은 건축공사업을 영위하는 법인으로, 2023년 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)로부터 경기도 화성시 OOO 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 한다) 신축공사를 도급받아 같은 해 6월 착공하여 2024년 9월 준공하였으나, 도급계약에 따른 공사비 OOO원 중 OOO원을 받지 못하였고, 대여금 OOO원도 회수하지 못하여 쟁점건물에 대한 유치권을 행사하고 있다.나. 한편, 청구법인은 A 유한책임회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 쟁점건물에 대한 유치권 행사에 필요한 인력을 제공받기로 하는 내용으로 대표자 사이에 구두계약을 하고, 2024년 9월경부터 같은 해 11월경까지 쟁점거래처로부터 필요한 인력을 제공받고 2024.11.30. 공급가액 OOO원(공급대가 OOO원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았으며, 이에 쟁점세금계산서에 따른 세액을 포함하여 OOO원을 환급받는 내용으로 2024년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다.다. 처분청은 2024년 제2기에 대한 청구법인의 신고내역을 검토한 결과, ① 청구법인이 쟁점거래처에 10회에 걸쳐 OOO원의 대금을 이체하여 지급하였으나 공급가액 OOO원(부가가치세액 OOO원)의 쟁점세금계산서만 1차례 받은 점, ② 유치권 행사를 위한 인력을 제공받는 것임에도 쟁점세금계산서의 품목란에는 “조경공사”로 기재되어 있는 점. ③ 쟁점거래처가 2024.11.20. 개업하였음에도 2024.11.30. 고액이 기재된 쟁점세금계산서를 교부한 점 및 ④ 대금이체내역 외에 거래사실을 입증할 만한 자료가 제출되지 않은 점 등을 이유로 쟁점세금계산서에 대한 거래사실의 확인이 어렵다고 판단하여, 쟁점세금계산서에 대한 매입세액(OOO원)의 공제를 부인하고, 2025.4.18. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건과 관련한 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구법인은 종합건설면허를 갖고 있는 법인으로, 건설 각 부분을 주로 외부발주를 주고 건물을 완공하고 준공검사까지 하는 것을 주업으로 영위하였다.2023년경 청구법인은 B과 공급대가 OOO원의 쟁점건물에 대한 건축도급계약을 체결하고 2024년 9월 준공하였으나 현재까지 공사미수금 OOO원 및 대여금 OOO원을 받지 못하여 쟁점건물에 대하여 유치권을 행사하고 있다.(나) 청구법인은 쟁점건물 공사미수금 등으로 OOO원을 차입하여 외주업체에 지급해야 하는 대금의 일부를 결제하였고, 현재는 하청업체와 협업으로 쟁점건물에 대한 유치권을 행사하고 있다.그러나 쟁점건물에 대한 점유권을 B에 뺏기면 유치권이 무력화되기 때문에 인력과 조언이 필요하였고, 유치권행사에 경험이 많은 쟁점거래처의 대표이사 a를 지인의 추천으로 알게 되었으며, a로부터 2024년 9월부터 같은 해 11월까지 유치권 행사에 필요한 인력과 조언을 받게 되었는데, 쟁점거래처로부터 1인당 1일 OOO원에 인력을 공급받기로 하였으나, B 측이 언제, 얼마나 되는 인원으로 강제로 점유권을 뺐으려는 시도를 할지 알 수 없어 쟁점거래처와 계약서를 작성할 수는 없었다.이 과정에서 B 측의 강제 시도가 끝나면 청구인은 쟁점거래처로부터 공급받은 인력 등을 확인하고 대금을 지급했는데, 대금청구는 구두로 이루어졌으나, 즉시 결제가 되지 않으면 다음번 강제 진입시도 때는 쟁점거래처에서 인력을 공급하지 않아 어쩔 수 없이 문서화된 계약서나 청구서가 없어도 대금을 지급할 수 밖에 없었다.(다) 청구법인은 2024년 9월부터 같은 해 11월까지 발생한 총 용역료로 OOO원에 대한 세금계산서를 쟁점거래처로부터 교부받았고, 현재 OOO원이 미지급된 상태이다.(라) 한편, 청구법인은 쟁점거래처에게 지급한 용역료 OOO원을 건설원가가 아닌 판매비와 일반관리비로 보고, 2024사업연도 법인세 신고를 하면서 판매비와 일반관리비 항목 중 용역비 계정에 산입하였다.(2) 청구법인이 쟁점거래처로부터 공급받은 용역은 청구인의 유치권을 보호하는 용역이지 조경공사 건설용역이 아니다.