위법한 세무조사에 의해 파생된 쟁점과세자료에 근거하여, 거래상대방인 청구인들에게 과세한 처분의 당부

조사청이 세무조사를 통해 취득한 쟁점파일등에는 쟁점거래처의 매출 및 매입 내역이 기재되어 있고, 이를 기초로 세금계산서 과다발급 사실 파악, 쟁점과세자료에 근거하여 쟁점거래처의 타 매출처(청구인과 동일상황)에 부가가치세가 부과된 사건에서 법원이 이를 위법한 절차에 따른 처분으로 판단한바, 위법한 세무조사에서 확보된 자료에 기초한 부과 처분 역시 위법 처분청들이 청구인 a(2025구3368·소3370), b(2025소3369), c(2025소3371), d(2025소3372)에게 한 ＜별지＞ 기재 2019년 귀속 종합소득세 부과 처분 및 2018년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분은 이를 각 취소한다. 1.처분개요가. 서대구세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.6.27.~2023.9.15. 기간 동안 대구광역시에 소재한 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)를 대상으로 2018년~2022년 과세기간에 대한 비정기 개인통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여 쟁점거래처에 대해 과세처분을 하는 한편, 2024년 1월경 처분청들에게 쟁점거래처의 거래상대방인 청구인들이 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다 수취했다는 내용의 파생 과세자료(이하 “쟁점과세자료”라 한다)를 각 통보하였다.나. 쟁점과세자료를 받은 처분청들은 2024년 4월경 청구인들에게 과세자료에 대한 부가가치세 해명자료를 제출하도록 각 안내(이하 “2024년 해명자료제출안내”라 한다)하였다. 이에 대해 청구인 a·b는 2024.6.20. 처분청(동대구세무서장)에게 ＜별지＞와 같이 2018년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 수정신고를 하였다.다. 한편 쟁점거래처는 쟁점세무조사가 위법하다며 2024.5.20. 국세청장에게 심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 조사청이 쟁점세무조사 당시 쟁점거래처의 사업장 컴퓨터로부터 확보한 전자파일(매입장.xlxs, 매출장.xlsx) 및 개인소유 계좌(OOO은행 054****1233032 및 OOO은행 615****4136352) 등(이하 “쟁점파일등”이라 한다)에 근거하여 이루어진 과세처분은 위법하다는 취지로 2024.10.14. 심사청구를 인용하였다.라. 청구인 a과 b는 쟁점거래처의 위 심사청구가 인용되자, 2024.12.4. 처분청(동대구세무서장)에게 2024.6.20.자 부가가치세 수정신고에 대해 경정청구를 하였으나, 처분청(동대구세무서장)은 2025.1.16. ＜별지＞와 같이 이에 대해 각 거부하였다.마. 처분청들은 2025년 2월~4월경 청구인들에게 종합소득세 해명자료 제출안내(이하 “2025년 해명자료제출안내”라 하고, 2024년 해명자료제출안내와 합하여 “쟁점해명자료제출안내”라 한다)를 한 후, 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다 수취한 분을 반영(필요경비 부인)하여 2025.5.7.경 ＜별지＞와 같이 청구인 a·c·d에게 종합소득세를 각 경정·고지(이하 “이 건 처분들”이라고 한다)하였다.바. 청구인들은 이에 불복하여 ＜별지＞와 같이 심판청구를 제기하였다.2.청구인들 주장 및 처분청 의견가.청구인들 주장청구인들은 대구광역시 일대에서 자동차 휠 판매 및 수리 등을 목적으로 각 개업한 소규모 사업자들로서 세법에 대한 이해 부족과 세금을 조금이라도 줄여보겠다는 욕심으로 세법상 의무를 성실히 지키지 못한 사실에 대해 뉘우치고 있다. 그러나 이 건 처분들은 위법한 세무조사에 의거하여 파생된 과세자료에 기한 것이므로 이는 취소되어야 한다.쟁점거래처에 대한 과세처분은 위법한 세무조사에 기초한 것으로서 국세청 심사청구에서 모두 위법하다는 결정을 받았는데, 관련 법령 및 법리에 비추어 볼 때 이 건 처분들은 결국 위법하게 수집된 과세자료를 기초로 한 것이다. 법원 역시 위법한 세무조사에서 확보한 과세자료에 의한 부과통보는 위법하다는 취지로 판시하고 있다.조사청에서 쟁점파생과세자료를 처분청들에게 통보하지 않았으면, 처분청들은 그 내용을 알 수 없었고 과세자료 해명안내, 수정신고 권장, 종합소득세 고지 등의 행위는 물론 부과처분도 일어나지 않았을 것이다.