과세기간을 달리하여 이 건 종중에서 양도한 쟁점건물과 쟁점토지를 사실상 일괄 양도한 것으로 보아 과세한 처분의 당부 등

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지와 쟁점건물을 동일한 매수인인 이 건 종중에 양도하면서 쟁점건물의 매매계약을 체결한 후 같은 해인 쟁점토지의 매매계약을 체결하였으나, 잔금지급일을 달리 약정함에 따라 불과 몇일의 차이로 과세시기가 달라진 점, 이 건 종중은 쟁점건물의 잔금지급일 전에 쟁점토지를 쟁점건물과 함께 매수하기로 의사결정한 것으로 나타는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려움쟁점②에 대하여 살피건대, 단순한 법령의 부지 내지 오해는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 1991.5.16. 청구인의 부친으로부터 OOO 대지 260.6m2(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여받은 후, 1998.7.10. 쟁점토지 지상에 근린생활시설용 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였다.나. 청구인은 2020.9.14. OOO(이하 “이 건 종중”이라 한다)으로부터 쟁점건물의 매매대금(OOO원)을 지급받은 후 2020.11.30. 처분청에 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 이후 2021.1.15. 쟁점토지의 매매대금(OOO원)을 지급받은 후 2021.3.31. 처분청에 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.4.8.∼2025.4.25. 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점토지는 쟁점건물의 부속토지로, 동일한 매수인에게 쟁점토지와 쟁점건물이 일괄 양도된 것으로 보아야 한다는 내용을 처분청에 통지하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 합산(OOO원)한 후 이를 기준시가로 안분하여 양도차익을 산정하여 2025.10.24. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점건물과 쟁점토지의 양도거래는 별개의 독립된 거래이다.(가) 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권 분쟁이 있었기 때문에 쟁점토지와 쟁점건물을 별도로 양도할 수 밖에 없었다.청구인은 1991년 청구인의 부친 명의로 되어 있던 쟁점토지(농지)를 증여받았고, 1995년 중 OOO시 신상지구 토지구획정리사업의 일환으로 환지예정지로 지정 통보된 후 1997.4. 환지처분되었으며, 쟁점건물은 청구인이 쟁점토지의 증여일 이후 약 7년이 경과한 뒤 신축한 것으로, 쟁점건물에서 식당과 노래방을 운영하여 생계를 유지하다가 2009년에 청구인의 비용으로 쟁점건물의 3층을 증축하였다.이 건 종중은 재산 수용에 따른 대체 부동산을 물색하던 중, 종중원인 청구인에게 쟁점건물을 양도할 것을 제안하였는데 내부 회의 과정에서 이 건 종중원 중 일부가 청구인의 부친이 쟁점토지를 취득할 당시 이 건 종중의 자금으로 취득하였다고 주장하면서 쟁점토지를 종중 명의로 반환하여야 한다는 취지의 발언을 하여 분쟁이 발생하였다.이 건 종중원들 중 일부가 쟁점토지를 종중의 자금으로 취득한 종중 재산이라고 주장하면서 청구인에게 쟁점토지를 반환할 것을 요구하였으나,만약 쟁점토지가 이 건 종중의 소유이고, 그 명의만 청구인의 부친으로 되어 있었다는 주장이 사실이었다면 이후 쟁점토지 지상에 신축한 쟁점건물의 운영 과정에서 종중이 관여를 하지 아니하였을 리 없고, 쟁점건물의 신축에 따른 수익과 비용을 청구인이 부담하지도 않았을 것이다.이 건 종중은 쟁점건물에 대한 매수의사가 분명하여 분쟁이 발생하였음에도 불구하고 2020.8.24. 쟁점건물에 대한 매매계약을 체결하였고, 이후 별도의 의사결정절차를 거쳐 쟁점토지를 추가로 매수하기로 하였으며, 그 과정에서 청구인과의 갈등도 사그라들었다.청구인이 이 건 종중과 조세회피목적으로 쟁점토지와 쟁점건물을 별개로 나누어 매매계약을 체결하기로 하였다면 소유권이전등기시점을 조절하거나, 단기 부동산임대차계약서를 작성하여 쟁점토지를 임대하다가 매매계약을 체결하는 등 보다 적극적인 회피 방법으로 매매시기에 시차를 두었을 것이다.따라서 거래당사자 간 의사표시의 합치로 쟁점토지와 쟁점건물의 매매거래의 계약을 둘로 나눈 것으로 보기 어렵고, 각 거 시점마다 독립된 의사결정과 합의를 거쳐 이루어진 명백히 구분되는 법률행위로 평가됨이 마땅하므로 합리적 근거 없이 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄양도한 것으로 보아 과세한 처분에 위법이 있다.