쟁점주택의 양도가액을 쟁점감정가액으로 하고 1세대 1주택 비과세를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부

처분청이 쟁점주택의 양도가액을 쟁점감정가액으로 하고 1세대 1주택 비과세를 재제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2024.12.13. OOO 토지 및 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 청구인의 조카인 A(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO억원에 양도한 후 2025.3.27. 1세대 1주택 비과세를 적용하여 2024년 귀속 양도소득세를 신고하였다.나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.6.4.~2025.6.24. 기간 동안 OOO세무서장에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점주택이 다가구주택 요건을 미충족하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점주택 중 401호를 제외한 부분에 대하여 비과세를 배제할 것을 시정요구하였다.다. 한편, 양수인은 2025.6.20. 쟁점주택의 양도가액은 OOO억원이 아닌 OOO만원(이하 “쟁점거래가액”이라 한다)이고 금융기관으로부터 추가로 대출금을 차입하기 위하여 실지거래가액보다 높은 금액으로 계약서(이하 “쟁점업계약서”라 한다)를 작성하였다며 OOO구청장에게 자진신고를 하였고, 이에 따라 동 구청장은 2025.7.1. 실거래가 위반 사실을 OOO세무서장에게 통보하였다.라. OOO세무서장은 이에 따라 위 과세자료를 조사청에 통보하였고, 조사청은 이를 검토한 결과 쟁점주택을 담보로 한 대출금 신청 시 금융기관이 감정평가법인에 의뢰하여 감정한 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 쟁점주택의 시가로 보고 청구인이 쟁점주택을 특수관계자인 양수인에게 시가보다 저가인 쟁점거래가액에 양도한 것은 부당행위계산에 해당한다고 보아 「소득세법」 제91조에 따라 비과세 적용을 배제하고 쟁점주택 전체를 과세대상으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과할 것을 처분청에 통보하였다.마. 처분청은 이에 따라 2025.12.9. 쟁점감정가액을 쟁점주택의 양도가액으로 하고 1세대 1주택 비과세를 배제하여 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.바. 청구인은 이에 불복하여 2025.2.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점주택 양도 당시 시세는 OOO원 정도였으므로 이를 고려하여 거래한 쟁점거래가액(OOO만원)은 정상적인 시가에 해당하는 반면, 추가 대출을 목적으로 작성된 쟁점업계약서에 터잡아 시가보다 높게 감정평가한 쟁점감정가액(OOO원)은 시가로 볼 수 없으므로, 이를 쟁점주택의 시가로 본 이 건 처분은 부당하다.(가) 쟁점주택은 건축된 지 22년이 경과한 구옥이고 2024년 11월부터 현재까지 부동산 경기침체 등으로 거래가 이루어지지 않았을 뿐만 아니라 정상적인 가격을 받고 양도하기도 어려운 상황이었다. 청구인은 타지역으로의 이사를 계획하면서 오래 전부터 쟁점주택을 양도하려고 시도하였으나 부동산 경기침체 등으로 매매가 성사되지 못하던 중 조카인 양수인에게 쟁점주택 매수를 의뢰하였고 양수인도 이를 긍정적으로 평가하여 거래가 성사되게 되었다.(나) 청구인이 쟁점주택을 양수인과 거래하면서 그 양도가액을 OOO억원으로 하여 쟁점업계약서를 작성하게 된 경위는, 매매대금을 그 당시 주변 시세 등을 감안하여 쟁점거래가액으로 정하고 전세보증금 OOO백만원 및 기존 대출금 OOO백만원을 제외하면 OOO억원 정도의 자금이 추가로 필요한 상황이었는데, 양수인이 당시 보유하던 현금은 약 OOO억원에 불과하여 OOO억원이 부족하였으므로 나머지는 대출을 통해 마련하기로 하였으나, 금융기관에서 기존 대출금과 전세보증금으로 인하여 쟁점거래가액으로 거래하는 경우 추가 대출이 어렵다고 함에 따라 부득이 양도가액을 OOO억원으로 하여 추가대출금 OOO백만원을 차입하여 거래를 진행하게 되었다.(다) 거래 당시 쟁점주택 인근의 부동산 거래가액 등을 파악해 본 결과, 쟁점주택과 건축시기 및 규모 등이 유사한 주택의 거래가액은 OOO억원에서 OOO억원 사이에 대부분 형성되어 있었으므로, 그 범위 내에서 거래된 쟁점거래가액을 쟁점주택의 정상적인 시가로 볼 수 있다. 따라서 처분청이 쟁점주택의 시가를 추가 대출을 받기 위하여 작성된 쟁점업계약서에 터잡아 감정한 쟁점감정가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.(2) 청구인은 쟁점주택 1층을 상가로 사용하고 나머지 2층부터 4층까지는 주거용으로 사용하였으나, 옥탑방을 주거용으로 사용한 것에 대하여 대전광역시 유성구청장으로부터 시정조치를 받은 후 옥탑방을 폐쇄하고 이 건 매매거래를 진행하였다. 따라서 청구인은 쟁점주택 외에 다른 주택이 없는 1주택자이므로, 청구인이 옥탑방을 주거용으로 사용하여 쟁점주택을 다가구주택으로 인정받지 못한다고 하더라도 쟁점주택 중 401호의 면적(OOO㎡)에 대하여는 비과세를 적용함이 타당하다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 쟁점주택의 시가가 OOO억원 정도이므로 시세에 따라 거래한 쟁점거래가액(OOO만원)은 정상적인 시가에 해당하는 반면, 추가 대출을 목적으로 작성된 쟁점업계약서를 근거로 한 쟁점감정가액(OOO원)은 시가로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점감정가액은 평가기간 내 감정평가법인이 공정하게 심사하여 평가한 것이므로, 쟁점감정가액이 부당하게 평가되었다는 근거가 없는 한 세법상 적정한 시가로 볼 수 있는 반면, 청구인이 쟁점주택의 시가라고 주장하는 OOO억원을 시가로 볼 만한 근거는 없으며, 청구인도 쟁점업계약서를 작성할 때 주변시세 등을 감안하여 동 계약서를 작성한 것으로 보이므로 OOO억원과 유사한 쟁점감정가액을 쟁점주택의 시가로 봄이 타당하다.(2) 청구인은 1주택자이므로 쟁점주택 중 401호에 대하여는 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 비과세를 적용받지 아니하였을 경우의 산출세액(OOO원)이 쟁점업계약서상 거래가액(OOO억원)과 실지거래가액(OOO만원)과의 차액인 허위신고금액(OOO원)에 미달하므로 「소득세법」 제91조에 따라 비과세를 전부 배제함이 적법하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택의 양도가액을 쟁점감정가액으로 하고 1세대 1주택 비과세를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 소득세법제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제91조【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】① 제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다.② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우 : 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조 제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액제99조【기준시가의 산정】① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물라. 주택 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제18조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.제101조【양도소득의 부당행위계