모회사인 청구법인이 자본잠식상태의 완전자회사를 흡수합병하는 경우 소멸한 완전자회사의 주식 취득가액을 청구법인의 손금에 산입할수 있는지 여부

청구법인(모회사)과 쟁점피합병법인(자회사) 간의 무증자합병은 합병후 신주(자기주식)를 할당하여 보유하다가 소각한 자본거래의 경우와 그 실질이 동일하여, 쟁점피합병법인 주식이 대체되는 자산 없이 소멸되었다 하더라도, 이는 자본거래에 해당하여 피합병법인 주식 취득가액을 손금에 산입할 수 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1968년 9월에 설립되어 OOO 관련 제품을 생산·판매하는 법인으로, 청구법인이 생산하는 OOO 등의 판매 및 렌탈사업을 전문적으로 영위하기 위한 목적으로 2013년에 AA 주식회사(“쟁점피합병법인”이라 한다)를 설립하고, 2013년부터 2017년까지 출자 및 유상증자를 통해 쟁점피합병법인의 발행주식 전부를 OOO원에 취득하였다.나. 청구법인은 2018.9.1. 쟁점피합병법인을 (무증자)흡수합병하고, 자본잠식(자본총액 OOO원) 상태인 쟁점피합병법인의 주식 취득가액(OOO원)을 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금에 산입하여야 한다는 취지로 2024.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.5.29. 경정청구 거부통지를 하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점피합병법인의 설립 및 운영 경과는 다음과 같다.(가) 쟁점피합병법인은 아래 ＜표1＞과 같이 2013년 설립 이후 청구법인에 흡수합병된 2018년에 이르기까지 매년 매출 규모는 성장하였음에도 불구하고, 단 한 해도 당기순이익을 기록하지 못하였으며, 2013년부터 자본잠식 상태였다.＜표1＞ 쟁점피합병법인의 재무 현황(단위 : 억원)○○○(나) 청구법인은 쟁점피합병법인을 설립한 이후 흡수합병에 이르는 동안 쟁점피합병법인의 원활한 사업 진행을 위해 아래 ＜표2＞와 같이 계속적으로 자금을 투입하였다.＜표2＞ 청구법인의 쟁점피합병법인에 대한 자금집행 내역(단위 : 억원)○○○(다) 청구법인의 지속적인 자금 투입에도 불구하고, 쟁점피합병법인의 경영실적은 계속 부진하였고, 결국 청구법인은 청구법인의 영위 사업과 쟁점피합병법인의 영위 사업 간 시너지 창출 및 경영 효율화를 위한 목적으로, 자본잠식 상태인 쟁점피합병법인을 흡수합병하기로 결정하였다.(2) 쟁점피합병법인 주식 장부가액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금에 산입되어야 한다.(가) 「법인세법」상 별도로 규정한 것을 제외하고 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손실 또는 비용은 손금에 산입하는 것인바, 자회사가 자본잠식상태인 경우의 모자회사 간 무증자합병에 따라 쟁점피합병법인 주식이 소멸하여 발생한 비용(쟁점피합병법인 주식 세무상 장부가액)은 손금산입 대상이다.청구법인은 자본잠식상태인 쟁점피합병법인과의 합병으로 승계되는 자산보다 승계되는 부채가 더 많아, 청구법인의 순자산은 합병 승계로 인하여 오히려 감소하게 되어, 결과적으로 쟁점피합병법인 주식의 장부가액은 대체되는 자산 없이 실현(자산의 소멸)된 손익에 해당하는 것인바, 이는 「법인세법」상 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래에 해당한다.(나) 자본잠식상태인 자회사에 대한 모자회사 간 무증자합병은 해당 피합병법인의 주주 입장에서는 단순 해산과 동일한 측면이 있는바, 만약 모자회사 간 무증자합병을 하지 않고 자본잠식된 자회사를 청산하였다면, 분배받을 잔여재산이 없는 피합병법인의 주주 입장에서의 취득가액은 세법상 손금에 산입되는 것으로서, 「법인세법」상 무증자합병에 따른 손금산입을 배제하는 명문 규정을 두지 않았음을 고려할 때, 청구법인이 보유한 쟁점피합병법인 주식의 장부가액은 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다.