① 지목변경 취득세 납세의무 성립일을 준공인가일로 보아 과세한 처분의 당부② 취득세 과세표준을 재산정하여야 한다는 청구주장의 당부

청구법인은 지목변경 취득세 납세의무는 쟁점사업의 공사가 완료된 준공일(공사가 끝난 날)에 성립한다고 주장하나, 「지방세법 시행령」제20조 제10항은 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 여기서의 ‘지목이 사실상 변경된 날’은 소유자가 사용하고자 하는 의도대로 토지를 사용할 수 있는 날을 의미하는바, 산업입지법 제37조 제7항은 준공인가 전에는 조성된 용지를 사용할 수 없다고 규정하고 있는 이상, 준공인가일을 지목변경일로 보는 것이 타당함청구법인이 조성공사비, 건물공사비 등을 준공인가일 이후에 실제 지급하였다 하더라도 준공인가일 전에 그 지급의무가 확정된 이상, 이를 취득세 과세표준에서 제외할 수는 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 광주광역시 광산구OOO, 전라남도 OOO 일원의 총 면적 4,032,832㎡에서 OOO사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 시행하면서, 쟁점사업의 1-1단계 중 지목변경 대상인 광주광역시 광산구OOO외 25필지의 토지(합계 1,323,296.6㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 각 토지별로 사용승낙일(2019.1.23.~2020.12.30.)을 그 취득시기로 보아, 쟁점토지 전체의 1㎡당 단위원가를 산정하고, 해당 토지의 면적을 곱한 금액을 지목변경에 따른 취득세 과세표준으로 하여 취득세 및 농어촌특별세 합계OOO원을 신고·납부하였다.나. 처분청은 쟁점사업의 1-1단계 준공인가일인 2021.6.28.을 기준으로 1-1단계 사업지구의 1㎡당 조성원가를 법인장부상 직접비용과 간접비용 합계를 산출한 뒤 1-1단계 사업부지 면적으로 나누어 1㎡당 단가(OOO원)를 산정하였고, 여기에 쟁점토지의 면적을 곱한 금액을 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준으로 하여 2024.6.5. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.30. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점사업의 1-1단계 간주취득세 납세의무 성립시기는 준공인가일이 아닌 준공일로 보는 것이 타당하다.(가) 「지방세법」은 취득세와 관련하여 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우를 취득으로 보고 있고, 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 줄 빠른 날을 취득일로 보되, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다(「지방세법 시행령」 제20조 제10항).(나) 청구법인은 쟁점사업의 1-1단계 토지 중 쟁점토지에 대하여 사용승낙일을 기준으로 취득세를 납부하였고, 1-1단계 준공일(2020.12.31.)에 나머지 필지에 대한 간주취득세를 납부하였다.(다) 쟁점토지와 같이 사용승낙이 이루어진 필지는 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다는 「지방세법 시행령」제20조 제10항 단서에 따라 사용승낙일을 취득일로 보는 것이 타당하겠으나, 사용승낙 필지의 각각의 과세표준을 구하는 것은 사실상 불가능함에 따라 모든 원가가 확정되는 준공일을 취득시기로 봄이 적법한 것으로 판단된다.(라) 청구법인은 ‘LH 개발사업규정’과 ‘LH 회계기준 시행세칙’에 따라 공사준공, 지적확정측량 및 인·허가상의 제반조건 이행이 완료된 경우에 준공일을 정하고, 관계법령의 절차에 따라 실시계획승인권자에게 사업준공 보고 또는 준공검사신청을 하여야 하며, 이 때 토지의 제조원가 확정시기는 조성공사가 준공처리되고, 확정측량이 완료된 준공일을 기준으로 한다. 청구법인은 토지의 제조원가 확정시기에 추가적으로 원가충당부채를 계상하여 최종원가를 확정하게 된다.(마) 청구법인은 대규모 개발사업에서 준공일부터 준공인가일까지 실제 발생한 비용을 원가충당부채 계상을 통하여 준공일에 토지의 제조원가에 반영하고 있으므로 1-1단계 간주취득세 납세의무 성립시기는 준공일로 봄이 타당하다.(바) 준공인가일은 공사가 마무리되고, 사업승인주체가 사업이 끝났다고 인가를 해 준 날을 의미하는 것으로 대외적으로 고시하는 행정적인 절차이며, 토지의 가치상승을 확정하는 시점은 아니라고 할 것이다.(2) 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 재산정하여 일부를 환급하여야 한다.