제척기간이 경과된 과세기간에 발생한 쟁점금액이 이월결손금 공제 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

소득세법 제45조 제3항 단서조항에는 ‘국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간에 확인된 이월결손금을 공제하지 아니한다’고 규정되어 있어 공제할 수 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 서울특별시 종로구 OOO(이하 “쟁점부동산①”이라 한다)과 같은 동 OOO(이하 “쟁점부동산②”라 하고, 쟁점부동산①과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에서 부동산업을 영위하는 개인사업자로,2015.7.29. 쟁점부동산①이 법원 경매(OOO)로 매각된 후, 청구인은 양도가액과 취득가액을 동일한 금액으로 하여 양도차익이 없는 것으로 2015년 귀속 양도소득세를 신고하는 한편, 2015년 귀속 종합소득세는 부동산임대업의 사업소득으로 수입금액은 OOO원, 이자비용을 필요경비로 계상하여 소득금액을 OOO원으로 신고(결손)하였고, 2016년 귀속 종합소득세는 당기순손실 OOO원으로 재무제표를 제출하였으나, 수입금액·필요경비·소득금액을 모두 OOO원으로 하여 기한후신고 하였다.나. 처분청은 2016.9.30.부터 2016.12.18.까지 쟁점부동산①의 양도에 대한 양도소득세 조사한 결과, 쟁점부동산①의 양도소득을 부동산매매업의 사업소득으로 보아 양도소득세 과세를 제외하고 취득가액 등 증빙 미비로 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율로 추계결정하였다.다. 한편, 청구인은 2023년 귀속 종합소득세를 신고하였다가, 2024.11.28. 수정신고(결정세액 OOO원, 기납부세액 OOO원, 추가납부할세액 OOO원)를 하였으나, 이를 납부를 하지 아니하였고, 이에 처분청은 2024.12.6. 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 무납부고지 하였다.라. 청구인은 2025.5.20. 처분청에 2023년 귀속 종합소득세 신고 시 2015년 결손금 OOO원(이하 “쟁점결손금①”이라 한다)과 2016년 당기순손실 OOO원(이하 “쟁점결손금②”라 하고, 쟁점결손금①과 합하여 “쟁점결손금”이라 한다)을 이월결손금으로 반영하지 아니하였으므로 이를 공제하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.10.1. 쟁점결손금은 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 공제가능한 이월결손금에 해당하지 아니한다고 보아 이를 거부하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2025.10.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 2006년부터 쟁점부동산에서 부동산건설을 하였고, 2015.12.31. 표준재무제표 상 건설자금에 대한 이자 손실 OOO원을 신고하였다.(2) 2015년 7월 쟁점부동산①이 법원 경매로 매각되어 법원경매명세표상 OOO원 손실이 발생하였으나, 세무사가 이를 신고하지 아니하였다.(3) 처분청은 쟁점부동산①의 양도와 관련하여 2016년 8월 청구인에게 양도소득세 OOO원의 과세예고를 하였고, 청구인은 실제 손실을 반영하기 위해 2016.9.30. 세무신고 자료를 바탕으로 양도소득에서 사업소득으로 변경하려 하였으나, 처분청은 사업소득으로 변경하기 위해서는 부동산건설공급(분양판매업)을 추가해야 한다고 회유하며, 세무지식이 없는 납세자를 기망하여 업종을 추가하게 만들었다.(4) 처분청은 2016.11.2. 세목변경신고서를 정식 수리하였음에도 불과 27일 뒤인 당초 세목변경을 신청한 부동산 점포임대업을 제외하고, 2016.11.29. 실적이 전혀 없는 신규 ‘부동산매매업’을 근거로 추계결정하였으며, 2023년 귀속 종합소득세는 OOO원을 부과하였다.(5) 이후 청구인은 2015년 12월 위의 세금을 납부하기 위해 대출을 받았고, 대출금과 이자손실이 축적되어 손실이 발생하여 급기야 대출금을 감당 못해 부도가 나 결국 2023.10.17. 제2차 경매에서 OOO원의 손실이 추가 발생하였다.즉, 총 손실은 임대손실 OOO원, 1차 경매손실 OOO원, 종합소득세 OOO원, 2차 경매손실 OOO원의 합계 OOO원의 손실이 발생하였다. 