연결납세방식을 적용하는 중소기업이 중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급을 신청할 수 있는지 여부

법인세법 §76의20의 준용규정에 쟁점규정이 들어가 있지 않아 엄격해석 원칙상 적용 어렵고,2008년 간추린 개정세법’에서도 각연결사업연도 법인세 결정 등에 대해서는 각사업연도 법인세를 준용하되 결손금 소급공제는 적용을 배제한다고 명시적으로 밝히고 있음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1979.6.21. 설립되어 주택건설업 및 전기공사업 등을 영위하는 중소기업으로, 2023사업연도 법인세 신고 시, 아래 ＜표1＞과 같이 「법인세법」 제76조의8에 따라 청구법인을 연결모법인, 청구법인이 지분의 100%를 보유한 주식회사 A, 주식회사 B를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 2023사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였고, 2024사업연도 법인세 신고 시에는 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인이 지분의 100%를 보유한 주식회사 C을 연결자법인으로 추가하고, 과세표준을 OOO원으로 하여 2024사업연도 법인세 OOO원을 신고하였다.＜표1＞ 2023사업연도 법인세 신고내역(단위 : 원)○○○＜표2＞ 2024사업연도 법인세 신고내역(단위 : 원)○○○나. 청구법인은 2024사업연도에 매출 감소 등으로 인하여 OOO원의 결손금이 발생하여, 2024사업연도 법인세를 신고하면서 아래 ＜표3＞과 같이 「법인세법」 제72조(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 2024사업연도 결손금 중 OOO원을 2023사업연도 법인세액에서 공제하여 2023사업연도에 납부한 법인세액 중 OOO원을 환급해달라는 취지의 환급신청을 하였으나, 처분청은 2025.7.22. 청구법인에게 환급신청 거부통지를 하였다.＜표3＞ 환급신청세액 산출내역(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 「법인세법」 제76조의20(연결법인세액의 결정·경정 및 징수 등)을 근거로 하여 청구법인의 환급신청을 거부하였으나, 위 규정은 결정·경정·징수 등에 관한 절차적 규정일 뿐, 과세표준 및 산출세액을 계산하기 위한 실체적 규정이 아니다.(가) 「법인세법」 제76조의20은 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세의 결정·경정·징수 및 환급에 관하여는 제66조(제3항 단서는 제외한다), 제67조, 제70조, 제71조, 제73조, 제73조의2 및 제74조를 준용한다”고 규정하고 있다.「법인세법」 제76조의20에서 준용하고 있는 규정들을 살펴보면, 제66조(결정 및 경정), 제70조(과세표준과 세액의 통지), 제71조(징수 및 환급)는 법인세액의 확정 및 그 이후의 집행에 관한 절차적 규정에 해당하고, 제73조(이자소득 등에 대한 원천징수), 제73조의2(내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수), 제74조(원천징수영수증의 발급)는 이자소득을 지급하면서 원천징수에 관한 절차적 규정에 해당한다. 즉, 「법인세법」 제76조의20은 과세표준이나 세액을 실체적으로 결정하는 규정이 아니라, 관련 절차에 관해서만 규율하는 규정에 해당한다.이처럼 연결납세방식에 대하여 별도의 절차규정을 둔 이유는, 연결납세제도는 연결모법인의 신고기한을 일반법인과 달리 “각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내”로 정하고 있고, 연결법인세액은 연결자법인들이 연결모법인에 지급한 후 연결모법인이 일괄 납부하며, 연결집단 내 법인들은 연대납세의무를 부담하는 등 일반적인 법인세 신고·납부와는 다른 특수한 절차를 따르고 있기 때문이다. 결국, 「법인세법」 제76조의20은 이러한 연결납세제도의 특수성을 고려하여, 일반적인 절차를 어떻게 적용할 것인지 명확하게 규정한 것이다.(나) 「법인세법」 제76조의20이 절차적 규정인 것과 달리, 결손금 소급공제를 규정하고 있는 쟁점규정은 세액을 계산하는 실체적 규정에 해당한다.쟁점규정은 환급 신청할 수 있는 금액을 “직전 사업연도의 법인세 산출세액”에서 “직전 사업연도 과세표준에서 소급공제할 결손금을 차감한 금액에 세율을 적용하여 계산한 금액”을 뺀 금액으로 규정하고 있다. 이는 환급액의 산정과 관련하여 과세표준과 세액을 계산하기 위한 구체적 내용을 정하고 있는 실체적 규정에 해당한다.