쟁점특허권의 정상가격을 쟁점평가액으로 보아 과세한 처분의 당부 등

특허법인은 삼원계 배터리 사업을 전제로 한 예상매출액을 기초로 쟁점평가액을 산정한 것으로 보이나, 실제 중국 내에서 리튬인산철 배터리가 주력이 됨에 따라 쟁점특허권 활용사업의 실현가능성이 현저히 낮아진 것으로 보이고, 산출된 정상가격이 적법하다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다고 보아야 할 것이나 처분청은 쟁점평가액 산정의 기초가 된 사업계획, 경제적 편익 발생가능성 등에 대한 충분한 검토와 입증 없이 쟁점평가액을 정상가격 산정의 근거로 인정한 것으로 보이는 바, 정상가격 산정에 대한 입증책임을 다한 것으로 보기 어려워, 미래현금흐름의 산정 근거 등을 재조사하는 것이 타당함 1. 삼성세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원 및 2022사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 청구법인이 2020.1.21. 취득한 27종 특허권 중 OOO 및 OOO 실용신안권 2종을 제외한 25종의 특허권과 관련하여 특허법인 A에서 작성한 기술가치 평가보고서상 예상매출액에 대한 산정근거와 적정성을 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.2. 삼성세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 2023사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인으로부터 2023.6.9. 청구법인과 B Co., Ltd. 간 체결된 OOO 구매계약과 관련하여 공급받은 물품 내역 및 판매 자료를 제출받아 그 내용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.3. 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2018.12.20. 설립하여 화학제품 도·소매업을 영위하는 법인으로 2020.1.21. 주식회사 C(이하 “C지”라 한다)에 대한 파산선고에 따른 C 보유 특허권 매각입찰에 단독입찰하여 OOO 관련 특허권 27종을 20백만원(이하 “쟁점경매가격”이라 한다)에 매입하였다(이하 “비교대상거래”라 한다).(1) 청구법인은 2020년 3월 특허법인 A(이하 “A”라 한다)에 위 특허권 27종 중 OOO 및 OOO 2종을 제외한 25종의 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)에 대한 평가를 의뢰하여 평가액이 OOO백만원(이하 “쟁점평가액”이라 한다)이라는 내용의 기술가치평가 보고서를 제공받았다.(2) 이후 청구법인은 2020년 9월 청구법인의 지분을 100% 보유한 홍콩법인 D(이하 “D”이라 한다)에 쟁점특허권을 미화 OOO달러(약 OOO백만원, 이하 “쟁점양도가액”이라 한다)에 양도하였고(이하 “쟁점양도거래”라 한다),D은 2020년 10월 E Co., Ltd.(이하 “E”이라 한다.)에 지분율 67.5%로 출자하면서 납입금액 중 일부를 쟁점특허권으로 중국화폐 OOO 위안(약 OOO백만원)에 현물출자하였으며,E은 2020년 12월 B Co., Ltd.(이하 “B”이라 한다)에 쟁점특허권을 다시 같은 가액에 현물출자하면서 지분 85.5%를 보유하게 되었다.나. 한편, 청구법인은 B에 리튬인산철배터리 구매를 위한 선급금 명목으로 2023.5.22., 2023.6.13. 총 OOO백만원(이하 “쟁점선급금”이라 한다)을 지급하였다.다. 또한, 청구법인은 2023.6.1. 사채업자로부터 OOO백만원(송금자 ‘F’)을 차입하였고, 2023.6.1. ‘G’에게 송금한 OOO백만원을 대여금으로, 2023.5.31. 수표로 인출한 OOO백만원(‘G’에게 송금한 OOO백만원과 합하여 이하 “쟁점선이자”라 한다) 이자비용으로 각 회계처리하였다.라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.31.부터 2025.2.14.까지 청구법인의 2019∼2023 각 사업연도 법인통합조사를 실시하여 ① 쟁점특허권의 정상가격을 쟁점평가액으로 보아 쟁점양도가액과의 차액 OOO백만원을 익금산입하고, ② 쟁점 선급금을 사실상 대여금으로 보아 OOO백만원의 정상이자를 익금산입하고, ③ 쟁점선이자를 채권자 불분명 사채이자로 보아 대여금으로 계상한 OOO백만원을 손금에 산입한 후, OOO백만원을 손금불산입하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고 처분청은 2025.6.9. 