장기주택저당차입금 이자상환액 공제 관련 주택 기준시가 질의(고시일에 취득한 주택의 기준시가 적용 방법)

사실관계 ○ ’22.4.29. 오전 아파트 잔금을 지급하여 취득 하면서 당해 아파트를 담보로 대출 실행하였으며 , 연말정산 시 장기주택저당차입금 이자 상환액 소득공제를 하였음 - ’22.4.29. 당해 아파트 의 공동주택가격이 5 억원 초과 되는 금액으로 공시 되었고 ’21 년 공시가액 은 5 억원 미만 인 걸로 확인되는데 , 취득일 에 고시 된 기준시가 를 적용 해 장기주택저당차입금 이자 상환액 공제 대상이 아니라는 답변을 들었음 질의내용 ○ ’22.4.29. 오전에 주택 양수도 거래를 완료한 납세자에게도 동일하게 ’22.4.29. 공시가격을 적용하여 공제를 배제하는 것인지 여부 관련법령 ○ 소득세법 제 52 조【특별소득공제】 ⑤ 근로소득이 있는 거주자로서 주택을 소유하지 아니하거나 1 주택을 보유한 세대의 세대주 ( 세대주가 이 항 , 제 4 항 및 「조세특례제한법」 제 87 조제 2 항에 따른 공제를 받지 아니하는 경우에는 세대의 구성원 중 근로소득이 있는 자를 말하며 , 대통령령으로 정하는 외국인을 포함한다 ) 가 취득 당시 제 99 조제 1 항 에 따른 주택 의 기준시가 가 5 억원 이하 인 주택을 취득하기 위하여 그 주택에 저당권을 설정하고 금융 회사 등 또는 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금으로부터 차입한 대통령령으로 정하는 장기주택저당차입금 ( 주택을 취득함으로써 승계받은 장기주택저당차입금을 포함하며 , 이하 이 항 및 제 6 항에서 " 장기주택저당차입금 " 이라 한다 ) 의 이자를 지급하였을 때에는 해당 과세기간에 지급한 이자 상환액을 다음 각 호의 기준에 따라 그 과세기간의 근로소득금액에서 공제한다 . … ○ 소득세법 제 99 조【기준시가의 산정】 ① 제 100 조 및 제 114 조제 7 항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다 . 1. 제 94 조제 1 항제 1 호에 따른 토지 또는 건물 라 . 주택 「 부동산 가격공시에 관한 법률 」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격 . 다만 , 공동주택가격의 경우에 같은 법 제 18 조 제 1 항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있 을 때에는 그 가격에 따르고 , 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다 . ○ 소득세법시행령 제 164 조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】 ③ 법 제 99 조제 1 항제 1 호 가목부터 라목 까지의 규정 을 적용 함에 있어서 새로운 기준시가 가 고시 되기 전 에 취득 또는 양도하는 경우 에는 직전 의 기준시가 에 의한다 . 관련예규·판례 ○ 서면 -2025- 원천 -4362(2025.12.11.) ○ 소득세법 집행기준 기준시가 ( 개별공시지가 ) 의 한계 : 토지의 기준시가인 개별공시지가는 공시일 당일부터 적용한다 . 회신문안 1. 항상 국세행정에 협조해 주셔서 감사드리며 , 귀하께서 ’25.11.12. 제출하신 서면질의사항에 대하여 다음과 같이 회신합니다 . 2. 소득세법 제 52 조 제 5 항 주택의 기준시가는 소득세법 제 99 조 제 1 항 제 1 호 라목 , 소득세법 시행령 제 164 조 제 3 항에 따라 , 아파트 취득일인 ’22.4.29. 에 새로운 기준시가가 고시되었으므로 , 동 아파트의 기준시가는 ’22.4.29. 고시된 기준시가를 적용합니다 .