① 쟁점①토지가 공장용 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상에 해당하는지 여부② 쟁점②토지가 공장입지기준면적 범위의 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상 토지에 해당하는지 여부

쟁점①·②토지를 공장용 건축물의 부속토지로 인정하지 않아 이를 종합합산과세대상 토지로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨. 중부세무서장이 2025.3.5. 청구법인에게 한 2019∼2023년 귀속 종합부동산세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.처분청이 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 보유한 토지에 대하여 종합합산과세대상 토지로 2019∼2023년 귀속 종합부동산세를 결정·고지를 하자, 청구법인은 ＜표1＞ 기재 토지 중 부산광역시 해운대구 OOO 토지(이하 2필지 토지를 합하여 “쟁점①토지”라 한다)가 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호에 따라 광역시 소재 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 공업지역 외 지역 내 공장용 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상 토지에 해당하고, 부산광역시 해운대구OOO 외 3필지(이하 “쟁점②토지”라 한다)의 경우 「지방세법」제106조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에 따라 공장입지기준면적 범위의 공장용지로서 분리과세대상 토지에 해당하므로 고지된 2019∼2023년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 환급해달라는 취지로 2024.12.11. 처분청에 경정청구를 제기하였다.＜표1＞ 청구법인 보유 쟁점①·②토지 상세내역○○○나.처분청은 쟁점①·②토지 관할 지방자치단체장이 쟁점①·②토지 모두 종합합산과세대상 토지에 해당하는 것으로 보아 재산세를 부과하였으므로 청구법인의 주장과 같이 쟁점①·②토지가 별도합산과세대상 토지 및 분리과세대상 토지에 해당하지 않는 것으로 보아, 2025.3.5. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.5.27. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점①토지는「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호에 따라 공장용 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상 토지에 해당한다.(가) 「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호는 공장용지 중 광역시에 소재한 공장용 건축물의 부속토지의 경우 공장용 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지에 대하여 별도합산과세대상 토지로 규정하고 있다.(나) 쟁점①토지는 모두 지목이 답이나 사실상 현황이 공장용지로서 위 규정에 따라 별도합산과세대상 토지에 해당한다.1) 쟁점①토지 중 부산광역시 해운대구 OOO 토지의 경우 토지 지상에 생산을 위한 기계설비가 설치된 공장 건축물이 소재하고 있고, 연접한 공장용지와 함께 하나의 울타리 내에 소재한 1구의 토지로서 공장 외부와 명백하게 분리된 공장용지에 해당한다.2) 쟁점①토지 중 부산광역시 해운대구 OOO 토지의 경우 공장 내부 차량 통행로 및 배수구가 소재하고 있고, 연접한 공장용지와 함께 하나의 울타리 내에 소재한 1구의 토지로서 공장 외부와 명백하게 분리된 공장용지에 해당한다.(다) 결국 쟁점①토지는 1구의 공장용지 내의 공장용지로 사용되어 왔으며, 연접한 공장용지 등 공장 울타리 내 전체 공장용 건축물의 부속토지 면적(199,115㎡)이 전체 공장 건축물의 바닥면적(81,473.36㎡)의 용도지역별 적용배율(도시지역 내 일반주거지역의 적용배율 4배)을 적용하여 산정한 면적 이내에 해당하므로,「지방세법」제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호에 따라 공장용 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상 토지에 해당한다.