(가) 쟁점세금계산서에 인력알선업은 보이지 않고 임의적으로 기재한 조경공사가 품목란에 기재되어, 쟁점세금계산서를 외형상 건설하도급과 관련된 세금계산서로 볼 수 있는 점은 인정된다.(나) 한편, 「부가가치세법」 제32조는 재화나 용역을 공급하는 자가 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제14조는 사업자등록의 변경사항이 발생하면 지체 없이 사업자등록 정정을 하도록 규정하고 있는바, 사업자등록증은 세금관리를 원활하게 하기 위한 도구이지 사업자등록증 자체가 거래사실을 모두 밝히는 것으로 볼 수 없을 것이어서, 쟁점거래처의 사업자등록 정정사항까지 청구법인이 관여하는 것은 현실적으로 여러 가지 어려움이 많이 존재한다.청구법인이 쟁점세금계산서를 수취할 당시에는 유치권을 유지하는 것이 가장 시급하고 필요한 사항이었으므로, 쟁점세금계산서의 내용을 살펴볼 겨를이 없어 품목란의 기재내용이 오기된 것을 놓쳤는데, 그럼에도 부가가치세를 제외한 용역료를 모두 지급한 상태여서 쟁점세금계산서가 발급된 사실만 알고 아무런 문제가 없을 것이라고 생각하였다.(다) 그리고 쟁점세금계산서의 품목란의 내용이 잘못 기재된 것은 쟁점거래처의 잘못임에도, 청구법인에게 매입세액을 불공제하여 그 책임을 묻는다면 이는 비례의 원칙에도 반하는 것이다.(3) 청구법인은 쟁점거래처와 쟁점건물에 대한 유치권의 행사를 위한 용역에 대한 계약서를 작성할 수 없는 현실적 이유가 있는 상황이었다.계약서를 작성하려면 계약 당시 거래금액 등을 추정할 수 있어야 하는데, B 측이 유치권을 해제하기 위하여 언제, 얼마나 되는 인원으로 쟁점건물에 강제진입을 시도할지 모르는 상태에서 거래금액 등을 확정할 수 없어서, 어쩔 수 없이 청구법인은 “구두로 1인당 1일 OOO원”으로 용역비를 지급하기로 계약할 수 밖에 없었다. 청구법인의 대표이사는 쟁점건물에서 유치권을 유지하기 위해 숙식을 하다가 강제진입 시도가 있다는 정보를 입수하면, 쟁점거래처의 a와 진입을 저지하기 위한 인력과 준비사항을 결정하였고, 그에 따라 거래대금도 결정하였다.(4) 청구법인은 선의의 피해자에 해당한다.청구법인은 선량한 사업체에 불과하여, 수사권이나 납세자 정보를 검토할 강제적 권한이 없는 사업자일 뿐이다. 청구법인이 할 수 있는 것은 제공받은 용역의 대가를 선명하게 지급하고 그 근거를 정규증빙으로 수취하는 것뿐인바 청구법인은 그 의무를 성실하게 이행한 선의의 피해자라고 할 것이다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2024년 9월부터 같은 해 11월까지 제공받은 용역에 대해 쟁점세금계산서를 발급받았다고 주장하였으나, 쟁점거래처는 2024.11.1. 설립하여 2024.11.20. 개업한 신규법인으로 이 건 용역거래가 시작될 당시 쟁점거래처와 거래를 하였다는 것은 성립할 수 없다.이 건 신고내역을 검토할 당시 청구법인이 제출한 대금이체내역을 보면 2024.10.1. 대금을 처음 지급하였으나 이 당시에는 쟁점거래처가 설립되기 전으로, 용역비라고 적혀있을 뿐 실제 쟁점거래처에 대금을 지급하였다고 볼 수 없다.(2) 청구법인이 쟁점거래처로부터 받은 쟁점세금계산서로, 쟁점거래처와 인력공급에 대한 거래를 하였다는 사실도 확인하기 어려울 뿐만 아니라, 쟁점세금계산서를 공급시기에 발급하지 아니하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.세금계산서는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 「부가가치세법」 제16조에 따라 용역이 공급되는 시기에 발급하여야 하는 것으로 공급시기에 발급하지 아니한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 규정하고 있다. 청구법인은 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 시점인 2024.11.30. 매입세금계산서를 받았다고 주장하나, 계약의 전부를 구두계약으로 진행하여 역무 제공 완료시점을 확인할 수 있는 자료도 없고, 2025.6.30.까지 쟁점거래처로부터 세금계산서를 발급받은 것으로 보아 2024.11.30.에는 용역의 공급이 진행 중인 것으로 보여, 쟁점세금계산서를 역무의 제공이 완료