(나) 처분청은 이 건 종중의 임시총회 회의록을 근거로, 쟁점건물의 소유권이전등기일(2020.9.14.) 전에 이미 쟁점토지에 관한 분쟁이 마무리되었으므로 귀속을 달리하여 양도할 이유가 없다는 의견이나,2020.4.2.자 임시총회 회의록(제1호 의안)에는 ‘매도자 선친의 토지 취득과정에 대한 당 종중과의 분쟁으로 건물만 먼저 취득하고 차후 분쟁이 해결되면 토지를 매수할 것을 의결하였다’고 기재되어 쟁점토지에 대한 소유권 분쟁이 확인되고, 이에 따라 당초부터 쟁점건물과 쟁점토지를 분리하여 매매하기로 결의한 것이다.2020.9.5.자 임시총회 회의록(제1호 의안)에서 ‘이후 지금까지 분쟁에 대한 당사자 간 협의가 이루어지지 않아 당 종중으로서는 여러 가지 사정을 고려하여 부득이 토지를 당 종중의 기본재산으로 매도자로부터 정상적인 거래 방법으로 취득할 수밖에 없어 취득에 대한 종중원들의 동의를 구한다’고 한 의미는 바로 분쟁이 마무리되었다는 것이 아니라, 분쟁이 해결되지 않았기 때문에 이 건 종중이 쟁점토지를 매매의 방식으로 거래하겠다는 결정이다.2020.9.5.자 임시총회에서 쟁점토지의 매매를 의결한 후, 쟁점토지의 매매계약은 2020.12.11.에 체결되었고, 잔금은 2021.1.5.에 지급되었으며, 쟁점건물과 쟁점토지의 매매계약일 사이에는 약 3개월 이상의 시간적 간격이 존재한다.(다) 쟁점토지와 쟁점건물의 매매계약에 따른 대금의 지급시기, 지급방법, 지급경위가 모두 구분되어 있고, 각각 독립된 매매계약서를 작성한 후 별도의 부동산거래계약신고필증을 발급받았으며, 쟁점토지 거래에는 대성앤태영부동산공인중개사사무소가 개입하였으나, 쟁점건물의 매매거래에는 공인중개사가 별도로 기재되지 않는 등 두 거래의 체결 경위와 방식이 서로 상이함을 알 수 있다.쟁점토지와 쟁점건물을 별도의 계약을 통해 양도한 것은 이 건 종중과의 토지 소유권 분쟁이라는 객관적인 사정에 기인한 것이지, 세법상 혜택을 부당하게 받기 위한 목적에서 비롯된 것이 아니고, 별개의 매매계약서가 작성되어 있으며, 각각의 매매대금이 명확히 구분되어 있고, 거래 경위에도 뚜렷한 차이가 있으므로, 당사자들이 선택한 법률관계, 즉 별개의 독립된 거래로서의 성격을 존중하여야 하는 것으로, 단지 매수인이 동일하다는 사정만으로 일괄양도로 의제할 수 없다.(라) 「소득세법」상 자산양도가액은 원칙적으로 실지거래가액, 즉 당사자 간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것이며(「소득세법」 제96조 제1항), 실지거래가액이 기준시가와 다르다는 사정만으로 그것이 임의로 산정된 것이라고 볼 수는 없고, 쟁점건물과 쟁점토지의 매매대금은 각각 구분되어 별도의 매매계약서에 명시된 가액으로 이를 당사자 간의 진정한 합의에 의한 실지거래가액으로 보아야 할 것이며, 이를 부인할 합리적 근거도 없다.「소득세법」 제100조 제2항은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에 가액 구분이 불분명할 때 안분계산하도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있으며, 이는 토지와 건물의 일괄 양도를 전제로 하는 것이나,청구인이 쟁점건물과 쟁점토지를 양도한 거래는 각각 별개의 독립된 거래에 해당하므로, 쟁점건물과 쟁점토지의 매매가액을 합산한 후 이를 기준시가로 안분하여 과세한 처분 역시 위법하다.이 건 처분은 세법해석의 차이에서 비롯된 것으로, 「국세기본법」 제48조 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유가 있다.청구인은 만 72세의 고령으로, 평생 농업에 종사해 온 농업인이고, 쟁점토지와 쟁점건물의 양도와 관련하여 세무대리인을 통해 적법하게 양도소득세를 신고·납부하였으며, 이 건 종중과의 매매대금은 청구인의 농자재 구입비용, 세금 납부, 생활비 등에 사용되었다.청구인은 쟁점토지와 쟁점건물의 양도 이후에도 성실하게 세금을 납부하여 왔으며, 조세회피의 의도나 전력이 전혀 없으므로 이러한 점들을 고려하여 청구인에게 가산세 감면에 정당한 사유가 있음을 인정하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구인이 쟁점토지와 쟁점건물을 양도한 거래를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다.(가) 쟁점건물과 쟁점토지의 양도거래를 별개의 거래로 볼 수 없고, 청구인이 양도소득세를 회피하기 위한 목적에서 하나의 거래를 2개의 거래로 나눈 것에 불과하