일괄 양도한 쟁점부동산의 공급가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세(부가가치세만 다툼)를 부과한 처분의 당부

청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있고, 양도 직전까지 건물 임대수익이 연 1억원을 초과하여 가치가 없는 것으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분 개요가. 청구인은 부산광역시 사상구 OOO소재 토지 1,907㎡와 상가건물 1,038.69㎡(이를 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2011년과 2015년에 각 분할 취득하여 부동산임대사업에 사용하다가 2021.11.30. 아파트분양 시행사인 (주)a(이하 “매수법인”이라 한다)에 OOO원에 일괄 양도하였고, 2022.1.28. 토지 양도가액 OOO원, 건물 양도가액 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으며, 2022.3.31. 부동산임대업은 폐업하였다.나. 부산지방국세청장은 청구인의 쟁점부동산 양도소득세 신고내용을 분석한바, 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 토지 및 건물로 구분하지 아니하고 양도금액 전체를 토지금액으로 신고한 부분에 대하여 舊「부가가치세법」(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항에 해당한다고 판단하여, 같은 법 시행령 제64조에 따라 전체 양도금액을 매매계약일 현재의 토지 및 건물 기준시가로 안분계산하여 토지 OOO원, 건물 OOO원(부가가치세 제외)으로 양도가액을 재계산하여 처분청에 제세결정통보하였으며, 처분청은 2024.9.10. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였고, 2025.6.11. 청구인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 추가로 경정·고지하였다.다. 청구인은 처분청의 부가가치세 처분에 불복하여 2025.9.4. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건 부가가치세 부과처분은 아래와 같은 사유들로 위법·부당하므로 취소되어야 한다.(가) 매매계약 당시 쟁점부동산은 신축시점으로부터 40년이 지난 노후건물로 개량·수선할 부분이 많았고, 세법상 적용되는 건물의 기준내용연수 40년도 훨씬 지나 사실상 경제적 가치가 전혀 없었으며, 매수법인은 쟁점부동산을 매수하여 신규 아파트를 건설하고자 하였고, 청구인은 쟁점부동산을 처분하고자 하였기에 그 사업목적이 서로 합치하여 건물가액 없이 토지가액 OOO원으로 하여 매매거래를 한 것이다.(나) 쟁점부동산은 건물가액을 OOO원으로, 토지가액을 OOO원으로 구분하여 매매계약을 하면서 매매계약서 제2조에서 “건축물, 정착물 등은 철거대상이므로 매매대금은 OOO으로 한다”라고 명시하였고, 제3조 제5항에서 “매도인은 잔금지급일까지 전기, 수도, 가스 등의 단전단수와 폐문조치를 완료하여 부동산을 인도한다”라고 명시하였으며, 실제 청구인은 매도일까지 모든조치를 완료하여 매수법인이 철거할 수 있도록 철거에 대한 협조의무를 다하였고, 2021년 제2기 부가가치세 신고서상 부동산임대공급가액 명세서에서도 임차인의 퇴거일을 2021.11.30.로 신고하였으며 잔금일 이후 부동산임대를 한 사실이 없다.(다) 매수법인은 아파트 등을 신축·공급할 목적으로 설립된 시행사로 쟁점부동산을 매수한 후, 쟁점부동산 잔금일인 2021.11.30. b(주)에 신탁등기하였고, b(주)은 2021.11.30. 공동주택건설 사업승인을 받아, 공동주택건설 사업을 추진 중에 있었던 것으로 확인되며, 매수법인은 쟁점부동산 매수 후 2022년 5월경부터 지상건물 철거작업을 시작하여 2022.7.18. 건축물해체공사 완료 및 건축물대장을 말소한 것으로 나타나고, 2022년 1월 시공사 c과 공동주택 신축공사 공급계약 체결 후, 2022년 8월경부터 아파트 신축공사를 시작하여 2025년 3월 현재 OOO 아파트를 준공한 것으로 확인된다.(2) 청구인은 매수법인이 아파트 건설목적으로 취득한 철거예정 건물에 대해 사실상 경제적 가치가 없다고 보아 매매계약서상 건물가액을 OOO원으로 하여 매매계약을 한 것이고, 양도소득세 신고 시에도 토지가액에 대해서만 양도가액을 산정하여 양도소득세를 신고ㆍ납부한 바, 이는 합리적이고 통상적인 거래로 실질과세 원칙에 따라 건물가액 OOO원은 실거래가액으로 인정되어야 한다.