선행판결에서 지적된 위법사항을 시정하여 종전 법인세 부과처분과 동일한 세목, 과세기간, 과세대상에 관한 재처분은 허용됨

사 건 의정부지방법원2024구합15126, 2025구합10545(병합) 법인세부과처분취소 원 고 1. 주식회사 BBBAA 2. BBB 피 고 ○○○세무서장 변 론 종 결 2025.09.02. 판 결 선 고 2025.11.04. 주 문 1. 원고들의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가, 2023. 4. 6. 원고 주식회사 BBBAA에 대하여 한 2011 사업연도 법인세324,849,550원, 2012 사업연도 법인세 195,869,550원, 2013 사업연도 법인세 98,952,250원, 2014 사업연도 법인세 118,518,430원, 2015 사업연도 법인세 27,211,500원의 각 부과처분 및 2023. 6. 1. 원고 BBB에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 102,662,950원, 2014 사업연도 법인세 122,962,860원, 2015 사업연도 법인세 28,231,920원의 각 부과처분을 모두 취소한다. 이 유 1. 기초사실 가. 원고들의 지위 1) 원고 주식회사 BBBAA(이하 ‘원고 법인’이라 한다)는 2008. 2. 18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ를 본점 소재지로 하여 도기타일 등 건축자재 판매업 등을 목적으로 설립되었다가 2017. 6. 14. 폐업한 주식회사이고, 원고 BBB는 원고 법인의 대표이사이다. 2) 원고 법인의 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 원고 BBB는 2013. 1. 4.부터 원고 법인의 2013 내지 2015 사업연도 법인세의 과세기간 동안 원고 법인의 발행주식 총수 4만 주(1주당 금액 5,000원, 자본금 합계 2억 원) 전부를 보유하고 있었다. 나. 최초 법인세 부과처분 1) ㅇㅇ지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 12. 5.부터 2017. 3. 17.까지 원고 법인에 대한 법인통합조사(조사대상기간: 2011. 1. 1. ~ 2016. 12. 31., 이하 ‘이사건 조사’라 한다)를 실시하였다. 2) 조사청은 이 사건 조사 결과, 원고 법인이 원고 BBB와 aaa, bbb, ccc, ddd 명의의 5개 계좌(이하 ’이 사건 차명계좌‘라 한다) 및 aaa, bbb 명의의 3개 계좌(이하 ‘이 사건 별개 계좌’라 한다), 합계 8개 계좌를 차명계좌로 사용하여 공급가액 합계 12,287,129,620원 상당의 매출대금(이하 ‘이 사건 매출누락금액’이라 한다) 및 2,040,633,891원 상당의 매입대금(이하 ‘이 사건 매입누락금액’이라 한다)을 수수하였음에도 이와 관련된 세금계산서를 발급․수취하지 않았다고 판단한 뒤, 피고에게 그 과세자료를 통보하였다. 3) 피고는 이 사건 매출누락금액에 비추어 원고 법인의 수입금액 허위기장률이 평균 42%에 달하고, 이 사건 매출누락금액과 매입누락금액을 반영하여 산정한 원고 법인의 소득률이 평균 36.2%인데 기타 건축자재 도소매업의 업종별 평균소득률인 7.8%에 비추어 지나치게 높다는 이유로, 원고 법인이 이 사건 조사 당시 제출한 장부나 그밖의 증명서류의 중요한 부분이 미비되었거나 또는 허위인 경우에 해당한다고 판단하였다. 피고는 법인세법 제66조 제3항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제2항 제1호에 따라 원고 법인의 소득금액을 추계방법으로 산정한 뒤, 이에 근거하여 2017. 4. 6. 원고 법인에 2011 내지 2015 사업연도 법인세 2,547,087,500원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘최초법인세 부과처분’이라 한다). 4) 한편, 원고 BBB는 이 사건 조사과정에서 이 사건 매출누락금액이 모두 원고 법인의 매출누락금액임을 시인하였다. 5) 원고 법인은 2017. 6. 9. 최초 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 17. 원고 법인의 위 심판청구를 기각하였다. 다. 관련 형사사건의 경과 1) 조사청은 2017. 