의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2019∼2023사업연도 법인세 신고 시 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 손금불산입하였다.나. 이후 청구법인은 2025.3.24. 처분청에 2019∼2023사업연도에 신고한 쟁점부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에서 규정하는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지, 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 아니한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.29. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.29. 이의신청을 거쳐 2025.12.29. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무 불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 않으므로 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입되는 공과금에 해당하지 아니한다.(가) 「법인세법」 제21조 제4호에 따르면, 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금 또는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금은 손금불산입 대상이라고 규정하고 있다.(나) 한편, 장애인고용법 제28조에 따르면, 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고, 같은 법 제33조에는 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 장애인고용부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다.(다) 헌법재판소는 장애인고용부담금에 대하여 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동 각출금으로써, 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하기 위한 목적의 부담금, 즉 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 “유도적·조정적 (특별)부담금”의 성격이 강하다고 설시한바 있다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정).(라) 즉, 장애인고용부담금은 장애인고용법 상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용부담금은 “장애인 고용촉진 및 직업재활 기금”의 주된 재원으로서, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이라기보다 장애인 고용촉진이라는 공적 목표를 달성하기 위하여 사업자 간에 비용을 분담하기 위한 공과금으로 보는 것이 타당하다.(마) 더욱이 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우, 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있는바, 이러한 구조적 측면에서도 장애인고용부담금 그 자체를 장애인고용법에 따른 “제재로서 부과되는 부담금”으로 보기는 어렵다.(2) (구)「법인세법」에서는 내국법인이 납부하는 공과금에 대하여 원칙적으로 손금불산입 대상으로 규정하는 한편, 같은 법 시행령에서 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하였는데, 장애인고용부담금 또한 손금불산입 대상에서 제외되는 공과금으로 열거되었으나,헌법재판소는 (구)「법인세법」 규정에 대하여 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띄는 것이므로 공과금은 「법인세법」상 손금에 산입됨이 원칙이라고 보아 (구)「법인세법 시행령」이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거하는 방식으로 규정한 것을 위헌으로 판단하였고, 이후 법령 개정을 통하여 손금불산입대상 공과금의 범위를 현행 법령과 같은 방식으로 규정하게 되었다.이러한 세법 개정은 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 「법인세법」상 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방향으로 개정되었을 뿐, 과거에는 손금산입 대상으로 인정되던 공과금(장애인고용부담금 등)을 더 이상 손금산입 대상으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아닌바, 장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법취지는 현행 「법인세법」에서도 계속 유지되고 있다고 보아야 한다.(3) 관련 판례(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결)에 따르면, 장애인고용부담금은 부담금에 해당할 뿐, 이를 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없는바, 장애인 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동 갹출금이라 할 수 있으며, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적·조정적 (특별)부담금의 성격이 강하다고 판시하였다.나. 처분청 의견(1) 장애인고용부담금은 「법인세법」상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.(가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고, 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다.(나) 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 가산되고 있고, 특히 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하지 않도록 하고 있으므로 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격을 갖고 있음을 나타낸다.(다) 또한 장애인고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 아니하였을 때 국세 체납처분의 예에 따라 강제 징수할 수 있다(장애인고용법 제37조).(2) 장애인고용부담금은 「법인세법」상 손금불산입대상 공과금에 해당한다.(가) 장애인고용부담금은 장애인고용법 상 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있고,(나) 기획재정부 또한 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는바, 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.(다) 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우, 제도의 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적 달성을 저해할 우려 등을 감안할 때, 장애인고용부담금은 손금불산입 대상에 해당한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당되는지 여부나. 관련 법령(1) 법인세법(2024.12.31., 법률 제20613호로 개정되기 전의 것)제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포