청구법인에 2020사업연도 법인세 OOO원, 2022사업연도 법인세 OOO원, 2023사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점평가액을 정상가격으로 하여 과세한 처분은 위법하다.(가) 2020.6.9. 법률 제17339호로 개정된「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)에서 국외특수관계인과의 무형자산 거래에 있어서는 비교가능 제3자 거래방법 또는 이익분할방법을 우선적으로 적용하도록 규정하고 있으며, 쟁점경매가격은 비교가능 제3자 거래가격이므로 정상가격에 해당한다. 또한, 쟁점평가액은 감정평가법인의 감정가액이 아닌 현재가치할인법에 따라 산출된 금액으로서, 비교가능 제3자 거래가격이 있으므로 후순위에 해당한다.정상가격이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용하거나 적용할 것으로 판단되는 가격으로서, 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 국조법 제5조 제1항 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 하여야 하되, 제6호의 방법(그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 합리적이라고 인정되는 방법)은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용하여야 한다.한편, 국조법 시행령 제6조의3 제4항에서는 거주자와 국외특수관계인 간의 무형자산거래에 대한 정상가격 산출방법은 제5조 제1항에서 정한 기준을 고려하여 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선적으로 적용하여야 한다고 규정하고 있으며, 위 방법을 적용할 수 없는 경우 다른 방법을 적용하되 국조법 제8조 제1항 제6호를 적용할 때에는 해당 무형자산의 사용으로 창출할 수 있는 미래의 현금흐름 예상액을 현재가치로 할인하는 방법에 따르도록 하고 있다.따라서, 국외특수관계자 간 무형자산 거래에 있어 정상가격을 산출할 때에는 비교가능 제3자 가격방법 또는 이익분할방법을 우선 적용하되, 위 방법 또는 다른 방법의 적용이 불가한 경우에 한해서만 국조법 제8조 제1항 제6호 기타 합리적인 방법(미래의 현금흐름 예상액을 현재가치로 할인하는 방법, 이하 ‘현재가치할인법’)을 적용하여야 한다.(나) 쟁점특허권은 청구법인이 2020년 1월 대법원 공고게시판에 게시된 C 지적재산권 매각공고를 보고 제5회차 경매 입찰에 참가신청을 한 후 최종적으로 법원 허가를 받아 취득한 것으로서, 쟁점경매가격은 공개시장을 통해 제3자인 C로부터 취득한 가격이다.또한, 경매가격은 국조법 시행령 제5조 및 집행기준 8-5-1에서 정한 제3자 가격방법을 적용시 고려사항을 충족하므로 비교가능 제3자 가격방법에 따른 정상가격에 해당한다.＜국조법 집행기준 8-5-1에 따른 비교가능 제3자 거래방법 고려사항＞ 고려사항 쟁점특허권 거래 제품의 동일성 특허권 27종 중 디자인권 2종을 제외한 25종의 양도, 제외된 2종은 디자인 관련 실용신안에 관한 것으로서 이전할 필요가 없어 제외된 것임 거래시기의 동일성 경매는 2020년 1월이며, 쟁점특허권 거래는 2020년 9월로 크게 차이나지 않음 거래시장의 동일성 경매는 국내거래이지만 대법원은 국내거래도 비교대상거래가 될 수 있다는 입장(대법원 2011.10.13. 선고, 2009두15357 판결)이며, 특허권 자체가 한국 내 등록 특허권으로 한국시장에서만 특허의 효력이 있음을 고려할 때 거래시장이 동일함 거래조건의 동일성 특허권 전부이전등록을 조건으로 한다는 점에서 동일 공개시장거래가격이 있는 경우 이를 바탕으로 정상가격 산출 경매가격은 전형적인 공개시장거래가격에 해당함( 「상속세 및 증여세법」 제60조 제2항 등에 따르면 경매가격을 시가로 간주) (다) 한편, 특허법인이 산정한 쟁점평가액은 현재가치할인법을 적용하였는데, 현재가치할인법은 비교가능 제3자 거래방법으로 산정한 가격이 있는 경우 고려할 필요가 없는 후순위방법에 해당하므로 쟁점 평가액은 정상가격 산정 시 고려대상이 아니다.또한, 특허법인은 감정평가법인에 해당하지 않아 쟁점평가액은 감정평가법인의 감정평가액에도 해당되지 않으므로, 비교가능 제3자 가격으로도 볼 수 없다.(라) 처분청이 쟁점특허권의 정상가격 산정시 현재가치할인법을 적용한다 하더라도 쟁점특허권은 국조법 시행령 제6조의3 제6항 각 호의 요건을 모