4. 14. 의정부지방검찰청 고양지청장에게 원고 BBB가 이 사건 매출누락금액 및 매입누락금액에 대하여 세금계산서를 미발급․미수취하여 법인세를 포탈하였다는 취지로 고발하였다가, 2017. 12. 8. BBB가 부가가치세 관련 매출누락금액에 관하여 거짓으로 기재한 세금계산서합계표를 제출하였다는 취지의 추가고발서를 제출하였다. 2) 원고 BBB에 대한 위 고발사건을 수사한 담당검사는 2017. 12. 19. 2011 사업연도 법인세 포탈 부분, 2011. 1. 1.부터 2012. 6. 30.까지 사이의 세금계산서 미발급․미수취 부분 및 2012. 4. 25., 2012. 7. 25. 및 2012. 10. 25. 거짓 매출처․매입처별세금계산서합계표 제출 부분은 공소시효가 지났다는 이유로 각 공소권 없음의 불기소처분을 하였고, 2012 내지 2015 사업연도 법인세 포탈 부분은 원고 BBB가 조사청의 이 사건 조사에 불성실하게 대응하여 조세의 부과․징수를 현저히 곤란하게 하였다고 단정하기 어렵다는 이유로, 2012년 제2기 무렵부터 2016년 제2기 무렵까지 사이의 세금계산서 미발급․미수취 부분은 피의사실이 구체적으로 특정되었다고 볼 수 없다는 이유로 각 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다. 3) 2013. 1. 25.부터 2017. 1. 19.까지 사이의 거짓 매출처․매입처별세금계산서합계표 제출로 인한 조세범처벌법위반의 공소사실로 기소된 원고 BBB는 형사소송 과정에서 그 공소사실을 모두 자백하였고, 법원은 2018. 4. 12. 이를 모두 유죄로 판결하였다(의정부지방법원 고양지원 2017고단3705호). 위 유죄판결(이하 ‘관련 형사판결’이라한다)은 2018. 4. 20. 그대로 확정되었다. 라. 관련 행정소송의 경과 1) 원고 법인은 의정부지방법원 2019구합10165호로 피고를 상대로 최초 법인세 부과처분 등의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 2) 위 법원은 2021. 2. 9. 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증명서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것인데, 원고 법인이 최초 과세처분의 과세대상기간에 관하여 수기 및 전산장부 을 제4 내지 8호증(각 가지번호 포함) 월별판매현황, 이하 ‘이 사건 각 장부’라 한다 를 작성‧관리하였고, 이 사건 조사 당시에도 이 사건 각 장부를 비치‧보관하였던 점, 소송과정에서 이 사건 각 장부가 제출되었고, 피고도 위 전산 장부에 원고 법인의 거래내역이 모두 기재되어 있다고 인정한 점, 이 사건 각 장부는 실지조사를 위한 적법한 자료가 아니라고 볼 수 없고, 이 사건 조사 과정에서 확보한 자료들과 이 사건 각 장부를 더하여 원고 법인의 실제 소득금액을 계산할 수 없다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 추계의 방법으로 이루어진 최초 법인세 부과처분은 위법하므로 모두 취소하는 등의 판결을 선고하였다. 3) 원고 법인과 피고는 위 제1심판결에 대하여 항소하였다(서울고등법원 2021누37535호). 4) 피고는 위 항소심 소송 계속 중인 2022. 1. 11. 소송 과정에서 주장한 각 정당세액을 반영하고, 법인세 부정과소신고 가산세 및 부가가가치세 부당과소신고 가산세 대신 일반과소신고 가산세를 부과하겠다며, 최초 법인세 부과처분 중 일부를 직권 취소하여 그만큼 감액 경정하는 취지의 처분을 원고 법인에 고지하였다(이와 같은 감액경정 후 남은 최초 법인세 부과처분의 부과세액은 별지1 표 해당 ‘잔존 세액’란 기재금액과 같다. 이하 위와 같은 과정을 거쳐 남은 법인세 부과처분을 ‘종전 법인세 부과처분’이라 한다). 5) 위 항소심 법원은 2022. 4. 5. (1) 피고가 직권 감액 경정한 세액 부분에 관한취소를 구하는 소는 법률상 이익이 없어 부적법하므로 각하하고, (2) 종전 법인세 부과처분 부분은 추계의 방법으로 소득금액을 결정할 요건을 갖추지 못하였음에도 추계에 의한 처분을 한 잘못이 있음을 이유로 취소하는 등의 판결을 선고하였다. 6) 피고는 위 항소심판결에 대하여 상고하였으나(대법원 2022두414171호), 2022. 9. 1. 