(가) 쟁점건물은 신축일로부터 40년이 지나 노후화되고 용도폐지되어 사실상 경제적 가치가 없는 상태였고, 매수법인 역시 해당 건물을 사업에 사용하지 않고 주택건설을 목적으로 철거할 것을 전제로 토지만을 목적으로 매입하였으므로, 형식적으로는 토지와 건물이 함께 양도되었더라도 실질적인 거래 대상은 토지뿐이었다.(나) 「국세기본법」상 실질과세 원칙에 비춰볼 때, 부가가치세는 재화 또는 용역의 소비에 대하여 부과되는 세금인데, 이 건물은 매수법인에게 소비되거나 사용된 것이 아니라 곧바로 철거되어 폐기될 운명이었기에 실질적으로 가치가 없는 건물에 대해 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.(다) 조세심판원 선결정례(조심 2009부3194, 2009.12.10. 등)에서도 “계약 당시 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견되는 건물의 양도”에 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라는 판단을 내린 바 있고, 이는 건물의 실질적 사용가치와 거래 실태를 중시한 결정으로, 본 건의 상황과 정확히 부합하므로 실질과세 원칙상 실제로 가치가 없는 건물 부분은 과세대상에서 제외하는 것이 타당하다.(3) 2022.2.15. 「부가가치세법 시행령」 개정 취지 및 국세청 유권해석에 따르더라도 철거 예정 건물의 실거래가액 OOO원은 인정되어야 한다.(가) 비록 청구인은 시행령 개정 이전에 쟁점부동산을 매도하였으나, 해당 법령의 개정취지를 보면 입법자는 청구인과 같은 사례에 대해 건물가액 OOO원의 실거래가액을 인정하는 것으로 명확한 입장을 밝히면서, “토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에는 설령 계약서상 토지·건물 가액 구분이 통상의 기준시가 안분과 큰 차이가 있더라도 이를 정상적 거래로 존중하여, 실제 계약에서 정한 바에 따라 과세표준을 삼도록 하였고, 이는 청구인의 경우와 완전히 동일한 상황을 전제로 한 규정으로, 현재 법령 하에서는 청구인이 계약서에 명시한 대로 건물가액 OOO원이 그대로 인정되어 부가가치세가 부과되지 않을 사안이다.(나) 법규부가 2014-508(2014.12.29.) 등 다수의 국세청 유권해석에서도 매매 당시 건물 철거가 예정되어 있고 실제로 철거가 이루어진 경우, 계약서상 건물가액을 OOO원으로 구분한 것을 정상적인 거래로 인정하여 건물 공급가액을 OOO으로 판단하고 있는바, 이는 2022년 시행령 개정 이전에 발생한 이 사건 거래에도 적용될 수 있는 중요한 근거다.(다) 2022년 시행령 개정은 토지와 건물 일괄거래 시 실지거래가액을 신고하더라도, 그것이 관행적 기준과 차이가 크다는 이유만으로 기계적인 안분과세를 하면 납세자가 실제보다 과도한 세 부담을 질 수 있다는 우려에서 시작된 것으로, 이 건과 같이 건물이 사실상 무가치하여 거래금액 대부분이 토지에 귀속된 경우에도, 구 규정에 따르면 건물에 일정 금액을 억지로 할당하여 과세하게 되면 실제 거래를 충실히 반영하지 못하고 조세정의에 반하는 결과를 낳기에 이러한 모순을 바로잡고자 도입된 것으로서, 과세기준을 보다 합리적으로 운영하여 납세자의 권익을 보호하려는 취지를 담고 있다.(라) 비록 쟁점부동산의 매매는 개정 이전에 이뤄졌지만, 심판과정에서 이러한 입법취지와 정책적 변화를 고려하여 과세형평성을 도모할 수 있고, 조세심판원은 과거에도 실질과세 원칙하에 부당한 과세를 시정해 온 사례들이 있으며, 납세자가 정한 가액 구분을 존중하는 취지의 판단이 내려진바 있으므로 과세기준 합리화 취지 및 조세정의 실현차원에서 철거예정 건물의 실거래가액 OOO원은 인정되어야 한다.(4) 매매계약서상 건물가액 OOO원OOO명시 및 건물의 실제 상태에 대한 고려하여 건물가액 OOO원은 인정되어야 한다.(가) 청구인과 매수법인은 매매계약서에 명시적으로 건물 철거를 약정함으로써, 건물의 양도가액은 OOO원으로 상호 합의하여 쟁점건물에 별도의 경제적 대가를 부여하지 않았고, 매수법인도 이를 전제로 거래가격(OOO원 전부를 사실상 토지가격으로 인식)을 책정하였으며, 이러한 계약 당사자 간 합의는 진정한 의사에 기초한 실질 거래내용으로서 존중되어야 한다.(나) 쟁점건물은 매수법인에게 아무런 효용을 제공하지 못한 채 오히려 철거비용이 수반되는 부담 요인이었고, 실제로 매수법인은 잔금일인 2021.11.30.