① 청구법인이 보유한 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부② 이 건 처분에 대하여 집행정지결정을 해야 한다는 청구주장의 당부

처분청이 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. / 이 건 처분의 집행정지를 요청하는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2010.6.25. 서울특별시 강남구 논현동 OOO 소재 지상 4층의 다세대주택(총 16호실, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매입하여 2010.7.5. 개업일로 하여 주택임대사업을 시작하면서 2011.9.22. 쟁점부동산에 대하여 임대사업자등록번호를 기재하여 처분청에 종합부동산세 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였고, 이후 처분청은 2024년도 귀속분까지 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과하지 아니하였다.나. 이후 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 대하여 임대사업자 등록을 한 사실이 확인되지 않으므로 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목에 따라 쟁점부동산이 임대주택 합산배제 적용대상이 아니라고 보아 2025.12.9. 및 2025.12.29. 청구법인에게 2025년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원(이하 종합부동산세와 농어촌특별세를 함께 “종합부동산세등”이라 한다)을 결정·고지하였으나 수취인불명 등으로 미배달되어 2026.1.15. 공시송달을 하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 처분은 위헌적인 법령에 근거한 처분이므로 타당하지 아니하다.(가) 청구법인은 2010년 사업 개시 이후 관련 법규에 따라 세무서에 사업자등록을 하고 매년 종합부동산세 과세표준 합산배제 신청을 한 결과, 처분청은 종합부동산세 2010년 귀속분부터 2024년 귀속분에 이르기까지 약 15년간 단 한 차례의 이의 없이 청구인의 합산배제 신고를 모두 수리하였고, 그 결과 청구법인에 종합부동산세가 부과되지 아니하였으며, 쟁점부동산의 소재지는 서울특별시 강남구로 2016년 11월 조정대상지역으로 지정된 이후에도 이 건이 부과되기 전까지 계속하여 합산배제를 인정하였는데, 이는 조정대상지역 지정만으로 기존 장기주택임대사업자의 합산배제 자격이 상실되지 않는 점을 과세관청 스스로 인정하고 법을 집행해 왔음을 알수 있다.(나) 헌법재판소(헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 결정)는 조정대상지역에 대한 중과세 규정에 대하여 합헌결정을 하였으나, 재판관 3인의 반대의견을 보면 ‘주택 소유의 동기나 기간 등 구체적 사정은 일절 고려하지 않고, … 조정대상지역 지정이라는 우연한 사정에 의해 가중된 세율을 적용받도록 하는 것은 … 투기 목적이 없는 자에게 과도하게 재산권을 제한하는 것’으로서 과잉금지원칙에 위배되어 위헌이라고 판단한바 있고, 청구법인은 투기목적 없이 과세관청에 임대사업자로 등록하여 장기간 임대사업을 영위해 온 선량한 사업자로, 청구법인은 보호받아야할 비투기 목적의 부동산 소유자에 해당함에도 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 부과하였으므로 이 건 처분은 위헌적인 종합부동산세법령에 근거한 처분이므로 타당하지 아니하다.(다) 나아가, 지방자치단체 임대사업자 미등록에 대하여 「민간임대주택에 관한 특별법」 제67조 제2항은 1천만원 이하의 과태료를 부과하도록 규정하고 있을 뿐인바, 동일한 미등록 행위에 대하여 세법상으로는 당해연도 종합부동산세 OOO원을 부과하고, 나아가 처분청 조사관이 시사한 바와 같이 과거 4년분 소급 부과 시 약 OOO억원을 상회하는 추가 세부담이 예상되는 이 사건 처분의 경제적 효과는 과태료의 수십 배에 달한다. 이는 법익 침해의 최소성 및 법익 균형성을 현저히 벗어나는 것으로 헌법 제37조 제2항이 규정하는 과잉금지원칙에 위배된다.