(가) 청구법인과 처분청의 단위당 과세표준 산정내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점사업의 1-1단계 단위당 과세표준(단위 : 원, %, ㎡)○○○(나) 청구법인은 간주취득세 과세표준에 대하여 지목변경에 따른 총 공사비(직접비와 간접비 합계)를 지목변경 토지의 면적으로 나누어 1㎡당 과세표준을 산정하고, 개별토지의 면적으로 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 취득원인에 따른 세율을 적용하여 관할 지자체에 취득세를 신고 및 납부하고 있으며, 이러한 산정방식은 심판례나 판례를 통해 합리적인 방식으로 인정되고 있다(조심 2018지835, 2018.9.4., 조심 2021지2887, 2022.11.1. 등 다수, 같은 뜻임).(다) 청구법인은 당초 전체 사업지구를 기준으로 단위당 취득세 과세표준을 산정하였으나, 쟁점사업의 경우 단계별 준공으로 단계별로 취득세 과세표준을 산정하는 것이 보다 합리적이라고 판단하였고, 이는 처분청과 이견이 없다.(라) 그러나 처분청이 산정한 과세표준은 다음과 같은 점에서 잘못이 있다.1) 「지방세법」 제10조 제3항에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 취득세 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조에서 토지의 지목변경에 따른 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되, 그 단서에서 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있다.2) 청구법인은 외부회계감사 및 경영공시의무가 있는 공공기관으로 법인장부의 신뢰성은 입증된바, 간주취득세 과세표준은 법인장부를 통해 입증되는 비용으로 산정하는 것이 타당하고, 처분청 역시 법인장부를 통해 과세표준을 산정하는 부분은 이견이 없다.3) 그러나 과세표준 산정내역을 살펴보면, 처분청은 청구법인이 당초 산정한 직접비 OOO원 중 OOO억과 처분청이 추가로 추징한 원가충당부채 등OOO원을 포함하여 OOO원을 과세표준으로 산정하였으나, 아래 ＜표2＞와 같이 재산정되어야 한다.＜표2＞ 청구법인과 처분청의 주장 비교○○○처분청은 법인장부상 1단계로 표시된 모든 직접비를 1-1단계 직접비로 보았으나, 1-2단계 직접비 금액 4.5억원은 과세표준에 포함되지 않아야 하고, 또한 처분청은 준공일부터 준공인가일까지의 미준공지구 직접비 7억원을 과세표준에 포함하였으나, 이는 이미 원가충당부채에 포함되었거나 준공 후 사후 관리비용 또는 1-2단계 및 2단계 미준공지구의 비용이다.4) 또한 쟁점항목 ③과 관련하여 사업지구 전체 대지차감율은 0.9489이나 1-1단계의 정확한 대지차감율은 0.9432이며, 이 수치를 적용하여 과세표준을 산정하여야 한다.(마) 취득세 과세표준은 법인장부를 통하여 추적 및 구분가능한 비용을 확인하여 산정하는 것이고, 따라서 위와 같은 이유로 처분청이 임의로 산정한 내역은 부당하다고 할 것이다.나. 처분청 의견(1) 청구법인의 지목변경 취득시기와 관련하여 준공인가일이 아닌 준공일로 보는 것이 타당하다는 주장은 다음과 같은 점에서 타당하지 않다.(가) 「지방세법」 제7조 4항에서 “토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우 취득으로 본다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제20조 제10항은 “토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사살상 변경된 날과 공부상 변경한 날 중 빠른 날을 취득일로 본다, 다만 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다”고 규정하고 있으며, 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제81조에서 토지소유자는 지목변경을 할 토지가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지목변경을 신청하고, 같은 법 시행령 제67조에서 지목변경을 신청할 수 있는 경우는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등의 관계 법령」에 따른 토지의 형질변경 등의 공사가 준공된 경우 또는 토지나 건축물의 용도가 변경된 경우라고 규정하고 있다.(나) 지목이 사실상 변경된 경우를 취득세의 과세 대상으로 보기 위해서는 토지의 지목을 변경하고자 하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하여 사용하여야 하는 것으로, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제37조 7항에서 산업단지 준공인가 전에는 산업단지 개발사업으로 조성된 용지나 설치된 시설물을 사용할 수 없다고 규정하고 있는바, 여기서 청구법인이 주장하는 준공일은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」상 없는 용어로, 쟁점사업의 고시문에서도 1-1단계 준공일은 확인할 수 없는 반면, 쟁점사업의 1-1단계의 개별