상표권 미수취 거래에 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산 부인을 적용한 처분에 있어 피고의 시가를 인정할 근거가 없어 위법

사 건 2018구합84652 법인세경정거부처분취소 원 고 ○○○○○ 주식회사 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2025. 7. 10. 판 결 선 고 2025. 9. 11. 주 문 1. 이 사건 소 중 2012 사업연도 법인세 소득금액 ***원의 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다. 2. 피고가 2016. 1. 14. 원고에 대하여 한, 가. 2010 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 1***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 나. 2013 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***을 초과하는 부분, 다. 2013 사업연도 농어촌특별세 본세 ***원, 가산세 ***원의 부과처분, 라. 2014 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 마. 2014 사업연도 농어촌특별세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 3. 피고가 2016. 5. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 결손금 ***원의 증액경정청구 거부처분을 취소한다. 4. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 5. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 아래 취소를 구하는 부분 외에는 주문 제2항 및 제3항과 같다. 피고가 2016. 1. 14. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 본세 ***원 부과분을 취소한다. 피고가 2016. 5. 2. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 소득금액 ***원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 AA그룹 내 자회사 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업 등을 영위하는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사이다. 나. 원고는 1965. 1.경 BB 주식회사라는 상호로 설립되어, 1968. 8.경 CC 주식회사로 상호를 변경하였고, 이후 1991. 11.경 DD그룹에서 분리되면서, 1992.10.경 AAAA 주식회사로 상호를 변경하였다. 원고는 1993년경 AA 관련 상표인 (이하 ‘이 사건 상표’라 하고 이에 관한 권리를 ‘이 사건 상표권’이라 한다)을 특허청에 등록하였다. 다. 원고는 회사분할에 관한 2014. 8. 7.자 이사회 결의 및 2014. 11. 28. 주주총회 승인을 거쳐 분할기일을 2015. 1. 1.로 하여 투자사업부문과 제조사업부문을 분할하였다(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다). 위 회사분할로 투자사업부문은 분할존속법인인 원고에게, 제조사업부문은 분할신설법인에게 각 귀속하게 되었는데, 원고는 이 사건 분할 후 지주회사로 전환하고 상호를 현재의 QQQQQ 주식회사로 변경하였으며, 종전의 상호인 KKKK 주식회사는 분할신설법인이 사용하게 되었다. 라. 원고는 이 사건 상표권이 등록된 이후부터 계속 이 사건 상표권의 등록권자였는데 (이 사건 분할시 원고에게 위 상표권이 승계되었다), 원고는 AA그룹 계열사들(이하‘이 사건 계열회사들’이라 한다)에게 이 사건 상표의 사용을 허락하여 위 회사들이 이를 사용하고 있음에도 상표권 사용료를 수취하지 않다가, 2015. 1.경 AA 브랜드 관리규범을 제정하고 같은 해 1. 30. 이 사건 상표를 사용하는 27개의 국·내외 계열회사들과 상표사용계약을 각 체결하여 2015년부터 계열회사들로부터 각 계열회사의 당해 연도 매출액에 기본요율 0.28%(원고가 2014. 10.경 DDD에 의뢰하여 산정한 상표 사용요율이다)를 곱하여 산정한 상표 사용료를 수취하였다. 마. FF지방국세청장은 2015. 9. 18.부터 2015. 12. 24.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시하여, 원고가 2010 ~ 2014 사업연도에 이 사건 계열회사들로부터 상표 사용료를 수취하지 않은 것이 원고 소유인 이 사건 상표를 법인세법상 특수관계인인 이 사건 계열회사들에게 무상으로 제공한 것이라고 보고, 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 12850호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 미수취 상표 사용료 약 ***원(상표 사용요율을 0.28%로 하여 산정한 금액이다)을 익금 산입하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다. 바. 피고는 위 과세자료에 따라 2016. 1. 14. 원고에게 2010 사업연도 법인세 ***원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 ***원, 2013 사업연도 법인세(가산세 포함) ***원, 농어촌특별세(가산세 포함) ***원, 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) *** 농어촌특별세(가산세 포함) ***원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 사. 이에 대하여 원고는 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용료를 수취하지 않은 것이 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 보고, 2016. 3. 7. 2011 사업연도 법인세 결손금을 ***원만큼 증액하고 2012 사업연도 법인세 과세표준에서 소득금액 ***원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2016. 5. 2. 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 아. 원고는 이 사건 처분 및 이 사건 거부처분에 각 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 위 청구를 모두 병합하여 심리한 후 2018. 