나아가 같은 법 시행령 제110조 제1항은 위 환급신청금액의 한도를 “직전 사업연도의 법인세 산출세액에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액을 차감한 금액”으로 규정하고 있어, 상세한 계산 방법을 정하고 있다.이러한 법인세법령의 규정에 따라 「법인세법 시행규칙」 별지 제68호(소급공제 법인세액 환급신청서)에서는 납세자가 소급공제받을 결손사업연도의 결손금액과 그에 따른 환급신청세액 및 그 한도를 구체적으로 계산하여 기재하도록 정하고 있다.이처럼 결손금 소급공제에 관한 법인세법령의 내용과 관련 서식은 쟁점규정이 단순한 절차에 관한 규정이 아니라, 소급공제할 결손금에 세율을 적용하여 환급신청세액을 산정하도록 하는 실체적 규정임을 명확히 보여준다.결국, 「법인세법」 제76조의20은 확정된 세액을 어떻게 경정하고 징수할지에 관한 절차를 다루는 규정인 반면, 쟁점규정은 결손금을 소급하여 과세표준과 세액을 '새롭게 계산'하는 방법을 정한 실체적 규정이다. 따라서, 일반적인 징수·환급 절차를 규율하는 「법인세법」제76조의20에서 세액 계산 방법에 관한 쟁점규정을 준용대상으로 열거하지 않은 것은 너무도 당연하고, 이를 근거로 하여 쟁점규정의 적용 자체가 배제된다고 해석할 수는 없다.(2) 「법인세법」 제76조의22(연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용)는 연결법인이 중소기업에 해당하는 경우, 법인세액을 계산할 때 중소기업 관련 규정을 적용하도록 명시하고 있으므로, 연결법인도 쟁점규정을 적용받을 수 있다.(가) 「법인세법」 제76조의22는 제1항에서 “각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 연결집단이 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 해당하는 경우에는 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 중소기업 또는 중견기업에 관한 규정을 적용한다”고 규정하고 있고, 제2항에서 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우라도 “연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 중소기업에 관한 규정을 적용한다”고 규정하고 있다.즉, 「법인세법」 제76조의22는 연결납세방식 적용 시 중소기업에 관한 규정의 적용 여부를 규율하는 조항으로, 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업 규정을 적용한다는 원칙을 정한 다음(제1항), 연결로 인해 중소기업 자격을 상실하게 되는 경우라 하더라도 일정기간 중소기업 규정을 적용한다는 예외까지 그 내용으로 담고 있다(제2항). 이는 모회사와 자회사가 경제적으로 단일체라는 연결납세제도의 취지를 반영하여, 연결집단이 중소기업 요건을 충족하면 「법인세법」 및 「조세특례제한법」상의 모든 중소기업 관련 혜택을 동일하게 적용하겠다는 원칙을 천명한 조항이다.구체적으로, 위 규정은 2008.12.26. 법률 제9267호로 「법인세법」이 개정되면서 조세 중립성 확보와 경제적 실질에 따른 과세를 위하여 최초로 도입되었고, 2024.12.31. 법률 제20613호로 「법인세법」이 개정되면서 예외적 적용의 유예기간이 기존 3년에서 5년으로 확대되면서, 중소기업 외 중견기업에 대한 혜택 규정까지 포함되도록 확대되었다. 위 법률 개정이유에는 “중소기업에 해당하는 연결법인이 연결납세방식의 적용으로 중소기업 관련 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에도 중소기업으로 인정해주는 유예기간을 연장”하여 “중소기업에 대한 안정적 지원”을 강화하려 한다는 취지가 명시되어 있다. 즉, 「법인세법」 제76조의22는 중소기업 지원 정책과 연결납세제도의 조세 중립성을 확보하기 위한 조항으로, 연결집단 단위 과세의 실질을 반영하면서, 연결법인의 경우에도 중소기업에 해당하는 한 회사의 성장과 구조조정을 지원하여 연결중소기업에 대한 혜택을 강화한다는 데에 입법자의 의사가 확고하게 존재함이 분명하고도 일관되게 확인된다.(나) 쟁점규정은 재무구조가 취약한 중소기업이 일시적인 경영난으로 결손이 발생한 경우, 직전 사업연도에 납부한 법인세액을 한도로 환급하여 유동성을 조기에 확보하고 경영 정상화를 지원하려는 조세 정책적 목적에서 인정된 제도이다(대법원 2003.7.25. 선고 2001두10721 판결 참조).청구법인과 그 연결자법인들은 개별법인들은 물론 연결집단으로도 모두