’23.1.1. 전 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 ’23.1.1. 이후 행사시 적용법률 등

1. 사실관계 ○ 질의법인은 ’14.○○.○○.부터 현재까지 「벤처 기업육성에 관한 특별 조치법」제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 - ’20.○○.○○. 증권을 코스닥시장에 상장하기 전에 임직원에게 주식매수선택권을 부여함 ○ 위와 같이 질의법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원들은 ’23.○.○○. 해당 주식매수선택권을 행사할 예정임 2. 질의내용 ○ (쟁점①) ’23.1.1. 전에 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권을 ’23.1.1. 이후 행사하는 경우에 비과세·납부·과세특례 관련 적용법률 ○ (쟁점②) 임직원이 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받은 후 해당 벤처기업이 증권을 코스닥시장에 상장하였고, ’23.1.1. 이후 위 주식매수 선택권을 행사하는 경우에 비과세·납부·과세특례의 적용 방법 3. 관련법령 「조세특례제한법」[법률 제19199호, 2022.12.31., 일부개정된 것] ○ 조세특례제한법 제16조의2 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다. 다만, 소득세를 과세하지 아니하는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익의 벤처기업별 총 누적 금액은 5억원을 초과하지 못한다. <개정 2018. 12. 24., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28., 2022. 12. 31.> ② 제1항이 적용되는 주식매수선택권은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)으로 한정한다. <신설 2022. 12. 31.> ③ 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2018. 12. 24., 2022. 12. 31.> [본조신설 2017. 12. 19.] [종전 제16조의2는 제16조의3으로 이동 <2017. 12. 19.>] ○ 조세특례제한법 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】 ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015. 12. 15., 2017. 12. 19., 2018. 12. 24., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28., 2022. 12. 31.> 1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조 , 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다. 2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 “분할납부세액”이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다. 3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다. ② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조제4항 의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다. ③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [본조신설 2013. 8. 13.] [제16조의2에서 이동, 종전 제16조의3은 제16조의4로 이동 <2017. 12. 19.>] ○ 조세특례제한법 제16조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. <개정 2016. 12. 20., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28.> 1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것 ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하는 경우에는 「소득세법」 제87조의5 에 따른 금융투자소득세(이하 “금융투자소득세”라 한다)를 과세한다. <개정 2015. 12. 15., 2017. 12. 19., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28.> ③ 제2항에 따라 금융투자소득세를 과세하는 경우 금융투자소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 해당하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제87조의18 에 따른 금융투자소득 기본공제를 적용하지 아니한다. <개정 2022. 12. 31.> ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 「법인세법」 제19조 , 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2016. 12. 20., 2021. 12. 28.> ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익)을 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. <개정 2016. 12. 20., 2022. 12. 31.> 1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일 2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날 3. 제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우: 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 최초로 거래한 날 ⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조제1항 에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제2항에 따라 금융투자소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다. <개정 2021. 12. 28.> ⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다. <신설 2022. 12. 31.> ⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. <신설 2022. 12. 31.> ⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2022. 12. 31.> [본조신설 2014. 12. 23.] [제목개정 2017. 12. 19.] [제16조의3에서 이동, 종전 제16조의4는 제16조의5로 이동 <2017. 12. 19.>] ○ 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정한 날부터 시행한다. 1. 제72조제1항의 개정규정 중 “기업업무추진비”의 개정부분, 같은 조 제6항의 개정규정, 제136조 제목 및 같은 조 제2항의 개정규정, 같은 조 제3항의 개정규정 중 “기업업무추진비” 및 “기업업무추진비 한도액”의 개정부분, 같은 조 제4항의 개정규정 및 제104조의5의 개정규정, 제144조제1항 및 제2항의 개정규정(제104조의5를 추가하는 부분으로 한정한다): 2024년 1월 1일 2. 제111조의2의 제목, 같은 조 제1항의 개정규정: 2023년 4월 1일 3. 제126조의2(영화상영관에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정: 2023년 7월 1일 4. 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 제16조의4제3항의 개정규정: 2025년 1월 1일 ○ 부칙 제6조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례에 관한 적용례) 제16조의3제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용한다. ○ 부칙 제7조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 과세특례에 관한 적용례) 제16조의4제5항제3호의 개정규정은 이 법 시행 이후 전용계좌를 통해 주식을 거래하는 경우부터 적용한다. ○ 부칙 제8조(금융투자소득에 관한 적용례) 법률 제18634호 조세특례제한법 일부개정법률 제16조의4제3항의 개정규정은 2025년 1월 1일 이후 발생하는 소득부터 적용한다. ○ 부칙 제30조(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례에 관한 경과조치 등) ① 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익에 대한 소득세 비과세 한도에 관하여는 제16조의2제1항 본문의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ② 제16조의2제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 주식매수선택권을 행사하는 경우부터 적용한다. 이 경우 이 법 시행 전에 주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익은 누적 금액에 포함하지 아니한다.