청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지를 한 처분의 당부 등

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2019년 쟁점주식을 취득하여 체납법인의 주주로 등재된 사실이 체납법인의 2019사업연도 주식변동상황명세서 등을 통해 확인되는 반면, 청구인이 체납법인의 주주로서 권리를 행사하는데 제약이 있었다고 볼만한 사정이 확인되지 않는 이상 과점주주에 해당한다고 보임쟁점②에 대하여 살피건대, 「국세기본법」제39조 규정은 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 구석의 납세의무 성립일 현재 과점주주 등이 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있는바, 위 규정의 ‘국세’에는 가산세도 포함된다고 할 것이고, 달리 청구인에 대해 그 가산세 부담을 제외할 사정은 보이지 않는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구인은 주식회사 A의 대표이사이자 발행주식의 40%를 보유한 주주로, 주식회사 A가 주식회사 B(2008.9.10. 설립, 이하 “체납법인”이라 한다)에게 2019.9.25. 흡수 합병되면서 청구인의 주식회사 A의 지분율(40%)에 따라 체납법인의 발행주식 16,000주(지분율 40%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하게 되었다.＜표1＞ 체납법인의 2019사업연도 주식변동상황명세(단위 : 주, %) 주주명 기 초 기 말 주식수 지분율 주식수 지분율 청구인 - - 16,000 40 ○○○ - - 12,000 30 체납법인 - - 12,000 30 ㈜A 40,000 100 - - 나.처분청은 체납법인이 2019사업연도 법인세 OOO원(이하 “쟁점체납액”이라 한다)을 체납하자 「국세기본법」제39조 제2호에 따라 2025.7.31. 「상법」상 의결권이 없는 체납법인의 자기주식 보유분(발행주식 12,000주)을 제외하여 재안분한 청구인의 체납법인 지분율(57.14%)에 따라 청구인을 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 쟁점체납액 중 위 지분율(57.14%)에 상당하는 체납액 OOO원에 대하여 납부고지를 하였다.다.청구인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인의 경우 체납법인의 체납세액과 관련된 납세의무 성립일 당시 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없고, 체납법인의 체납사실과 관련된 사실관계를 인지하거나 관여할 지위에 있지 않았는바, 「국세기본법」상 실질과세원칙상 체납법인의 과점주주에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 처분은 위법하다.(가) 과점주주에 대한 제2차 납세의무와 관련하여 대법원은 해당 제도가 실질과세의 원칙을 구현하기 위한 것임을 전제하면서 이는 주된 납세의무자와 동일한 책임을 인정하더라도 공평을 잃지 않을 특별한 관계에 있는 자에게만 보충적인 납세의무를 지우려는데 그 취지가 있는 것인바, 과점주주 모두에게 일률적으로 책임을 묻는 것은 조세형평에 반하여 재산권을 과도하게 침해할 우려가 있으므로 법인의 경영을 지배하며 이를 조세회피의 수단으로 이용할 수 있는 지위에 있는 자에게만 그 책임을 제한적으로 물어야 한다고 판시(대법원 2004.10.27. 선고 2003두1165 판결)하고 있다.(나) 쟁점체납액이 발생한 원인을 살펴보면 체납법인이 2019.3.28.경부터 베트남 소재 자회사로부터 수취한 배당금 수익에 대하여 2019사업연도 법인세 신고시 이를 익금산입하지 않아 과세관청이 이에 대하여 익금산입 후 체납법인에게 법인세 부과처분을 한 것인데, 청구인의 경우 과세원인행위일 당시에는 체납법인의 주식을 보유하지 않은 제3자에 불과하였고, 2019.9.25. 주주로 있던 주식회사 A가 체납법인에 흡수합병되는 과정에서 비자발적으로 쟁점주식을 취득하여 체납법인의 주주가 된 것일 뿐이었는바, 쟁점체납액에 대한 과세 원인행위와 관련된 어떠한 의사결정에 관여할 지위에 있는 자에 해당하지 않는다.