(라) 한편 처분청은 쟁점①토지 소재 건축물대장이 확인되지 않아, 공장용 건축물의 부속토지로 인정할 수 있는 객관적인 증빙자료가 확인되지 않고, 쟁점①토지의 지상 건축물이 무허가 건축물인 것으로 보여 쟁점①토지에 대하여「지방세법 시행령」제101조 제1항 단서에 따라 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.1) 건축물의 부속토지 해당 여부는 토지의 사용 현황, 경제적 일체성 등을 고려하여 판단하여야 할 것이지 공부상 기재 여부와는 무관하다고 할 것인바(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312 판결, 같은 뜻임), 쟁점①토지 지상에 소재한 공장용 건축물의 경우 적법하게 건축허가를 받아 건축되어 건축물대장상 등재된 건물로, 쟁점①토지가 해당 건물의 부속토지로서 사용되고 있다는 점이 확인되며, 처분청이 쟁점①토지 지상에 소재한 공장용 건축물에 대하여「건축법」등에 따른 허가받지 아니한 건축물이라는 점에 대해 객관적인 증빙자료를 제출하지 못한 이상 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.2) 또한 조세심판원은 건축물의 주차장으로 사용하기 위하여 토지를 추가로 취득하였으나, 주차장을 건물 부속토지로 등록하지 아니한 사례에서 사실상의 현황에 따라 주차장을 건물의 부속토지로 결정(조심2024지751, 2025.5.20.)하였는바, 쟁점①토지의 경우에도 위 결정과 동일하게 판단되어야 한다.(2) 쟁점②토지는「지방세법」제106조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에 따라 공장용지로서 분리과세대상 토지에 해당한다.(가) 「지방세법」제106조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역 내 소재한 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위 내의 토지는 분리과세대상 토지로 규정하고 있다.(나) 쟁점②토지는 청구법인이 보유한 다른 연접 공장용지와 함께「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역 내 소재한 토지로서 울타리 등을 통해 공장 경계구역 밖의 토지와 명백히 구분된 공장용 건축물의 부속토지로서 위 규정에 따라 분리과세대상 토지에 해당한다.1) 대법원은 공장용 건축물 부속토지에 해당하는지 여부에 있어서 토지와 공장 간 거리, 토지의 용도, 지상 건축물의 실제 기능 및 관리현황 등 사실관계를 종합하여 실제 공장과 유기적인 공장구역을 이루고 있는 경우 공장용 건축물 부속토지에 해당한다고 판결(대법원 2001.11.13. 선고 2000두3740 판결)하였고, 조세심판원도 건축물의 부속토지에 대하여 공부상이나 건축허가상 건축물의 부지로 되어 있는 토지를 말하는 것이 아니라 당해 건축물과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 건축물 용도에 따른 토지의 객관적 이용현황에 따라 결정되는 것이므로, 건축물과 유기적인 관계가 있다면 1구의 건축물의 부속토지로 인정되는 것이 타당하다고 결정(조심 2014지170, 2015.3.5.)하였다.2) 처분청은 쟁점②토지가 공장 울타리 밖에 소재한 토지로서 공장용 건축물의 부속토지에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점②토지는 연접한 토지에 소재한 공장의 입구에 위치한 토지로서 공장 관계자 외 주차를 금지한다는 내용을 고지하여 공장 소속 임직원 및 방문객만을 위한 주차장으로 사용되었고, 청구법인이 쟁점②토지와 공장 입구로 이어지는 보행로에 조명등을 설치하는 등 공장 이용자들의 편의를 위한 용지로서 공장과 유기적·경제적 일체를 이루고 있는 토지임이 확인되는바, 공장용 건축물의 부속토지에 해당한다 할 것이다.(다) 쟁점②토지의 경우 연접한 공장용지 등 전체 공장용 건축물의 부속토지 면적(199,115㎡)이 「지방세법 시행규칙」제50조에 따른 공장입지기준면적(748,881.98㎡) 이내이므로 「지방세법」제106조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에 따라 공장용 건축물의 부속토지로서 분리과세대상 토지에 해당한다.(3) 한편 처분청은 종합부동산세가 재산세의 후행세목으로서 쟁점①·②토지에 대한 재산세 부과처분의 경정이 없는 이상 이 건 경정청구를 받아들일 수 없다는 의견이나, 종합부동산세는 재산세의 부가세목이 아닌 독립세목으로서 종합부동산세 및 재산세 과세대상 물건이 같은 것이라고 하더라도 과세권자, 과세표준, 납세의무자, 세율 및 과세방법 등을 달리하는 별개의 처분을 하여야 하는 것이므로 재산세 경정여부와 무관하게 종합부동산세를 경정할 수 있다고 할 것이므로 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점①·②토지가 종합합산과세대상 토지에 해당하지 않는 이상 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법·부당하다.나. 처분청 의견(1) 쟁점①토지는 2019∼2023년 귀속 재산세 부과시 종합합산과세대상 토지로서 과세된 이상 이를 별도합산과세대상 토지에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.(가) 쟁점①토지의 관할 지방자치단체장은 쟁점①토