부당하게 추계로 부과된 세금을 내느라 쟁점부동산을 헐값으로 매각하지 아니해도 될 OOO원 건물을 OOO원에 매각하는 순손실을 입었다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 2010.4.14. 쟁점부동산을 신축하여 2011.11.11. 근린생활시설 및 산후조리원으로 사용승인을 받았다.(가) 청구인은 2010.11.1. 쟁점부동산에 주업종을 부동산업(점포임대)으로 사업자등록을 하였고, 2011.3.17. 서비스업(산후조리원)을 부업종으로 등록하였다.(나) 청구인은 2011.6.2.∼2011.12.6. A에서 쟁점부동산을 담보로 총 6회에 걸쳐 OOO원(이하 “쟁점차입금①”이라 한다)을 차입하였으나, 기한 내 원리금을 상환하지 못하였고, B(A 채권인수자)는 쟁점부동산에 대한 담보권을 실행하여 임의경매(OOO)를 통해 2015.7.29. 쟁점부동산①을 제3자에게 OOO원에 매각하였다.(다) 이에 따라 청구인은 2015.9.30. 쟁점부동산①의 양도가액과 취득가액을 동일하게 하여 양도차익이 없는 것으로 2015년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 2015년 귀속 종합소득세 신고 시 경매로 변제한 이자비용 OOO원을 필요경비로 계상하고 부동산임대업의 사업소득 OOO원을 결손(쟁점결손금①)으로 신고하였다.(라) 처분청은 2016.9.30.부터 2016.12.18.까지 쟁점부동산①의 양도에 대하여 조사를 하였고, 이에 청구인은 쟁점부동산①의 경매가 부동산매매업자의 사업행위임을 주장하며 2016.11.1. 주업종을 부동산 건설공급, 분양판매업으로 사업자등록 정정신고를 하였으며, 이에 따라 처분청은 양도소득세 과세를 제외하고 해당 소득을 부동산매매업자의 사업소득으로 추계결정(단순경비율)하였다.(마) 청구인은 쟁점부동산①의 경매로 쟁점차입금①을 상환하였고, 이후 쟁점부동산②를 담보로 A으로부터 2016.1.13. 및 2016.2.29. 각각 OOO원씩(총 OOO원) 신규로 차입하였다.2016.12.21. C로부터 OOO원을 차입(이하 “쟁점차입금②”라 한다)하여 A 대출 OOO원을 상환하였고, 2017.8.13. 2016년 귀속 종합소득세 기한후신고 시 세법상 소득금액 및 필요경비를 모두 “OOO원”으로 신고하였다.(2) 청구인은 쟁점결손금을 2023년 귀속 종합소득세 신고시 공제하여달라고 주장하나,(가) 쟁점결손금①은 2023년 귀속 종합소득세 계산시 이월결손금으로 공제할 수 없다.1) 처분청은 쟁점부동산①의 양도와 관련하여 부동산매매업자의 사업소득으로 보아 2015년 귀속 종합소득세를 단순경비율에 의해 추계결정(수입금액의 83.1%를 필요경비로 인정함)하였고, 이에 대하여 청구인은 이를 납부하였으며, 이에 대하여 불복을 제기한 바 없다.2) 청구주장과 같이 쟁점결손금①이 부동산임대업에서 발생한 결손금으로 보더라도 「소득세법」 제45조 제3항 제2호에 따라 부동산임대업에서 발생한 결손금은 부동산임대업의 소득금액에서만 공제가능한 바, 2023년 귀속 부동산임대업 외의 사업소득 및 기타소득에서 공제할 수는 없다.(나) 쟁점결손금② 또한 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 이월결손금으로 공제할 수 없다.1) 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 결손금을 계상하지 아니하였고, 부과제척기간의 경과로 경정하기도 어려운바, 2023년 귀속 종합소득세 계산 시 쟁점결손금②를 이월결손금으로 공제할 수 없다.「소득세법」 제19조 제2항에 따르면, 세법상 결손금은 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하는 것이고, 손익계산서상의 당기순손실을 의미하는 것이 아닌 세법상 결손금인데, 청구인은 2016년 귀속 종합소득세 신고 당시 결손금을 계상하지 아니하였는바, 같은 법 제45조 제3항 단서에 따라 부과제척기간 경과 후 새로 확인된 결손금은 이월공제가 불가하므로 2023년 귀속 종합소득세에서 이월결손금으로 공제할 수 없다.2) 청구인은 2016.12.21. C로부터 쟁점차입금②를 차입하였으나, 이는 부동산매매업에 따라 직접 사용된 부채로 보기 어렵다.청구인은 쟁점차입금②를 쟁점부동산②의 공사대금으로 사용하였다고 주장하나, 쟁점부동산②는 이미 2011.11.11. 사용승인 받은 건물로 차입시점과 공사완료시점 간에 시간적 차이가 크며 차입금이 청구인의 다른 계좌와 타인에게 이체된 금융거래내역만 있을 뿐, 청구인이 쟁점차입금②를 공사대금으로 사용하였는지 개인적인 용도로 사용하였는지가 불분명하다.(다) 이와 같이 2015년 귀속 종합소득세는 추계결정으로 확정되었으므로 별도의 결손금이 존