(다) 한편 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있는 것으로 막연한 추측이 아닌 객관적이고 명확한 증거에 의하여 과세요건의 충족여부를 증명하여야 하며, 그 증명이 부족하여 사실관계가 불분명한 경우에는 그 불이익을 처분청이 부담하여야 할 것인데, 특히 제2차 납세의무와 같이 주된 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 확정시키는 이 건 처분의 경우 그 요건을 더욱 엄격하게 해석·적용하여야 할 것으로 실질적 요건의 충족 여부에 대한 증명 역시 철저히 이루어져야 할 것인바(대법원 2004.10.27. 선고 2003두1165 판결), 처분청은 청구인이 체납법인의 모회사의 대표이사였다거나 형식적인 체납법인의 지분율에 근거하여 체납법인에게 실질적 지배력을 행사할 수 있는 과점주주라고 추단하였을 뿐, 구체적으로 청구인이 체납법인의 핵심 경영 사항에 관하여 실질적으로 지배력을 행사하였다는 명백한 증거를 제시하지 못하는 이상 이 건 처분은 위법하다.1) 법원은 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다는 사실의 경우 주식 소유 사실만으로 곧바로 추정되는 것이 아니고, 과세관청이 이를 구체적으로 증명해야 한다고 판시하고 있고(전주지방법원 2024.9.12. 선고 2023구합11969 판결 및 서울행정법원 2025.5.16. 선고 2024구합66877 판결 등), 구체적으로 체납법인의 발행주식의 100분의 50을 초과하여 소유한 주주들이 법인 설립 후 임원으로 등기되거나 급여를 지급받은 사실이 없고, 실질적인 법인 운영자가 경영상 모든 의사결정을 단독으로 함에 있어 주주로서 주주총회 서류 등에 날인만 해주는 역할에 그친 경우 해당 주주에 대하여 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 단정하기 어렵다고 판시(인천지방법원 2025.6.13. 선고 2024구합51688 판결)하였으며, 법인의 자본금 조성과정에서 명의만 대여하였을 뿐 실제 출자사실에 대한 객관적인 자료가 없는 경우(부산고등법원 2024.12.18. 선고 2023누10696 판결)나 형식상 주주명부에 등재되어 있는 경우(서울고등법원 2007.12.20. 선고 2007누4089 판결)에도 법인의 체납세액에 대하여 과점주주로서 제2차 납세의무자로 지정·납부고지한 처분이 위법하다고 판시하고 있다.2) 또한 「상법」상 회사와 주주는 별개의 법인격을 가지는 것으로 이는 모회사가 자회사의 주식을 100% 소유하는 완전모자회사 관계에서도 적용되는 것이고, 법원도 모회사가 자회사의 주식 전부를 소유하고 있더라고 모회사와 자회사는 「상법」상 별개의 법인격을 가진 회사로, 그 거래로 인한 불이익이 있더라도 이는 자회사에게 돌아갈 뿐, 모회사는 간접적인 영향을 받는 데 지나지 아니하므로 자회사의 거래를 곧바로 모회사의 거래와 동일하게 볼 수 없다고 판시(대법원 2013.9.12. 선고 2011다57869 판결)하고 있으며, 모회사의 대표가 자회사를 사실상 지배했다고 인정하기 위해서는 단순히 주주권을 행사하거나 이사 선임권을 가지는 정도를 넘어 자회사의 독자적인 존재가 상실될 정도의 완전한 지배력이 입증되어야 한다고 판시(서울지방법원 2003.6.20. 선고 2001가합79377 판결)하고 있다.3) 청구인이 체납법인의 완전모회사인 주식회사 A의 주주 및 대표이사로 재직하였다고 하더라도 자회사인 체납법인의 경영을 당연히 지배하였다고 전제할 수 없다고 할 것이고, 체납법인의 모회사의 대표이사인 청구인이 체납법인의 회계처리 및 세무 신고와 같은 구체적인 업무 집행에 관여하였다고 볼 수는 없는 것이며, 청구인이 체납법인의 모회사의 대표이사로서 체납법인을 사실상 지배하였다고 인정하기 위해서는 단순히 주주권을 행사하거나 이사 선임권을 가지는 정도를 넘어 체납법인의 독자적인 존재가 상실될 정도의 완전한 지배력이 입증되어야 할 것이나 처분청이 이에 대한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하는 이상 이 건 처분은 위법·부당하다.(라) 따라서 청구인이 체납법