8. 1. ‘원고의 이 사건 계열회사에 대한 상표권 제공행위가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 의 자산 등을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우에 해당하는지 여부 및 원고가 상표 사용료로 수취하였어야 할 적정한 사용요율 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 재조사결정을 하였다(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다). 자. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 재조사를 실시한 후 2018. 9. 20. 관련 세액을 재계산(상표 사용요율을 0.2%로 하여 산정한 금액이다)하여 과세표준과 세액을 경정하는 감액경정결정을 하였다(이하 ‘이 사건 감액경정결정’이라 한다). 그 구체적 내역은 별지1 목록 ‘1. 법인세, 농어촌특별세 관련 재조사 후 잔존세액(①)’란 및 ‘2. 거부처분 관련 재조사 후 증감된 소득금액(결손금)’란 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5, 9호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다. 3. 본안전 항변에 대한 판단 : 2012 사업연도 소득금액 경정거부처분 취소청구 가. 본안전 항변요지 원고의 2012 사업연도 법인세는 이 사건 처분 및 재조사 결정에 따른 감액경정결정 시 이월결손금으로 인하여 과세표준이 전부 공제되어 과세표준과 세액이 모두 0원이므로, 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구의 대상이 될 수 없다. 따라서 원고가 2012 사업연도 법인세 소득금액 경정청구거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다. 나. 관련 법령 및 법리 1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항에 따라 과세표준신고서의 경정을 청구하기 위해서는, ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때이거나, ② 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때이어야 한다. 2) 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없으므로, 납부의무자의 세법에 근거하지 아니한 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결, 대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결). 다. 구체적 판단 : 소 각하 1) 원고는 피고에게 2012 사업연도 법인세 소득금액의 경정을 청구하였는데, 이는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 정한 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당한다거나 ‘결손금액 또는 환급세액이 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때’에 해당하지 않는다. 또한, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면 원고가 당초 신고한 2012년 법인세 과세표준과 세액이 모두 0원이고, 이 사건 처분 및 이 사건 감액경정결정에 따른 2012년 법인세 과세표준 및 세액 또한 모두 0원인 사실이 인정되므로,2) 원고에 대한 2012 사업연도 법인세 소득금액이 경정되더라도 2012사업연도 법인세의 과세표준이나 세액이 변경되는 것도 아니다. 그렇다면, 원고에게 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 정한 경정청구권이 인정된다고 할 수 없다. 2) 이에 대하여, 원고는 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득에서 이월결손금과 비과세소득, 소득공제액을 순차로 공제하여 결정되고, 이 경우 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액이어서, 익금은 과세표준을 구성하는 항목 중 하나에 해당하므로 익금산입액(소득금액)의 경정을 구하는 것은 과세표준의 경정을 구하는 것으로 볼 수 있고, 만약 이와 같은 소득금액의 경정청구를 허용하지 않는다면 원고는 2012 사업연도의 소득금액에 대하여는 영원히 다툴 수 없는 문제가 발생하므로, 소득금액 또한 경정청구의 대상으로 삼을 수 있다고 주장한다. 그러나 원고의 위 주장을 조리상 경청청구권을 행사하는 것으로 선해하더라도, 앞서 본 법리에 따르면 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없어 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. 3) 따라서 피고가 원고에게 2012 사업연도 법인세 소득금액에 대한 경정청구권이 있음을 전제로 한 이 부분 경정청구를 받아들이지 않았더라도 위 경정거부가 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 사건 소 중 2012 사업연도 법인세 소득금액에 대한 경정청구거부처분 취소를 구하는 부분은 부적법하다. 4. 소 각하 부분을 제외한 이 사건 처분 및 거부처분의 위법 여부에 대한 판단 가. 원고의 주장 요지 1) 주위적 주장 이 사건 계열회사들을 포함한 AA그룹 전 계열사들이 공동으로 이 사건 상표의 가치 형성에 기여하였고, 이 사건 계열회사들은 이 사건 상표에 관한 그룹 공동광고비를 매출액 비율에 따라 분담하여 지출함으로써 이 사건 상표의 경제적 가치 창출·유지에 직접 기여하였므로, 원고가 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다. 또한 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 경우의 시가에 관한 증명책임은 과세관청인 피고에게 있는데, 피고는 어떠한 법적인 근거도 없이 자의적으로 산정한 요율(0.2%)에 기초하여 과세를 하였는바 이를 이 사건 상표 사용료의 시가라고 볼 수 없다. 2) 예비적 주장 원고는 2010 ∼ 2014 사업연도 당시에는 AA테크닉스 주식회사(이하 주식회사는 생략한다)가 영위하는 사업에 관한 상표권을 소유하고 있지 않았다. 따라서 원고는 DDDDDD로부터 이 사건 상표 사용료를 수취할 권리가 없었으므로 원고가 그 사용료를 수취하지 않은 것은 정당하다. 나. 부당행위계산부인 요건 충족 여부에 관한 판단 1) 관련 법리 및 규정 가) 구 법인세법 제5