설령 처분청들의 쟁점파생과세자료에 대한 처리가 정당하다고 하더라도 원인이 된 과세자료가 위법하게 수집한 것으로 결정되었다면, 그로부터 비롯된 모든 처분은 취소되는 것이 상식이다. 이건 심판청구의 내용은 2015년에 있었던 조사청의 ‘(유)OOO사건’과도 동일한데, 당시 대구지방법원의 조정권고에 따라 (유)OOO에 대한 수성세무서장의 부가가치세 부과처분이 취소되었고, 그 거래상대방들에 대해서는 소송을 통해 과세가 취소되거나 처분청들이 새로운 부과처분을 자제한 사실이 있는바, 같은 과세당국이 다른 적용을 하는 것은 모순이다.한편, 쟁점거래처와의 거래를 통해 동일 과세자료로 부과처분을 받은 f은 심사청구를 거쳐 법원에서 승소판결(대구지방법원 2025.11.13. 선고 2025구합20480 판결)을 받았고, 해당 판결은 그대로 확정되었는바, 청구인들에게도 동일한 결정이 이루어져야 마땅하다.나.처분청 의견(1) 이 사건 처분과 관련하여 직접적인 적법절차 위반의 흠이 없다.조사청은 쟁점세무조사에서 확보한 쟁점파일등과 쟁점거래처 대표자의 문답서 진술 등을 통하여, 청구인들이 당초 신고한 매입세금계산서내역과 실제 매입세액이 다를 가능성이 크다는 ‘사실’을 인지하게 되어 이를 처분청들에게 쟁점과세자료로 각 통보하였다. 이에 따라 각 처분청들은 동 자료를 검토하여 과세처분에 앞서 청구인들에게 소명(증빙제출) 및 수정신고 기회 등을 제공하였고, 청구인들이 제출한 소명자료를 검토한 후 과세예고통지 등의 절차를 거쳐 각 부가가치세 및 종합소득세를 부과하였는바, 이 건 처분들에는 어떠한 절차적 위법도 없다.한편, 청구인들의 사업장은 쟁점세무조사의 대상이 아니므로 청구인들이 적법절차 위반을 주장할 수는 없다. 조사청은 쟁점세무조사 결과 청구인들이 조세회피를 위해 쟁점거래처로부터 매입세금계산서를 과다하게 발급받았을 개연성이 높다는 사실을 각 처분청들(부가가치세과)에 통보한 것이고, 이에 따라 처분청들은 청구인들에게 과세자료 내용과 관련하여 사실관계를 해명하여 줄 것을 안내한 후 제출된 자료 등을 개별적으로 검토·확인하여 이 건 처분들에 이르게 된 것으로서, 조사청이 한 쟁점세무조사의 적법절차위반이 처분청들이 한 이 건 처분들에 그대로 승계된다고 볼 수도 없다.쟁점세무조사는 「국세기본법」 제81조의4 및 제81조의10 등에서 규정하고 있는 공정한 세무조사를 받을 권리를 직접적으로 침해하지 않았고, 조사청은 문답서 진술 당시 쟁점거래처의 대표자 e에게 쟁점파일등을 제시하는 등 이를 부당하게 유용하거나 세무조사의 기간과 범위를 과도하게 확장하였다고 보기도 어렵다. 따라서 쟁점세무조사에서 수집된 자료가 청구인들의 권리를 중대하게 침해하여 수집된 자료라고 할 수 없다. 심사청구에 의해 위법하다고 판단된 것은 쟁점거래처에 대한 조사로서, 조사청은 처분청들로 하여금 청구인들에게 즉시 과세할 것을 통보한 것이 아니라 검토자료인 쟁점과세자료를 통보한 것일 뿐이다.쟁점과세자료를 수보한 처분청들은 처리과정에서 청구인들에게 사실 관계 확인을 위하여 해명자료 제출을 요청하는 등 충분한 소명의 기회를 주었고, 제출된 소명자료 등을 검토한 후 그 소명내용이 타당하지 않다고 판단하여 개별적인 과세자료처리로 이 사건 부과처분을 하였는바, 이 건 처분들이 청구인들의 절차적 권리를 중대하게 침해했다고 보기 어렵다. 또한 청구인들 중 일부는 세법에서 정하는 성실한 의무를 지키지 못한 사실을 스스로 인정하여 수정신고를 한 사실도 있다.(2) 「국세기본법」에는 위법하게 수집한 증거의 증거능력 배제에 관한 규정이 없고, 형사절차상 위법수집증거 배제법칙이 세무조사에 그대로 적용된다고 볼 수도 없다. 다만, 증거수집의 수단·방법이 현저히 반사회적이거나 인격권을 중대하게 침해하는 경우 등에는 그와 같이 수집된 증거의 능력이 없다고 볼 여지가 있을 뿐이다.과세관청이 세무조사 과정에서 납세자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다.위 법리 등을 기초로 볼 때 쟁점세무조사가 그 본연의 목적이 아닌 부정한 목적을 가지고 있거나 세무조사 과정에서 증거수집의 수단 및 방법이 현저히 반사회적이거나 인격권 등을 중대하게 침해하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결, 같은 뜻임).또한 쟁점세무조사 과정의 절차 위반에 대한 위법성 여부를 논외로 하더라도, 처분청들은 청구인들에게 과세자료에 대한 사실관계 확인 절차인 해명자료 안내를 하는 과정을 거쳤는바, 이를 통해 쟁점거래처에 대한 쟁점세무조사의 절차적 위법성과 이 건 처분들은 법률적으로 그 인과 관계가 단절 또는 희석