(라) 또한, 지방자치단체에 임대사업자 등록을 마친 사업자와 그렇지 않은 사업자 사이에 수억원의 종합부동산세 차이가 발생하는 것은, 실질적으로 동일한 임대업을 영위하면서도 행정적 형식 요건의 이행 여부만으로 이토록 현저한 세부담 차이를 초래하는바, 이는 헌법 제11조가 보장하는 평등원칙에도 위배된다.(2) 이 건 처분은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 위배된다.(가) 「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.(나) 대법원은 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 「국세기본법」 제15조 및 제18조 제3항이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실 존재뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 판시(대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결, 참조)하였다.(다) 처분청은 단순히 과세를 누락했던 것이 아니라 청구법인의 신고내용이 합산배제 요건을 충족하는지 여부를 매년 검토하고 승인하는 등 능동적 행정행위를 반복해 온 것으로, 이는 장기간에 걸친 일관되고 반복적인 행정행위로 대법원 판례가 요구하는 과세하지 않겠다는 묵시적 의사표시라고 보아야 마땅하다. 더욱이, 처분청은 2011년도 최초 합산배제 신고 당시 청구법인이 기재한 시군구 등록번호(42***-*****8)의 진위를 확인할 충분한 행정적 수단과 권한을 가지고 있었음에도, 이를 검증하지 아니하고 15년간 합산배제를 인정하여 왔다. 이처럼 과세관청 스스로의 검증 소홀로 인하여 야기된 결과에 대한 불이익을 납세자에게 전가하는 것은 신의성실의 원칙에 정면으로 반한다.(라) 쟁점부동산이 소재한 서울특별시 강남구는 2016년 11월 조정대상지역으로 지정이 되었고, 조정대상지역 지정은 임대주택과 관련한 과세정책의 중대한 변화였으므로 그 요건을 더욱 엄격히 심사할 의무가 있었음에도 2017년부터 2024년까지 8년이 넘는 기간동안 계속하여 합산배제를 인정해 왔으며, 이는 청구법인이 지방자치단체에 임대사업자 등록을 하지 않고 세무서에 임대사업자를 등록한 것만으로도 합산배제 요건을 충족한다는 기존의 법 해석 또는 행정의 관행이 유효함을 재확인한 것이므로 이는 쟁점부동산이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 강력한 신뢰의 근거가 된다.(마) 청구법인은 15년이라는 기간 동안 확립된 과세관행을 신뢰하여 안정적으로 임대사업을 영위해왔고, 정부의 부동산 정책이 급변하던 2020년을 전후한 시기는 단기임대 자동말소, 비아파트 장기임대 재등록 허용, 조정대상지역의 급격한 확대로 법률전문가들조차 그 법률효과를 명확히 예측하기 어려운 혼란한 시기였으며, 청구법인과 같은 일반 납세자가 복잡한 법령체계와 과세관청의 상충되는 견해 속에서 합산배제 요건의 변경을 완벽히 파악하고 대응할 것이라고 기대하는 것은 사실상 불가능에 가깝다고 할 것이고, 처분청은 아무런 사전 안내나 시정요구도 없이 15년간의 비과세 관행을 번복하면서 종합부동산세를 부과한 것인바, 청구법인이 과세관청의 오랜 과세관행을 신뢰한 데 그 어떤 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인의 신뢰는 마땅히 보호받아야 하므로, 신의성실의 원칙 및 「국세기본법」 제18조 제3항에 위배된 이 건 처분은 취소되는 것이 타당하다.(바) 설령 비과세 관행이 성립하지 않는다고 하더라도, 처분청이 청구법인에게 아무런 사전 안내나 시정 요구 없이 15년간의 비과세 사정을 갑자기 번복한 것은 「행정절차법」 제21조 및 제22조가 규정하는 처분 전 사전통지 및 의견청취 의무를 해태한 것에 해당하고, 이는 헌법 제12조가 보장하는 적법절차의 원칙에도 위배되며, 과세관청이 납세자에게 아무런 예고 없이 15년의 관행을 번복하여 거액의 세금을 부과하는 것은, 납세자가 사전에 등록을 보완하거나 세부담을 예비할 기회 자체를 박탈한 것이다.(3) 주택임대사업은 현재까지 중단된 사실이 없으므로 이 건 처분은 실질과세원칙에 위배된다.(가) 「국세기본법」제14조 제2항은 세법 중