위 상고가 기각되어 위 항소심 판결(이하 위 판결을 ‘선행판결’이라 한다)이 그대로 확정되었다(이하 위 행정소송을 ‘선행소송’이라 한다). 마. 피고의 원고들에 대한 법인세 부과처분 등 1) 인천지방국세청장은 2023. 1. 12. 선행판결에 따른 재고지를 원인으로 하여 원고 법인에게 2011 내지 2015 사업연도 법인세 합계 765,401,332원을 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였고, 이에 대하여 원고 법인이 과세전적부심사를 청구하였으나, 인천지방국세청은 2023. 3. 29. 원고 법인의 위 청구에 대하여 불채택 결정을 하였다. 2) 피고는 2023. 4. 6. 원고 법인에 2011 사업연도 법인세 324,849,550원, 2012 사업연도 법인세 195,869,550원, 2013 사업연도 법인세 98,952,250원, 2014 사업연도 법인세 118,518,430원, 2015 사업연도 법인세 27,211,500원의 합계 765,401,280원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 재처분’이라 하고, 위 재처분 중 2013 내지 2015 사업연도 법인세 합계액을 ‘이 사건 체납액’이라 한다). 3) 원고 법인은 이 사건 재처분의 납부기한인 2023. 4. 30.까지 이 사건 체납액을 납부하지 않았고, 피고는 원고 법인의 재산으로는 이 사건 체납액 및 체납처분비(강제징수비)를 충당하기에 부족하다고 판단하여 원고 BBB를 국세기본법에 따른 제2차 납세의무자(과점주주)로 지정한 후 2023. 6. 1. 원고 BBB에게 2013 사업연도 법인세102,662,950원, 2014 사업연도 법인세 122,962,860원, 2015 사업연도 법인세28,231,920원의 합계 274,043,830원을 부과(이하 ‘이 사건 2차 납세처분’이라 한다)하였다. 4) 원고 법인은 이 사건 재처분에, 원고 BBB는 이 사건 2차 납세처분에 각 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은, 2024. 5. 16. 원고 법인의 위 심판청구를, 2024. 11. 13. 원고 BBB의 위 심판청구를 각 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 13 내지 20호증, 을 제1 내지 10호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고들의 주장 가. 원고 법인의 주장 이 사건 재처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다. 1) 이 사건 재처분 중 원고 법인에 대한 2011 사업연도 법인세의 부과제척기간은2012. 4. 1.부터 2017. 3. 31.까지임에도 피고는 이를 도과한 2017. 4. 6. 원고에 대하여 최초 법인세 부과처분을 하였으므로, 최초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 법인세 부분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 당연무효의 처분이고, 이를 전제로 한 이 사건 재처분 중 2011 사업연도 법인세 부분 역시도 당연무효이다. 2) 피고는 선행판결 확정 이후 새로운 과세자료인 이 사건 각 장부 등에 따라 소득금액을 산정한 후 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간을 적용하여 이 사건 재처분을 하였으나, 위와 같이 새로운 과세자료에 따라 과세표준인 소득금액 자체를 새롭게 산정하는 것은 위 규정이 정한 ‘그 밖에 필요한 처분’에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 재처분에는 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간이 적용될 수 없으므로, 이 사건 재처분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 당연무효의 처분이다. 3) 이 사건 재처분은 새로운 과세자료인 이 사건 각 장부 등에 따라 소득금액을 산정한 후 부과된 것이므로, 실질적으로 중복세무조사에 해당한다. 4) 피고는 선행소송에서 이 사건 각 장부는 소득금액을 계산할 수 있는 자료가 아니라는 취지로 주장하였음에도 불구하고, 이 사건 재처분 당시