(다) 기획재정부와 국세청의 유권해석에 따르면, 자본잠식상태인 기업의 무증자합병의 경우 피합병법인 주주의 취득가액은 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있는바(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29., 국세청 법인 46012-2392, 1999.6.25.), 이와 다른 사실관계(자본잠식상태가 아닌 일반적인 자회사의 무증자합병)를 전제로 한 유권해석(국세청 법인세과-315, 2010.3.31.)에 근거한 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.1) 자회사가 자본잠식상태인 경우의 무증자합병은 해당 피합병법인 주주 입장에서 단순 해산과 동일한 측면이 있으며, 만약 무증자합병을 하지 않고 자본잠식상태인 자회사를 청산하였다면, 피합병법인 주주 입장에서의 취득가액은 세법상 손금에 산입되는 것으로서 피합병법인 주주로서의 권리가 무증자합병으로 소멸되었다는 취지를 고려하여, 과거부터 기획재정부와 국세청은 자본잠식상태인 기업의 무증자합병의 경우 피합병법인 주주의 취득가액은 손금산입하는 것이라고 유권해석하여 왔다.2) 처분청은 국세청 유권해석(국세청 법인세과-315, 2010.3.31.)을 근거로 하여 경정청구 거부처분을 하였으나, 동 유권해석은 자본잠식상태가 아닌 자회사와의 무증자합병에 관한 유권해석으로, 완전자본잠식상태인 자회사와 무증자합병을 한 이 건에 적용할 수 없다.(3) 처분청 의견을 반박하면 다음과 같다.(가) 처분청은 법원 판례(서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결)를 근거로 하여, 이 건 거래가 손익거래가 아닌 자본거래에 해당한다는 의견을 제기하였으나, 이는 다음과 같은 이유에서 부당하다.1) 위 법원 판례는 피합병법인이 합병 직전 3개년간 계속하여 영업이익이 발생하고 자본잠식상태에 있지 아니한 사례에 대한 판례로, 설립 이후 계속 당기순손실이 발생하여 자본잠식상태에 있는 쟁점피합병법인을 흡수합병한 이 건과 사실관계가 상이하여 이 건에 원용할 수 없다.2) 또한, 위 법원 판례는 「상법」 개정 전에 발생한 합병 사례에 대한 판례로, 처분청 의견은 「상법」 개정의 의미와 취지를 고려하지 않은 것이다.구 「상법」(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 제523조는 합병계약서에 기재하여야 할 사항으로 완전모회사의 증가할 자본금과 자본준비금, 합병 당시에 발행하는 신주의 총수 등에 관한 사항을 정하고 있어, 이에 따르면 구 「상법」상 합병의 원칙적인 형태는 유증자합병이었다. 즉, 구「상법」 규정의 해석상 합병이란 합병계약에 따라 소멸회사의 주주가 존속회사의 주주권을 취득하는 것을 의미하는 것이었고, 교부금합병과 같이 소멸회사의 주주에게 주주권은 주지 아니하면서 그 밖의 대가만을 지급하는 형태의 합병은 허용되지 않는 것이었다.이후 「상법」은 2011년과 2015년 두 차례 개정되었는데, 개정된 「상법」(2015.12.1. 법률 제13523호로 개정된 것)은 제523조에서 아래 ＜표3＞과 같이 무증자합병을 합병계약의 원형이 되는 것으로 하면서, 소멸회사의 주주에게 주주권 대신 그 밖의 대가만을 지급하는 합병(교부금합병)도 허용되는 것으로 개정되었다.＜표3＞ 「상법」 제523조 개정 주요내용 구 「상법」 (2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것) 개정 「상법」 (2015.12.1. 법률 제13523호로 개정된 것) 합병할 회사의 일방이 합병후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 기재하여야 한다. 합병할 회사의 일방이 합병후 존속하는 경우에는 합병계약서에 다음의 사항을 적어야 한다. 2. 존속하는 회사의 증가할 자본과 준비금의 총액 2. 존속하는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항 3. 존속하는 회사가 합병당시에 발행하는 신주의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항 3. 존속하는 회사가 합병을 하면서 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수, 종류와 수 및 합병으로 인하여